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标题: 求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题 [打印本页]

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Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-20 08:16
标题: 求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题
本帖最后由晓滨MD 于 2019-6-20 08:19 编辑

各位老师，我用GMX跑完模拟之后用TRAVIS做空间分布函数，1个薄荷醇周围1-丁醇、1-丙醇和乙醇的分布情况，体系中薄荷醇放在盒子中间冻住，其他三种分子20个，模拟50ns。自己做出来一个SDF，但是和文献对比发现不太一样，想请老师指点一下，怎样能做出和文献一样的SDF。1.是否需要增加其他三种分子的分子数，在跑一遍模拟？
2.是否需要一定的ps技术或者在VMD里直接就可以render出来？
我上传了两个图片和travis.log，请各位老师指点一下，不胜感激绿色1-丁醇，蓝色1-丙醇，橙色乙醇

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 00:22
何不直接用gmx spatial，GROMACS程序直接自带，速度还飞快。我从来不用TRAVIS干这个

sdf图的效果受采样影响极大。被考察的分子能多尽量多，轨迹包含的帧数也应尽量多

此外，操作不当，模拟方式不合理等都可能导致sdf和实际不符，也要注意等值面数值的恰当选取

另外也可以用VMD的VolMap插件来得到sdf，由于会把粒子分布展宽成Gaussian函数，用较少的帧数就可以得到很平滑的等值面。

完全用不着ps

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-21 01:46
程序问到这个问题的时候

Up to which degree should the SDFs be smoothened (0=not at all)?

可以选择更高阶的smooth

另外你的盒子确实有点小，基本上first solvation shell 往外就没了。你做一下中心分子和溶剂的rdf，盒子至少要能使rdf最后有一段平直的线吧

另外中心分子最好不要冻住

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-21 01:50

sobereva 发表于 2019-6-21 00:22
何不直接用gmx spatial，GROMACS程序直接自带，速度还飞快。我从来不用TRAVIS干这个

sdf图的效果受采样 ...

SOB老师我想问一下，gmx spatial现在中心原子能够选择多个分子吗？比如能不能做离子液体中阴离子围绕阳离子的分布之类的东西？我刚开始做这个的时候还是gmx 4.5.5的年代，我当时看到这么一个帖子
https://mailman-1.sys.kth.se/pip ... October/093363.html
说做不了，我就放弃用g_spatial了。现在好多年过去了这个功能又加进去了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 02:00

wbn 发表于 2019-6-21 01:50
SOB老师我想问一下，gmx spatial现在中心原子能够选择多个分子吗？比如能不能做离子液体中阴离子围绕阳 ...

不太理解你的描述
把阴离子的原子都作为一个组，用gmx spatial的时候选择为被统计的组不行么？

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-21 02:09

sobereva 发表于 2019-6-21 02:00
不太理解你的描述
把阴离子的原子都作为一个组，用gmx spatial的时候选择为被统计的组不行么？

嗯，这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布，这样效率太低了。我想问gmx spatial现在能不能同时统计所有阴离子围绕所有阳离子的分布？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 02:18

wbn 发表于 2019-6-21 02:09
嗯，这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布，这样效率太低 ...

这个做不到

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-21 03:20

sobereva 发表于 2019-6-21 02:18
这个做不到

那我还是得接着用TRAVIS吧...这个软件也不慢，就是得把xtc转化成pdb这一点太坑了

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-21 09:26

wbn 发表于 2019-6-21 03:20
那我还是得接着用TRAVIS吧...这个软件也不慢，就是得把xtc转化成pdb这一点太坑了

师兄，我想请教一下TRAVIS做SDF的时候中心分子需要选择三个相对位置固定的原子，是不是就不能分析单个金属离子或者双原子分子这样的体系了呢？谢谢~

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-21 09:33

sobereva 发表于 2019-6-21 00:22
何不直接用gmx spatial，GROMACS程序直接自带，速度还飞快。我从来不用TRAVIS干这个

sdf图的效果受采样 ...

