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标题: 求助chemshell优化出错 [打印本页]

作者
Author: jiang012582 时间: 2019-6-14 01:27
标题: 求助chemshell优化出错
本帖最后由 jiang012582 于 2019-6-14 01:32 编辑

老师好，我在优化一个含有锗元素的分子，在mercury里面建模拿到MS重排原子顺序，保存为pdb文件，在高斯下进行resp静电势拟合分析，因为分子内含有锗元素，我的静电势拟合分析文件为
%mem=20GB
%nprocs=12
# hf/genecp scf=tight pop=mk iop(6/33=2,6/41=10,6/42=17) pop=(CHELPG,ReadRadii)

title

0 1

坐标
C H 0
6-31G*
****
Ge 0
lanl2dz
****

Ge 0
lanl2dz

Ge 2.19

最后一行加入锗元素的范德华半径，我的静电势拟合分析文件正常结束，但是在利用amber，构建力场，出现以下报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
(, 下载次数 Times of downloads: 22)
我理解是由于锗元素，在amber里没有定义参数，antechamber工作也不正常。请问老师该如何解决，谢谢老师，感谢感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-14 22:53
你的问题和标题不对应，没体现和chemshell有什么关系

antechamber没法处理含Ge元素的体系，这主要是给普通有机小分子用的。

如果你的目的仅仅是算RESP电荷，用Multiwfn就完了，方便至极，对于Gaussian用户只需要提供fch文件即可，什么额外的关键词都不需要，什么乱七八糟事也都不会遇到。见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
Multiwfn算RESP电荷时如果提示缺Ge的半径，直接用屏幕上建议的半径就行了。

另外你当前用的Hartree-Fock如今来看完全不能接受。什么级别适合算RESP电荷上文说了

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