计算化学公社

标题: 求助ORCA 部分优化，TS等关键词 [打印本页]
作者
Author: gauss98    时间: 2019-6-13 10:56
标题: 求助ORCA 部分优化，TS等关键词
这两天刚开始学习ORCA，请问哪里有简洁明了的手册？
做催化计算
现在需要一些计算方法： 部分原子固定的优化， 过渡态计算， 混合基组设置，等 在哪里找关键词和实例？

另外，有没有把临时文件专门存储目录的设置方法？ 临时文件堆在当前目录太乱了。

谢谢！
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2019-6-13 11:52
这里有我之前学习ORCA 3时的笔记，ORCA 4的命令稍有不同，但遇到报错的时候查一下新手册就知道了：
http://bbs.keinsci.com/thread-1956-1-1.html

这是我提交ORCA任务的脚本可以参考，（用控制脚本替换掉方括号内的变量后）可实现在$ORCA下创建temp目录，并创建一个以输入文件为名字的文件夹，并将trj文件更名为xyz文件以方便观察轨迹。

  1. std_script=''. $HOME/.bashrc
  2. mkdir $ORCA/temp/
  3. mkdir $ORCA/temp/[NAME]
  4. cd $ORCA/temp/[NAME]
  5. $ORCA/orca [INPUT] >& [OUTPUT]   
  6. cp [XYZ_FILE] [INPUT_FILEPATH]
  7. cp [TRJ_FILE] [INPUT_FILEPATH]
  8. mv [TRJ_FILE] [TRJ_FILE_XYZ_APPEND]
  9. '''
复制代码
作者
Author: gauss98    时间: 2019-6-13 14:01
liyuanhe211 发表于 2019-6-13 11:52
这里有我之前学习ORCA 3时的笔记，ORCA 4的命令稍有不同，但遇到报错的时候查一下新手册就知道了：
http:/ ...

脚本具体是怎么操作？可以说得更小白点么
谢谢
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2019-6-13 15:59
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-6-13 16:04 编辑
gauss98 发表于 2019-6-13 14:01
脚本具体是怎么操作？可以说得更小白点么
谢谢

举一个例子，例如想计算这一文件：
  1. /gpfs/share/home/******/Gaussian/PavB_Rad_Cyc/Inverted_C11/IM4/IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_Cont_Step_0.inp
复制代码
ORCA中的Base被设置为：
  1. IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_97644
复制代码
后面是一个1~1000000的随机数，防止两个计算读写同一套临时文件
需要产生一个独立的temp文件夹名字，如：
  1. [O]PavB_Rad_Cyc__Inverted_C11__IM4__IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]
复制代码
（这些命名有些奇怪，但是是为了自动提取结果的程序识别而设计的，不是给人看的）
那么进行计算的bash脚本如下（用“setsid 脚本.sh &”运行，或者提交到排队系统运行）：
  1. # 因为环境的原因需要运行一下.bashrc
  2. . $HOME/.bashrc

  4. #创建相应目录
  5. mkdir $ORCA/temp/
  6. mkdir $ORCA/temp/[O]PavB_Rad_Cyc__Inverted_C11__IM4__IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]

  8. #将当前工作目录换到刚创建的文件夹下
  9. cd $ORCA/temp/[O]PavB_Rad_Cyc__Inverted_C11__IM4__IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]

  11. #运行ORCA计算，并将输出写入到输出文件中
  12. $ORCA/orca /gpfs/share/home/******/Gaussian/PavB_Rad_Cyc/Inverted_C11/IM4/IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_Cont_Step_0.inp >& /gpfs/share/home/******/Gaussian/PavB_Rad_Cyc/Inverted_C11/IM4/IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_Cont_Step_0.orca   

  14. #将临时文件中的结构xyz文件拷贝到输出文件所在目录，方便读取查看
  15. cp $ORCA/temp/[O]PavB_Rad_Cyc__Inverted_C11__IM4__IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]/IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_97644.xyz /gpfs/share/home/******/Gaussian/PavB_Rad_Cyc/Inverted_C11/IM4/

  17. #将临时文件中的轨迹trj文件拷贝到输出文件所在目录中，并改名为.trj.xyz，方便读取查看
  18. mv $ORCA/temp/[O]PavB_Rad_Cyc__Inverted_C11__IM4__IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]/IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_97644.trj /gpfs/share/home/******/Gaussian/PavB_Rad_Cyc/Inverted_C11/IM4/IM4_6_01[Opt_PBE1PBE_DZ]_Cont_Step_0.trj.xyz

  20. #之后还可以做很多事情，比如最简单的可以拷贝其他所需的临时文件到希望的目录下，可以监测输出文件中是否正常结束，监测到一切正常之后删去多余的临时文件并提取计算数据等等。
复制代码


作者
Author: gauss98    时间: 2019-6-13 19:03
liyuanhe211 发表于 2019-6-13 15:59
举一个例子，例如想计算这一文件：
ORCA中的Base被设置为：
后面是一个1~1000000的随机数 ...

先赞一下再慢慢学



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