谢谢卢老师的指点。我之前用gmx spatial做过SDF，首先建立包含中心分子MET和被统计分子ETH的ndx，然后gmx spatial -f prod.xtc -s prod.tpr -bin 0.02 -n index.ndx -nab 80 -b 0 -e 50000，但是做出来的SDF效果很不好。是不是因为体系中分子数太少导致的？楼下老师说中心分子最好不要冻住，我是按照您“水盒子的空间分布函数”的实例做的，中心分子是否冻住对结果有影响吗？另外，老师您说模拟方式不合理对结果也有影响，通常来说会在哪些地方存在不合理的模拟方式呢？麻烦老师再给指点一下

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-21 09:41

wbn 发表于 2019-6-21 01:46
程序问到这个问题的时候

Up to which degree should the SDFs be smoothened (0=not at all)?

谢谢老师指点。用TRAVIS生成SDF之后会产生很多.xyz/.cub/.plt文件，直接用VMD中心分子和.cub文件，再用等值面的方式现实就可以了吧？老师文献中For comparison purpose of SDFs, the radius of solvation (i.e., cutoff) was fixed to 7 Å. For SDF plots, the system composed of DES−alcohol and 1-butanol−DES where the isovalues are 3.2 and 4 particle nm−3，就是说SDF的半径是7埃，isovalues=3.2，但是后面的 4 particle nm−3是啥意思呢？麻烦老师再给指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 10:55
如果你用gmx spatial，中心分子应当冻住。要不然你之后还得修正轨迹

你的图很零碎，明显就是采样不足。要么算更长时间，要么改用我说的volmap方式做

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-21 11:49

sobereva 发表于 2019-6-21 10:55
如果你用gmx spatial，中心分子应当冻住。要不然你之后还得修正轨迹

你的图很零碎，明显就是采样不足。 ...

谢谢老师，我再去试试

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-22 00:43

naoki 发表于 2019-6-21 09:26
师兄，我想请教一下TRAVIS做SDF的时候中心分子需要选择三个相对位置固定的原子，是不是就不能分析单个金 ...

因为从原理上说，三个点才能确定一个坐标系。单个原子的话在球坐标系下是对称的，sdf没有意义呀。双原子分子的话我就不太清楚能不能绕过程序三个原子的这个设定...

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-22 00:49

晓滨MD 发表于 2019-6-21 09:41
谢谢老师指点。用TRAVIS生成SDF之后会产生很多.xyz/.cub/.plt文件，直接用VMD中心分子和.cub文件，再用等 ...

对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件，它们是不同阶数smooth后的结果，看它们的文件名就知道哪个是哪个了。文献那句话最后你肯定漏了个respecively，意思是两个系统分别用这两个数值。travis产生的cube文件中的数字就是粒子的number density in particle/nm^-3

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-22 01:13

wbn 发表于 2019-6-22 00:43
因为从原理上说，三个点才能确定一个坐标系。单个原子的话在球坐标系下是对称的，sdf没有意义呀。双原子 ...

谢谢师兄解答~

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-23 10:55

sobereva 发表于 2019-6-21 10:55
如果你用gmx spatial，中心分子应当冻住。要不然你之后还得修正轨迹

你的图很零碎，明显就是采样不足。 ...

老师，再向您请教一下，把中心分子冻结，然后这个体系的平衡和产生模拟时都没有进行控压，这对SDF的结果有影响吗？是不是在做SDF时，中心分子冻住就不需要控压了呢？

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-23 10:55

wbn 发表于 2019-6-22 00:49
对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件，它们是不同阶数smooth后的结果，看它们的文件名就知道哪个 ...

谢谢老师的指点

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-23 23:01

wbn 发表于 2019-6-22 00:49
对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件，它们是不同阶数smooth后的结果，看它们的文件名就知道哪个 ...

老师，对于这个4 partcle我还是不太理解，在Travis中对应的应该是Calculate SDF values in nm^-3 (n) or relative to uniform density (y)? [no] no吧？我打开一个s2.cube文件里面有很多数字，但是具体哪一个是和文献中的4对应的呢？还是说需要我们自己设置

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-24 02:35

晓滨MD 发表于 2019-6-23 10:55
老师，再向您请教一下，把中心分子冻结，然后这个体系的平衡和产生模拟时都没有进行控压，这对SDF的结果 ...

冻不冻和是否需要控压没直接关系
做冻住的MD之前，应当先通过NPT模拟把体系盒子维持在合理大小，然后再做NVT+freeze的动力学得到sdf

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-6-24 09:31

sobereva 发表于 2019-6-24 02:35
冻不冻和是否需要控压没直接关系
做冻住的MD之前，应当先通过NPT模拟把体系盒子维持在合理大小，然后再 ...

