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标题: 求助：Gaussian中加电场优化结构不收敛 [打印本页]

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Author: Frank 时间: 2019-6-14 12:40
标题: 求助：Gaussian中加电场优化结构不收敛
大家好，最近我在研究电场效应对一个水解反应的影响，电场方向是沿断键方向，加电场后在几个电场强度下reactant complex结构优化不收敛。不收敛的情况有两种，一种是震荡严重，另一种是能量一直在降低，但是最后一帧的结构和无电场情况下优化结构差别很大。目前已经尝试了以下关键词：opt=gdiis,maxstep=3,notrust; opt=recalc=3; opt=calcall; opt=calcall,maxstep=3;也尝试了loose收敛限，但是还是有几个电场强度下的结构优化不收敛，请问各位有什么其他建议？谢谢

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Author: 千域小少 时间: 2019-6-14 15:13
有优化过加电场的，说点我的看法。
如果电场不是很大的话，结构差别大，一种与电场方向有关，一种可能是由于分子数目少；
对于振荡，我一般用opt=(gdiis,maxstep=5,notrust)都会解决。

作者
Author: Frank 时间: 2019-6-14 18:46

千域小少发表于 2019-6-14 15:13
有优化过加电场的，说点我的看法。
如果电场不是很大的话，结构差别大，一种与电场方向有关，一种可能是由 ...

谢谢回复，我是做的水解反应，是水和一个分子组成的反应物复合物，用Zmatrix，nosymm，沿断键方向加电场，但是用了包括你说的opt方法都不收敛。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-14 22:40
用Zmatrix是毫无意义的，写了这个你都没法准确判断电场加的方向。绝对不要用这个。
nosymm是为了确保加的电场和自己期望的方向一致而几乎总是要写的。而且不写这个还容易导致某些情况下随着优化进行标准朝向迅速反复变化，相当于外电场加的方向也来回变化，此时从原理上就没法收敛。

作者
Author: Frank 时间: 2019-6-15 12:34

sobereva 发表于 2019-6-14 22:40
用Zmatrix是毫无意义的，写了这个你都没法准确判断电场加的方向。绝对不要用这个。
nosymm是为了确保加的 ...

谢谢社长回复。我明白用nosymm的必要性，但是用Z-matrix也是为了确定电场方向吧，看Gaussian官网链接https://gaussian.com/field/中电场中优化都是opt=Z-matrix，这样前两个原子才是确定的Z轴方向吧？为什么您说用Zmatrix是毫无意义的？尝试了很多关键词，优化总是不收敛。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-16 00:53

Frank 发表于 2019-6-15 12:34
谢谢社长回复。我明白用nosymm的必要性，但是用Z-matrix也是为了确定电场方向吧，看Gaussian官网链接http ...

手册里那是瞎说
用opt=z-matrix的时候你根本就没法事先知道结构摆到什么朝向，电场什么方向加的更是无从控制。这点之前在论坛里我已经提过不止一次了，首页google框可搜到。

作者
Author: Frank 时间: 2019-6-16 15:13

sobereva 发表于 2019-6-16 00:53
手册里那是瞎说
用opt=z-matrix的时候你根本就没法事先知道结构摆到什么朝向，电场什么方向加的更是无从 ...

谢谢社长回复，找到论坛中关于Z-matrix和电场的几个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-10032-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-11620-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 18&fromuid=2914，整理在这里方便以后有相同问题的同学查看。

我之前一直认为用opt=Z-matrix后坐标部分的前两个原子会决定Z轴方向，进而可以通过Z±数字控制电场方向和强度，请问这种方法是错误的吗？另外如果不用opt=Z-matrix的话应该怎么用Z±数字使电场沿着一个键的方向而不是默认Z坐标轴呢？是用这个帖子http://sobereva.com/177的办法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-17 01:14

Frank 发表于 2019-6-16 15:13
谢谢社长回复，找到论坛中关于Z-matrix和电场的几个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-10032-1-1.html ...

