计算化学公社

标题: 阴离子的水合能力计算问题 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-6-8 09:41
标题: 阴离子的水合能力计算问题
我想要对比硫酸根、碳酸根以及偏硅酸根锁水能力的大小，即水合能力的大小，做分子动力学模拟，碳酸根和偏硅酸钠的参数目前没找到，如果从量化角度计算的话应该算什么

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型，要严格就用显式+隐式溶剂模型

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-6-9 10:26

sobereva 发表于 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型，要严格就用显式+隐式溶剂模型

好的，谢谢sob老师

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-6-10 19:20

sobereva 发表于 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型，要严格就用显式+隐式溶剂模型

"显式+隐式溶剂模型"意思是，在溶质周围放一圈显式溶剂，之外隐式？您这儿说的“隐式”，"显式+隐式溶剂模型"都是用量子化学算嘛？用MD我知道也能算，但其计算结果一般不会比量子化学高很多？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 10:25

bobosiji 发表于 2019-6-10 19:20
"显式+隐式溶剂模型"意思是，在溶质周围放一圈显式溶剂，之外隐式？您这儿说的“隐式”，"显式+隐式溶剂 ...

是
量化算这个比用MD准得多

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-6-11 11:11
本帖最后由苏玖染于 2019-6-11 11:13 编辑

sobereva 发表于 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型，要严格就用显式+隐式溶剂模型

sob老师，如果是显示+隐式溶剂模型的话，是不是需要按博文《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》中说的那样做，水和自由能=显式水和离子在隐式溶剂下的单点能 — 显式水在隐式溶剂下的单电能—离子在隐式溶剂下的单电能？

优化的方法和基组可以用M062X-D3/def2-TZVPD
单点计算用M062X-D3/def2-QZVPPD
这样可以么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 12:54

苏玖染发表于 2019-6-11 11:11
sob老师，如果是显示+隐式溶剂模型的话，是不是需要按博文《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》中说 ...

参考此文，算质子的溶解自由能
J. Phys. Chem. A, 105, 11534 (2001)

可

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)