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标题: RDG填色散点图和等值面图如何对应分析？ [打印本页]

作者
Author: cheche710 时间: 2019-6-18 21:33
标题: RDG填色散点图和等值面图如何对应分析？
用molclus做完构象搜索后，想通过RDG分析解释该结构能量最低的原因，绘制的填色散点图和等值面图如下，遇到了几个问题：1.填色散点图中有蓝色区域，但在等值面图上未见蓝色区域，（二者色彩刻度已设定严格一致），该分子是否存在内氢键？
2.五元环内出现中断的红色梭形区域，是否表明存在较弱的位阻效应？位阻效应是否是能量最低的原因之一？
3.对spike还不太理解，散点图中是有五个spike（绿色2，绿棕1，棕红1，红1）吗？跟等值面如何对应？
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-18 22:30
1 由于蓝色区域没有spike，显然等值面图上看不出来
2 强位阻作用。由于五元环中间电子密度太大，所以被默认的电子密度阈值给截断了
3 仔细看此文
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

作者
Author: cheche710 时间: 2019-6-19 10:20

sobereva 发表于 2019-6-18 22:30
1 由于蓝色区域没有spike，显然等值面图上看不出来
2 强位阻作用。由于五元环中间电子密度太大，所以被默 ...

好的，谢谢老师的解答。

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