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标题: 最新版Multiwfn 3.6能量分解的问题 [打印本页]

作者
Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-10 21:46
标题: 最新版Multiwfn 3.6能量分解的问题
卢老师：

      你好，我运用multiwfn3.6版本的软件做EDA_SBL能量分解，对于example中乙烷的旋转构象差异的例子做了练习，没有问题，又尝试做了其他练习，也都成功了。但是针对我自己的体系，导入fchk文件，21/2后输入log文件路径，会立马闪退。输入文件如下，请教老师问题出在哪儿？烦请老师指点
%chk=503redNCH3Zr_BL-TS2_5_EDA1.chk
%mem=3GB
%nproc=32
#p b3pw91/genecp ExtraLinks=L608

Title Card Required

0 1
Zr                0.58026800 0.65655100 -0.60127700
Fe             -2.70050200 -2.03343700 -0.81349000
N                -2.01998800 1.01899700 -0.35907600
N                0.47926400 -1.98033500 -0.86225000
O                0.29345600 2.55752200 -0.05356600
O                0.30960100 -0.18391100 1.28243700
O                -0.14344600 0.42695400 -2.43267900
C                0.21974700 0.83118000 -3.72303600
C                -0.45554800 3.66980000 -0.15001100
C                0.03864700 4.94014100 0.22710400
C                -0.84656900 6.02284000 0.15783700
H                -0.47547400 6.99570800 0.45011600
C                -2.17302300 5.92064500 -0.26562200
C                -2.61317200 4.65368100 -0.65536300
H                -3.63331700 4.51603900 -1.00801100
C                -1.77665900 3.54231200 -0.62216900
C                -2.28563500 2.24099700 -1.18221300
H                -1.84078300 2.05058600 -2.16338200
H                -3.37306700 2.32256100 -1.32310000
C                -2.33191600 1.28045400 1.05131100
H                -1.60942500 1.98118100 1.46496000
H                -2.24583200 0.34196100 1.59133900
H                -3.34368100 1.69507800 1.16962200
C                0.98657300 -1.06208900 2.03798700
C                1.09677300 -0.87786800 3.45209300
C                1.92604500 -1.74211700 4.16368600
H                2.04352100 -1.57983100 5.22864400
C                2.61963900 -2.81557000 3.58845300
C                2.39379200 -3.03967500 2.23711900
H                2.85819800 -3.88639700 1.73719100
C                1.59103100 -2.19737400 1.46063400
C                1.53432700 -2.57571600 -0.00198000
H                1.44522200 -3.67203400 -0.07505000
H                2.48347600 -2.28942000 -0.45994600
C                0.87146000 -2.20775900 -2.26295600
H                0.06661400 -1.87235300 -2.91512000
H                1.09427900 -3.27017700 -2.44831100
H                1.75852700 -1.60981800 -2.48512900
C                -2.88034100 -0.01832800 -0.86896900
C                -2.85828300 -0.54464000 -2.20056300
H                -2.09332200 -0.32905700 -2.92744300
C                -3.94283800 -1.45591300 -2.33523000
H                -4.15195200 -2.06174800 -3.20780200
C                -4.64865900 -1.49502100 -1.09900000
H                -5.48830100 -2.13564900 -0.86047800
C                -4.00986400 -0.59764300 -0.19603800
H                -4.29382300 -0.44807700 0.83599800
C                -0.77018900 -2.63100700 -0.57039600
C                -1.47319800 -3.54900700 -1.42171100
H                -1.25011800 -3.76686000 -2.45671000
C                -2.58210700 -4.06802800 -0.69340600
H                -3.33749000 -4.73662300 -1.08669900
C                -2.56197500 -3.49346500 0.60909800
H                -3.29970900 -3.64727700 1.38654000
C                -1.45176200 -2.60632000 0.68874700
H                -1.19120500 -1.99013900 1.53200500
H                1.17993400 0.39047300 -4.01899500
H                -0.55411000 0.51091700 -4.43952300
H                0.32344500 1.92228200 -3.78444700
O                3.52527200 0.14012700 -2.68439200
C                4.54845300 -0.82745700 -2.50608300
C                4.27388300 1.39822000 -0.64891200
