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标题: 新手求助：请问MS中哪个模块可以算反应力场，得到反应产物结构 [打印本页]

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-1 11:18
标题: 新手求助：请问MS中哪个模块可以算反应力场，得到反应产物结构
有看到GULP的力场中有反应力场，该模块可以计算得到产物含量和表达式吗？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-1 14:22
MS可以算反应力场的？

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-1 15:15

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-1 14:22
MS可以算反应力场的？

看到GULP中有反应力场ReaxFF5.5&6.0，试着用了一下，为什么在NVE下计算后分子结构变化很大，而且跑到盒子外面去了，感觉不靠谱

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-6-1 17:55
真要做反应，就拿LAMMPS，再好一点用从头算，M$里的个人感觉不靠谱。

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-2 13:12

ShuangfeiZhu 发表于 2019-6-1 17:55
真要做反应，就拿LAMMPS，再好一点用从头算，M$里的个人感觉不靠谱。

感谢回复。因为不是主要研究量化计算，想用操作比较简便的软件，请问您LAMMPS、ORCA等软件上手快吗，需要手写程序吗？

作者
Author: get-it 时间: 2019-6-2 14:00
我用过独立的gulp做反应力场计算，当然是可以用的，不过因为gulp的力场格式和Reaxff的格式不同，转换起来麻烦，后来就直接用lammps了。
reaxff的参数有很多套，对于新的体系要多测试几种。

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-2 14:43

get-it 发表于 2019-6-2 14:00
我用过独立的gulp做反应力场计算，当然是可以用的，不过因为gulp的力场格式和Reaxff的格式不同，转换起来麻 ...

您好，请问LAMMPS上手快吗，需要手写程序吗？我想计算的是气体体系在温度变化时的反应产物，不知道LAMMPS可行吗（计算小白还请您回答一下

，感谢）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-2 15:30

AJ86 发表于 2019-6-2 13:12
感谢回复。因为不是主要研究量化计算，想用操作比较简便的软件，请问您LAMMPS、ORCA等软件上手快吗，需要 ...

问这种问题的时候先明确说明到底自己想研究什么，你一开始提反应力场，但是根据你当前的表述，又显得不是非得用反应力场不可，令人非常混乱。lammps和ORCA的应用领域差十万八千里。

如果量化计算范畴就可以解决的，Gaussian是最好用的，没有之一，见
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

如果你不想为了买Gaussian而花钱，那首选就是ORCA，但远没有Gaussian对零基础新人那么友好。

如果是量化程序算不动的大体系，或者动力学过程，不得不用反应力场这种粗糙方式来描述反应，那首选就是lammps，免费，而且对于reaxFF而言是最主流的实现程序。但上手没那么容易。
至于M$完全没有考虑的必要，贼老贵，程序本身完全不值那钱

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-2 15:34

AJ86 发表于 2019-6-2 14:43
您好，请问LAMMPS上手快吗，需要手写程序吗？我想计算的是气体体系在温度变化时的反应产物，不知道LAMMPS ...

上手不快
搞清楚什么叫程序、脚本和输入文件

问这种问题时候把具体要算的问题描述充分，只有描述得越充分，才越有可能得到有效的回复

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-2 15:37

sobereva 发表于 2019-6-2 15:30
问这种问题的时候先明确说明到底自己想研究什么，你一开始提反应力场，但是根据你当前的表述，又显得不是 ...

实在抱歉sob老师，因为对软件的原理不懂，我想研究的问题是混合气体在温度变化下的反应产物，看到有人用过ReaxFF计算过，才提出反应力场的，请问您用哪种软件会比较合适呀

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-2 15:43

sobereva 发表于 2019-6-2 15:34
上手不快
搞清楚什么叫程序、脚本和输入文件

恩，谢谢sob老师回答

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-2 16:02

AJ86 发表于 2019-6-2 15:37
实在抱歉sob老师，因为对软件的原理不懂，我想研究的问题是混合气体在温度变化下的反应产物，看到有人用 ...

如果牵扯到动力学，而且原子数很多，这类问题通常只能用reaxFF，量化程序算不动。Lammps是首选

作者
Author: AJ86 时间: 2019-6-2 16:11

sobereva 发表于 2019-6-2 16:02
如果牵扯到动力学，而且原子数很多，这类问题通常只能用reaxFF，量化程序算不动。Lammps是首选

谢谢老师。是的，涉及的原子较多，LAMMPS计算后可以分析整个体系各个产物化学式和含量吗

作者
Author: Mikasa 时间: 2019-6-3 01:04

AJ86 发表于 2019-6-2 16:11
谢谢老师。是的，涉及的原子较多，LAMMPS计算后可以分析整个体系各个产物化学式和含量吗

这些是后处理的要干的事，目前Lammps不带这些工具。
有一些现有的开源ReaxFF后处理工具可供参考:
Chemical Trajectory Analyzer：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/

PS: ADF倒是自带一些后处理工具，不过ADF太贵。
PPS: 国内的中科院过程所“好像”搞了一套GPU加速的ReaxFF code和后处理工具VARxMD，但似乎只是他们私用的

，只见过文章没见过公开的code。

作者
Author: funok 时间: 2020-4-14 15:20

Mikasa 发表于 2019-6-3 01:04
这些是后处理的要干的事，目前Lammps不带这些工具。
有一些现有的开源ReaxFF后处理工具可供参考:
Chemi ...

中科院他们搞的后处理程序VARxMD，他们好像是卖的，不过具体几万忘了，之前看到过西南科技的学生用他们的程序。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-5-7 06:12

get-it 发表于 2019-6-2 14:00
我用过独立的gulp做反应力场计算，当然是可以用的，不过因为gulp的力场格式和Reaxff的格式不同，转换起来麻 ...

请问下用gulp的反应力场跑动力学，整个分子全部碎了怎么解决呢，请高手赐教。。

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2020-8-18 12:28

Mikasa 发表于 2019-6-3 01:04
这些是后处理的要干的事，目前Lammps不带这些工具。
有一些现有的开源ReaxFF后处理工具可供参考:
Chemi ...

你好，请问我从这个网址下载了ChemTraYzer，但是下载下来没有手册和安装说明，你知道如何使用这个开源工具吗？能否赐教？

作者
Author: fangyvzi 时间: 2021-10-14 08:55

杜黎小松发表于 2020-8-18 12:28
你好，请问我从这个网址下载了ChemTraYzer，但是下载下来没有手册和安装说明，你知道如何使用这个开源工 ...

您好，请问您知道如何使用ChemTraYzer了吗？网上资料实在很少。

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