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标题: 求助，熔点的分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-6-18 10:46
标题: 求助，熔点的分子动力学模拟
请问老师，用Gromacs模拟扩散系数可以出来这样的图吗 (, 下载次数 Times of downloads: 79) ？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-6-18 16:34
可以啊，你不同温度分别做模拟就行了

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-6-18 17:21

fhh2626 发表于 2019-6-18 16:34
可以啊，你不同温度分别做模拟就行了

请问可以出来这样以温度为横坐标的折线图吗？如果我想模拟100-700K的扩散常数，要每个温度都跑一次模拟吗？谢谢老师！

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-6-18 17:25

模拟小菜鸟发表于 2019-6-18 17:21
请问可以出来这样以温度为横坐标的折线图吗？如果我想模拟100-700K的扩散常数，要每个温度都跑一次模拟吗 ...

是啊，不然嘞……

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-6-18 18:21

k64_cc 发表于 2019-6-18 17:25
是啊，不然嘞……

每个温度，那不是要跑几百次啦？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-18 18:25

模拟小菜鸟发表于 2019-6-18 18:21
每个温度，那不是要跑几百次啦？

就是如此。每隔几K跑一次

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-6-19 10:47

模拟小菜鸟发表于 2019-6-18 18:21
每个温度，那不是要跑几百次啦？

你一个温度下最多也就跑个几ns，很快的。

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-6-20 09:03

k64_cc 发表于 2019-6-19 10:47
你一个温度下最多也就跑个几ns，很快的。

请问每次都是从上一温度开始吗？

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-6-20 09:05

sobereva 发表于 2019-6-18 18:25
就是如此。每隔几K跑一次

老师，请问为什么我跑出来的结果总是有不正常点呢？就是突然会有一个值很大或者很小

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 02:16

模拟小菜鸟发表于 2019-6-20 09:05
老师，请问为什么我跑出来的结果总是有不正常点呢？就是突然会有一个值很大或者很小

之前很小，而之后突然变大，可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-6-21 09:12

sobereva 发表于 2019-6-21 02:16
之前很小，而之后突然变大，可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

好的，谢谢老师

作者
Author: 想发TOP 时间: 2019-8-4 09:56

sobereva 发表于 2019-6-21 02:16
之前很小，而之后突然变大，可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

老师，用扩散系数的突变来判断熔点这种方法有文献支撑吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-5 01:52

想发TOP 发表于 2019-8-4 09:56
老师，用扩散系数的突变来判断熔点这种方法有文献支撑吗

手头没有
但这符合基本逻辑

作者
Author: 想发TOP 时间: 2019-8-5 08:15

sobereva 发表于 2019-8-5 01:52
手头没有
但这符合基本逻辑

好的，老师，结合轨迹主要看什么信息能进一步判断熔点呀

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-6 07:48

想发TOP 发表于 2019-8-5 08:15
好的，老师，结合轨迹主要看什么信息能进一步判断熔点呀

肉眼看运动原子运动轨迹、范围等

作者
Author: HJC 时间: 2021-6-19 20:42
各位老师，请问：
1.模拟熔点是否可以应用在有机小分子上？
2.使用哪个命令可以模拟熔点？
3.可以计算复合物（即两种有机小分子的dimer）的熔点吗？
谢谢老师！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 06:26

HJC 发表于 2021-6-19 20:42
各位老师，请问：
1.模拟熔点是否可以应用在有机小分子上？
2.使用哪个命令可以模拟熔点？

1 问题很奇怪。熔点是对于凝聚相而言的，没法对单个分子说。如果你说分子晶体的熔点那是可以的
2 没有现成的命令。必须各个温度下都进行MD，比较扩散系数
3 你先搞清楚熔点的物理意义是什么

作者
Author: xylz6188 时间: 2022-10-2 22:15
你好！我按照你这个图来模拟正十四烷烃的沸点，求不同温度下的扩散系数，得到的扩散系数与温度之间的关系，这怎么确定沸点？

作者
Author: ssswx 时间: 2023-7-11 10:55
老师，想向您请教下，vasp计算熔点，使用固液共存，进行NPT系综，我看文献最终都会得到明显的固态（原子整齐排列）或液态（原子无规则），但是我导出POSCAR得到的无论温度如何，都是无规则的，想看您是否了解是什么原因，谢谢

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