谢谢老师

作者
Author: wbn 时间: 2019-6-26 00:56

晓滨MD 发表于 2019-6-23 23:01
老师，对于这个4 partcle我还是不太理解，在Travis中对应的应该是Calculate SDF values in nm^-3 (n) or ...

（particle nm−3）是单位， 3.2 和 4 分别是 DES−alcohol 和 1-butanol−DES 的isovalue 数值，在VMD里面设置

作者
Author: 小和尚 时间: 2019-12-25 15:59
能请教一下怎么打开TRAVIS的操作界面吗？我跟着说明书弄了一会儿还是没有懂

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-12-26 10:55

小和尚发表于 2019-12-25 15:59
能请教一下怎么打开TRAVIS的操作界面吗？我跟着说明书弄了一会儿还是没有懂

travis -p 文件名.pdb 我是centos7.6的操作系统

作者
Author: 小和尚 时间: 2019-12-27 09:27

晓滨MD 发表于 2019-12-26 10:55
travis -p 文件名.pdb 我是centos7.6的操作系统

非常感谢！！！

作者
Author: yixiyan 时间: 2020-5-25 10:15
师兄，想问一下您是在packmol建模的时候就只用了1个薄荷醇和其他分子各20个吗，您说的将薄荷醇放在盒子中间冻住是不是用的packmol里面的命令将薄荷醇分子固定在盒子中间？

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2020-6-7 14:11

yixiyan 发表于 2020-5-25 10:15
师兄，想问一下您是在packmol建模的时候就只用了1个薄荷醇和其他分子各20个吗，您说的将薄荷醇放在盒子中间 ...

我做SDF都是中心分子只放一个，其他分子按照电脑的计算能力越多越好。SDF的中心分子不需要在盒子中心固定，把模拟轨迹转换为.pdb格式，直接交给TRAVIS处理就可以

作者
Author: Regina 时间: 2021-1-23 15:32
请问TRAVIS是不是只可以导入pdb文件进行分析，我想用lammps导出的轨迹文件算偶极矩，但是我用了很多方法倒入轨迹文件到TRAVIS软件，但是我发现只可以用VMD打开轨迹文件然后保存模型原子坐标导入TRAVIS，但是计算偶极矩需要原子电荷数据，我发现pdb文件只有坐标，请问您计算过偶极矩变化吗，是怎么计算偶极矩变化的，希望您能回答我的问题，不胜感激，万分感谢

作者
Author: adong 时间: 2021-5-11 22:52
本帖最后由 adong 于 2021-5-11 23:01 编辑

Regina 发表于 2021-1-23 15:32
请问TRAVIS是不是只可以导入pdb文件进行分析，我想用lammps导出的轨迹文件算偶极矩，但是我用了很多方法倒 ...

作者
Author: adong 时间: 2021-5-11 23:02
老师，关于spatial命令想请教两个问题：1. 中心分子只能是一个分子吗？如果是，模拟盒子中，中心分子是只能放一个中心分子去模拟吗？还是可以放多个然后选择其中任意一个？ 2. 被统计的目标分子直接用分子的残基名所指向的组号就可以，还是把要考察的分子中的原子用 ‘or’ 给重新组合起来？

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2021-5-17 09:37

adong 发表于 2021-5-11 23:02
老师，关于spatial命令想请教两个问题：1. 中心分子只能是一个分子吗？如果是，模拟盒子中，中心分子是只能 ...

1.我的习惯是中心分子只放一个2.如果想要区分中心分子和被统计分子，通过残基名区分就可以，但是如果你用travis去计算SDF就不要区分，它会根据分子式区分

作者
Author: adong 时间: 2021-5-17 10:30

晓滨MD 发表于 2021-5-17 09:37
1.我的习惯是中心分子只放一个2.如果想要区分中心分子和被统计分子，通过残基名区分就可以，但是如果你用 ...

非常感谢

作者
Author: angervlf 时间: 2023-10-30 21:00

wbn 发表于 2019-6-21 02:09
嗯，这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布，这样效率太低 ...

请问travis怎么做所有阴离子围绕所有阳离子的分布？比如我先统计阴离子围绕阳离子。发现默认情况下我只需要选择阳离子就可以了，但其实好像打开advanced之后，会发现它默认选择的是第一个阳离子，打开advanced会让你选择第几个阳离子。并不是说对所有的阳离子都做统计。

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