计算化学公社

标题: 怎么把gromacs的top文件和轨迹文件转换为amber格式？ [打印本页]

作者
Author: atom 时间: 2019-6-10 20:19
标题: 怎么把gromacs的top文件和轨迹文件转换为amber格式？
如题，我现在需要的OPLS力场在amber里面没有找到，所以用gromacs软件跑的动力学，但是我用的后续数据处理程序是针对amber的，程序很长，所以就想把gromacs的轨迹文件转换成amber格式，但是在网上搜到的都是amber转换为gromacs的方法，所以想请问下有没有人指点一下，谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 09:13
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题改了，以后务必注意

用VMD载入gmx的轨迹，保存成Amber格式。至于拓扑文件，用leap基于gmx模拟用的结构生成。

作者
Author: atom 时间: 2019-6-12 11:11

sobereva 发表于 2019-6-11 09:13
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔 ...

好的sob老师，我以后会注意分类。您提到的用leap来针对gmx处理的结构建立top文件，但是我用的opls力场在amber没有的吧

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 19:56

atom 发表于 2019-6-12 11:11
好的sob老师，我以后会注意分类。您提到的用leap来针对gmx处理的结构建立top文件，但是我用的opls力场在a ...

没注意看你是用的OPLS
这种情况没辙

作者
Author: atom 时间: 2019-6-13 10:20

sobereva 发表于 2019-6-12 19:56
没注意看你是用的OPLS
这种情况没辙

所以只能针对gromacs的结果文件重新写程序了。。。

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