计算化学公社

标题: 求助，用gromacs做伞状采样 [打印本页]

作者
Author: 剑与玫瑰 时间: 2019-6-15 17:06
标题: 求助，用gromacs做伞状采样
老师们好，我最近在用gromacs做伞状采样，做的是约束力沿CO2和IL之间距离采样，我试过老出错误提示Fatal error:Group Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.
下面是我用的pull.mpd脚本，大佬看一下脚本有没有错，还有我的这个错误提示该怎样解决呢？
title    = Umbrella pulling simulation
define    = -DPOSRES_B
; Run parameters
integrator  = md
dt       = 0.002
tinit    = 0
nsteps    = 250000 ; 500 ps
nstcomm    = 10
; Output parameters
nstxout    = 5000    ; every 10 ps
nstvout    = 5000
nstfout    = 500
nstxtcout = 500    ; every 1 ps
nstenergy = 500
; Bond parameters
constraint_algorithm = lincs
constraints          = all-bonds
continuation          = yes    ; continuing from NPT
; Single-range cutoff scheme
nstlist    = 5
ns_type    = grid
rlist    = 1.4
rcoulomb = 1.4
rvdw       = 1.4
; PME electrostatics parameters
coulombtype    = PME
fourierspacing  = 0.12
fourier_nx    = 0
fourier_ny    = 0

fourier_nz    = 0
pme_order    = 4
ewald_rtol    = 1e-5
optimize_fft = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl    = Nose-Hoover
tc_grps    = Protein Non-Protein
tau_t    = 0.5    0.5
ref_t    = 310    310
; Pressure coupling is on
Pcoupl       = Parrinello-Rahman
pcoupltype    = isotropic
tau_p          = 1.0
compressibility = 4.5e-5
ref_p          = 1.0
refcoord_scaling = com
; Generate velocities is off
gen_vel    = no
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc    = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr = EnerPres
; Pull code
pull                   = yes
pull_ngroups          = 2
pull_ncoords          = 1
pull_group1_name       = CO2

pull_group2_name       = IL
pull_coord1_type       = umbrella    ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry = distance    ; simple distance increase
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_dim       = N N Y
pull_coord1_rate       = 0.01       ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_coord1_k          = 1000       ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_start             = yes          ; define initial COM distance > 0

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-15 17:37
tc_grps = Protein Non-Protein没找到temperature coupling group
要么直接tc_grps = system 然后把tau_t和ref_t也改一下
要么自己make_ndx定义不同的group 然后加上－n index.ndx

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-16 00:46
这体系里根本就没蛋白，你拿模拟蛋白质的mdp直接用显然会提示找不到名为Protein的组
没事别用all-bonds，这是很以讹传讹的选项

作者
Author: 剑与玫瑰 时间: 2019-6-16 21:16

sobereva 发表于 2019-6-16 00:46
这体系里根本就没蛋白，你拿模拟蛋白质的mdp直接用显然会提示找不到名为Protein的组
没事别用all-bonds， ...

多谢老师解答，本人小白一个，想问下有没有适合我这个体系的pull.mdp推荐呀，或者该脚本是不是部分改动也能用于我的体系？

作者
Author: 剑与玫瑰 时间: 2019-6-16 21:26

wuzhiyi 发表于 2019-6-15 17:37
tc_grps = Protein Non-Protein没找到temperature coupling group
要么直接tc_grps = system 然 ...

多谢老师解答，tc_grps = system这里改动我还能懂，tau_t和ref_t这里改动不太懂，望老师解疑一下

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-17 01:32

剑与玫瑰发表于 2019-6-16 21:26
多谢老师解答，tc_grps = system这里改动我还能懂，tau_t和ref_t这里改动不太懂，望老师解疑一下

tau_t 就是thermostat触发的时间间隔有两个系统就有两个间隔
ref_t就是reference temperature同样有两个系统就有两个reference temperature

作者
Author: 剑与玫瑰 时间: 2019-6-18 08:30

wuzhiyi 发表于 2019-6-17 01:32
tau_t 就是thermostat触发的时间间隔有两个系统就有两个间隔
ref_t就是reference temperature同样有两 ...

老师你好，我昨天试着把tc_grps = system这里改了，跑完之后出现错误提示，这是什么原因该怎样修改呢
Fatal error:
Invalid T coupling input: 1 groups, 2 ref-t values and 2 tau-t values
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-18 22:07

剑与玫瑰发表于 2019-6-18 08:30
老师你好，我昨天试着把tc_grps = system这里改了，跑完之后出现错误提示，这是什么原因该怎样修改呢 ...

有两个系统就有两个reference temperature
tc_grps = system的话就只有一个系统所有一个值就够了

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-4-13 21:13
请问这个问题您是如何解决的？我修改了对应部分
tc_grps    = system
tau_t    = 0.1
ref_t    = 300
但还是有这个报错。

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-4-19 12:56

wuzhiyi 发表于 2019-6-15 17:37
tc_grps = Protein Non-Protein没找到temperature coupling group
要么直接tc_grps = system 然 ...

多谢大佬，学习了

作者
Author: songyidan 时间: 2021-4-15 10:54
我之前也遇到这样的问题，按照报错提示修改tau-t ref-t的数量就可以，system 一般只输入一个就可以

作者
Author: Jan 时间: 2021-6-29 11:12

sobereva 发表于 2019-6-16 00:46
这体系里根本就没蛋白，你拿模拟蛋白质的mdp直接用显然会提示找不到名为Protein的组
没事别用all-bonds， ...

请问老师，对于键参数约束除了all-bonds还有别的比较好的设定吗？谢谢老师!!

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-30 03:19

Jan 发表于 2021-6-29 11:12
请问老师，对于键参数约束除了all-bonds还有别的比较好的设定吗？谢谢老师!!

没事甭瞎约束，只会引入人为虚假因素，等着挨审稿人批，还没有任何实际意义

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)