计算化学公社

标题: 请教下弱相互作用分析图怎么做 [打印本页]

作者
Author: 郑汉良很潇洒 时间: 2019-6-12 21:52
标题: 请教下弱相互作用分析图怎么做
之前参照社长的帖子http://sobereva.com/68，用Multiwfn+VMD做RDG分析，因为体系比较大，所以看起来比较乱。所以想换个作图方式试一下，看到Paton等人有这样的作图方式，想尝试一下，不知道论坛里有老师会做这样的图吗，文献SI里说是用Pymol做的图。还望指导一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 22:26
这个图比起用Multiwfn+VMD画的图没有任何额外的优点

怎么绘制这里该说的都说了
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

若嫌RDG图有时候不好展示特定区域的作用或者边缘毛躁，改用IGM，仔细看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

VMD比Pymol好用百倍，没有任何考虑pymol的必要。嫌VMD作图效果不好的人肯定是VMD使用水平不足。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-6-13 09:29
VMD和Multiwfn联用很强大了，这图好像是用了CYLview

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