C                3.85994300 0.33956800 0.37680600
H                4.04413500 2.41478300 -0.32363300
H                5.30642200 1.35775100 -1.00648200
O                2.65762900 -0.07948600 -0.30419900
C                3.19383300 0.95873900 -1.64737500
O                2.16624700 1.67260500 -1.86558000
C                3.65421900 0.81575700 1.79406700
H                3.36040400 -0.00546000 2.45049700
H                4.58511300 1.25486200 2.17336900
H                2.87569300 1.58192600 1.82596000
H                4.54928500 -0.51629000 0.37563600
H                4.26636200 -1.54367800 -1.72642100
H                4.63930800 -1.34726300 -3.46171000
H                5.51400600 -0.37183400 -2.25661200
C                -3.12554100 7.11903800 -0.32138800
C                -3.63237800 7.30559300 -1.76441200
H                -4.17378600 6.42336200 -2.12255300
H                -4.31535900 8.16249500 -1.82494100
H                -2.79542600 7.48455400 -2.44902000
C                -4.32301400 6.86081200 0.61248100
H                -3.98525700 6.72725400 1.64660400
H                -5.02282700 7.70582700 0.58557600
H                -4.87531300 5.96036200 0.32239500
C                -2.44959900 8.42501600 0.11768000
H                -2.09286600 8.37099200 1.15288200
H                -1.59902200 8.67845000 -0.52581400
H                -3.16742300 9.25132600 0.05773700
C                1.50141700 5.14321600 0.63827400
C                2.40243900 4.76576700 -0.55303300
H                3.46043100 4.87397000 -0.27547200
H                2.22683000 3.74063400 -0.88532800
H                2.21079000 5.43143300 -1.40349100
C                1.83684800 4.26513100 1.85408800
H                1.65446600 3.21591400 1.63116600
H                2.89062000 4.38621500 2.13583700
H                1.21883400 4.53784300 2.71704700
C                1.81443200 6.59798500 1.01808800
H                1.65249700 7.28813500 0.18157500
H                1.21708300 6.93996100 1.87172500
H                2.87040200 6.67323500 1.30392500
C                3.54551400 -3.67909000 4.44875500
C                4.23287000 -4.78315200 3.63424300
H                3.50571800 -5.47786900 3.19753800
H                4.84164700 -4.36693300 2.82257500
H                4.89762000 -5.36557300 4.28302600
C                2.73540400 -4.34706300 5.57600500
H                3.38847900 -4.96349100 6.20700800
H                2.25141800 -3.60588100 6.22110900
H                1.95196500 -4.99074400 5.16014500
C                4.64139600 -2.78892700 5.06664200
H                5.23120400 -2.29985700 4.28241400
H                4.21723000 -2.00434600 5.70263700
H                5.32116800 -3.38943400 5.68477100
C                0.27857700 0.18409200 4.20233600
C                -1.19946700 -0.23700900 4.11214300
H                -1.85481000 0.52413900 4.55517000
H                -1.49578300 -0.38021300 3.07349600
H                -1.35974900 -1.18337200 4.64237500
C                0.48363800 1.59282800 3.62282200
H                0.26453600 1.63122300 2.55774600
H                -0.16457300 2.31279600 4.13869000
H                1.52014700 1.91597100 3.76993500
C                0.63502000 0.26698200 5.69587800
H                0.43531600 -0.67035400 6.22791700
H                1.68629100 0.53780000 5.85068200
H                0.02097100 1.04380300 6.16623000

C H O N 0
6-31G(d)
****
Fe Zr 0
lanl2dz
****

Fe Zr 0
lanl2dz

-6

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 09:18
如果用genecp的都发现了闪退问题，应当是用genecp所致。
改成全电子基组，比如6-31G*或def2-SVP再试

作者
Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-11 10:03

sobereva 发表于 2019-6-11 09:18
如果用genecp的都发现了闪退问题，应当是用genecp所致。
改成全电子基组，比如6-31G*或def2-SVP再试

