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标题: 在优化由醇、酚形成的分子中氧被质子化的产物时一直无法完成优化 [打印本页]

作者
Author: ghyi 时间: 2019-6-1 22:00
标题: 在优化由醇、酚形成的分子中氧被质子化的产物时一直无法完成优化
本帖最后由 ghyi 于 2019-6-1 22:04 编辑

由起始原料醇或者酚反应生成醚的反应途径中有个+1价中间体一直无法完成优化，+1价的中间体是下面图片中的2，图片中1、3分别为原料和产物。 (, 下载次数 Times of downloads: 56)

在优化时，最初用的是：
(, 下载次数 Times of downloads: 71)
最终报错L9999
(, 下载次数 Times of downloads: 61) (, 下载次数 Times of downloads: 57)
根据错误信息，在《Gaussian FAQ》帖子中给出的建议中试了一些，但输出结果中都是一样的错误信息。
在这一步已经卡了快2周了，其他的反应底物如：苯胺、酰胺都可以计算，但是在醇、酚为底物的时候整个反应体系的分子都可以优化，唯独第一张图片中分子2无法优化，故在此请求各位老师帮忙指点迷津，先在这里谢谢各位老师了。（输入文件和输出文件上传在附件中）

作者
Author: Jasminer 时间: 2019-6-1 23:15
把苯环外的基团都转一转，初始结构别整那么对称。
再就是优化步长改小一点。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2019-6-1 23:48
我对你提出的这个机理有一个小小的疑问。我觉得酚的共轭碱的亲核能力更强。我不知道在甲苯中发生反应的关键中间体到底是酚还是酚的共轭碱？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-2 08:07
甭写noraman，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

甭用CPCM，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

用恰当的关键词帮助收敛，仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

初始结构对称化成Cs点群尤为值得尝试

作者
Author: ghyi 时间: 2019-6-4 17:17

sobereva 发表于 2019-6-2 08:07
甭写noraman，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keins ...

非常感谢sob老师的回复，按照老师的建议，把分子初始结构对称性改成Cs点群，再加上opt(gdiis,maxstep=3,notrust)之后，分子可以优化完成，opt和freq都得到了4个YES。但是却出现了2了虚频，其中一个高达-23815 (, 下载次数 Times of downloads: 67) 。这个虚频来自初始结构中和O所连H的震动。按照http://sobereva.com/278中的方法加上int=ultrafine, 加上calcall，还有根据虚频调整结构都没办法去掉这两个虚频。
如果改变初始结构对称性的话的话，就破坏了Cs点群。
如何才能去掉这两个虚频，还请sob老师指点。
输入文件和输出文件在附件中。

作者
Author: ghyi 时间: 2019-6-4 17:19

Jasminer 发表于 2019-6-1 23:15
把苯环外的基团都转一转，初始结构别整那么对称。
再就是优化步长改小一点。

感谢您的回复，破坏对称性试过了，没办法收敛，按照Sob老师的建议改为Cs点群就可以优化，但是出现了2个虚频

作者
Author: ghyi 时间: 2019-6-4 17:21

Daniel_Arndt 发表于 2019-6-1 23:48
我对你提出的这个机理有一个小小的疑问。我觉得酚的共轭碱的亲核能力更强。我不知道在甲苯中发生反应的关键 ...

这个反应的机理我们还在验证，不排除您说的共轭碱进攻途径。

作者
Author: Jasminer 时间: 2019-6-4 18:38

ghyi 发表于 2019-6-4 17:19
感谢您的回复，破坏对称性试过了，没办法收敛，按照Sob老师的建议改为Cs点群就可以优化，但是出现了2个虚 ...

“改成Cs可以优化”没有任何意义，虚频显示其稳定构象不可能是个对称结构。
另外你的“对称性破坏”就是挪了一下H，那是没有用的，骨架没动。不要看第二个虚频小，H振动的那个大，就觉得动H最重要。这里本质上不是对计算技巧的掌握而是对物理图像的理解。

没办法收敛，就想办法收敛。饭菜再难吃，饿了也得吃，不能盯着好看好吃的观音土。

我快速地以loose标准验证了一个不带scrf的计算，是可行的。你可以看一下我怎么设的初始结构，并计算观察此优化过程中结构是怎么变化的，以此为基础完成你的计算。

作者
Author: ghyi 时间: 2019-6-4 18:49

Jasminer 发表于 2019-6-4 18:38
“改成Cs可以优化”没有任何意义，虚频显示其稳定构象不可能是个对称结构。
另外你的“对称性破坏”就是 ...

感谢您的解答，这个分子不加scrf的话是可以优化的。
我看一下像您这样用loose加scrf或者以您这个初始结构加scrf是不是可以优化。
还有一点就是我不明白为什么您这个初始结构中苯环上有个键不是单双键而是双键。
再次感谢您的解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-5 10:37

ghyi 发表于 2019-6-4 18:49
感谢您的解答，这个分子不加scrf的话是可以优化的。
我看一下像您这样用loose加scrf或者以您这个初始结 ...

问问题时候不要说什么“不可以优化”、“不可以算”这种描述，必须表述严格，如果说不收敛就说不收敛，如果遇见报错就说明是什么报错

能不能优化跟是否使用隐式溶剂模型完全一丁点关系都没有，你这体系带着隐式溶剂模型只要做法恰当一定能优化成功

Cs下有虚频说明当前级别下Cs不是极小点，必然应当按照虚频调节破坏对称性进一步优化

你干嘛非要去read UAHF半径？不仅毫无意义，结果还比默认情况的差得多！绝对不要写自己根本都不明白的关键词，不仅添乱，还导致任务可能根本无法顺利完成，或者结果是无意义的
该怎么正确用溶剂模型下文都已经写得极其清楚了，这里没写的都不要去用。绝对不要去网上乱七八糟地方看别人的关键词，净是一些以讹传讹的说法。
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

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