用http://sobereva.com/177的办法的办法让某个键冲着特定的笛卡尔坐标轴，或者加电场时后直接指定电场的矢量使之和键轴矢量相同。用opt=Z-matrix完全莫名其妙

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Author: Frank 时间: 2019-6-17 09:16
本帖最后由 Frank 于 2019-6-17 11:48 编辑

sobereva 发表于 2019-6-17 01:14
用http://sobereva.com/177的办法的办法让某个键冲着特定的笛卡尔坐标轴，或者加电场时后直接指定电场的 ...

谢谢社长，我在GaussView中检查了下，两种方法结合nosymm应该都是可以的，用opt=Z-matrix是自动设置原子1 2连线为Z轴，用http://sobereva.com/177帖子的方法可以自定义任意两个原子连线为任意一个坐标轴并且不需要opt=Z-matrix。还有个区别是如果用opt=Z-matrix默认由原子1 2确定电场方向，那么在优化过程中原子1和2位置是不动的，也就是Z轴方向一直保持和原子1 2连线方向完全重合，如果用另外一种方法，也就是在VMD中使选择的原子连线方向和指定坐标轴方向重合并且不用opt=Z-matrix，那么在优化过程中该坐标轴方向（也是电场方向）和选择的原子连线方向有轻微偏移，优化最后一帧结构二者不是完全重合。

作者
Author: Frank 时间: 2019-8-4 13:02

sobereva 发表于 2019-6-17 01:14
用http://sobereva.com/177的办法的办法让某个键冲着特定的笛卡尔坐标轴，或者加电场时后直接指定电场的 ...

社长，还是想请教您关于电场中结构优化不收敛的问题。水解反应，已经用过 opt=gdiis,maxstep=3,notrust; opt=recalc=3; opt=calcall; opt=calcall,maxstep=3;也尝试了loose收敛限结合以上几个关键词，但还是有几个电场强度下反应复合物结构优化不收敛，用的M062X/6-31+G(d,p) 理论水平。请问您有什么建议？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-5 02:06

Frank 发表于 2019-8-4 13:02
社长，还是想请教您关于电场中结构优化不收敛的问题。水解反应，已经用过 opt=gdiis,maxstep=3,notrust; ...

改成B3LYP/6-311G**再试试
或者加上int=superfine试试

PS：对于优化可能比较费劲的情况，我不建议用M06-2X，否则会把问题雪上加霜

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-11 15:33

Frank 发表于 2019-6-17 09:16
谢谢社长，我在GaussView中检查了下，两种方法结合nosymm应该都是可以的，用opt=Z-matrix是自动设置原子1 ...

两种计算结果都合理吗？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-11 15:36

15whyhq 发表于 2020-12-11 15:33
两种计算结果都合理吗？

不懂为什么不建议用opt=z-matrix，
“用opt=z-matrix的时候你根本就没法事先知道结构摆到什么朝向，电场什么方向加的更是无从控制”
用opt=z-matrix后不知道结构摆到什么朝向，是什么意思？

作者
Author: Frank 时间: 2020-12-11 18:00

15whyhq 发表于 2020-12-11 15:36
不懂为什么不建议用opt=z-matrix，
“用opt=z-matrix的时候你根本就没法事先知道结构摆到什么朝向，电场 ...

就是z-matrix不是必须的，电场方向和你用什么方法去优化结构没关系。譬如你把坐标第一个原子设为0,0,0第二个是0,0,Z, 那么从原子1到原子2就是Z轴方向。更一般地来说，你不需要去考虑XYZ轴方向，你加电场依据通常是从原子A到原子B，那么你用B坐标减去A坐标，然后对xyz方向恰当设定电场分量，使得总电场强度是你要的强度就完了。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-11 23:17

Frank 发表于 2020-12-11 18:00
就是z-matrix不是必须的，电场方向和你用什么方法去优化结构没关系。譬如你把坐标第一个原子设为0,0,0第 ...

哦，再问下z-matrix是冗余内坐标吗？

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