谢谢老师回复，这个问题（genecp），我也怀疑过，昨天晚上建了一个简单的模型，含相同金属，用同样的基组，也成功做完了EDA_SBL分析（尝试模型的输入文件如下），故排除了是由genecp导致的闪退. 不过我也正在换用全电子基组在尝试。
%chk=Fe3h6_EDA3.chk
%mem=3GB
%nproc=20
#p b3pw91/genecp ExtraLinks=L608

Title Card Required

0 1
H                -1.80889000 -1.25740500 -1.18613800
H                -2.98931200 -1.25740500 0.10214400
H                -1.48814800 -2.13105600 0.29268700
C                -1.28807900 0.00000000 0.47600600
H                -1.42281300 0.00000000 1.53748900
C                -1.94362400 1.25740500 -0.12465500
H                -2.98931200 1.25740500 0.10214400
H                -1.48814800 2.13105600 0.29268700
H                -1.80889000 1.25740500 -1.18613800
Zr                0.88147822 0.00000000 0.00545156
H                1.25241007 0.00339335 1.71568489
Fe             -1.94362400 -1.25740500 -0.12465500

C H 0
6-311G(d,p)
****
Zr Fe 0
lanl2dz
****

Zr Fe 0
lanl2dz

-6

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 10:24

默默加油哦发表于 2019-6-11 10:03
谢谢老师回复，这个问题（genecp），我也怀疑过，昨天晚上建了一个简单的模型，含相同金属，用同样的基组 ...

闪退的那个log文件压缩后上传，我调试一下

作者
Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-11 10:40

sobereva 发表于 2019-6-11 10:24
闪退的那个log文件压缩后上传，我调试一下

老师，你好，闪退的log文件见附件，请老师查收，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 13:00

默默加油哦发表于 2019-6-11 10:40
老师，你好，闪退的log文件见附件，请老师查收，谢谢老师。

输出文件里有数据严重异常，
      NMat0= 1 NMatS0=    1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Symmetry not used in FoFCou.
ET= 2500.583508 EV=************ EJ=11773.208920 EK= -354.383183 ENuc=10466.705455
Defaulting to unpruned grid for atomic number  40.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  40.

用全电子基组再试试，或者用其它泛函看看。这里有星号的话肯定Multiwfn读取不了（也有可能是Gaussian的bug，预留的位数太少，当数值太大的时候就只能显示成星号）

作者
Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-11 14:02

sobereva 发表于 2019-6-11 13:00
输出文件里有数据严重异常，
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= ...

非常感谢老师耐心解答。我换用B3LYP/M06/B3PW91等泛函，也尝试用了def2svp等全电子基组,但是该数值依旧是一串星号EV=************ 该数值仍然不显示，可能是Gaussian的bug问题，我给gaussian发邮件了，我再等等消息吧，谢谢老师

作者
Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-13 08:30

sobereva 发表于 2019-6-11 13:00
输出文件里有数据严重异常，
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= ...

老师，你好，与高斯技术支持人员联系后，运用已给能量之间的关系计算出了Ev的能量，不带*的完整的log文件见附件，奇怪的是做EDA_SBL时，multiwfn最后一步，输入log文件的路径，依然闪退，求老师指点，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 19:16

默默加油哦发表于 2019-6-13 08:30
老师，你好，与高斯技术支持人员联系后，运用已给能量之间的关系计算出了Ev的能量，不带*的完整的log文件 ...

因为格式和原本的输出文件格式有所不同，导致载入不了
回头我改一下程序，弄好了通知你

作者
Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-13 21:15

sobereva 发表于 2019-6-13 19:16
因为格式和原本的输出文件格式有所不同，导致载入不了
回头我改一下程序，弄好了通知你

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 22:20
我在官网上已经上传了Multiwfn 3.7(dev)，自动通过其它方式获得EV项，应该能避免由于星号而无法读取的问题

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Author: 默默加油哦 时间: 2019-6-14 09:24

sobereva 发表于 2019-6-13 22:20
我在官网上已经上传了Multiwfn 3.7(dev)，自动通过其它方式获得EV项，应该能避免由于星号而无法读取的问题

谢谢老师，我用3.7版本的multiwfn软件成功完成了EDA_SBL的能量分解，即使能量数值带星号的文件也可以正常载入，完成能量分解。非常感谢老师的耐心解答

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