计算化学公社

标题: 求助配受体复合物RMSD等值的分析问题 [打印本页]

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-20 10:32
标题: 求助配受体复合物RMSD等值的分析问题
大家好本人是一名在读小硕因为自身没有相关知识背景特来求助各位前辈有关MD结果分析的一些问题。
我想做的课题是：验证一个药物分子和三种不同蛋白是否能结合如果能则筛选出一个结合最紧密的一个蛋白（单纯地只考虑是否能结合，然后用实验去验证）。
因此我MD后做了RMSD、Rg、RMSF以及平均自由结合能的计算。部分结果如下图所示，结合能依次是-146、-114、-108(kj/mol).
我想问的是：1.从RMSD值看三个复合物的变化范围都不大且值接近我要怎么定性地描述这个结果（一般看文献中RMSD值是一开始会变化明显然后逐渐稳定）。
2.仅仅从结合能是否能得出结合得最紧密的就是第一个复合物，还是说要把各项分析结合起来得出结论。
3.回到最初的目的，我做的这些分析是否能验证三种复合物的结合，会不会做得不够或者多余的分析。
特此向给位前辈求助，不胜感激。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 00:28
Rg和RMSF分析没太大必要，说明不了什么

结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图，把蛋白质部分消除平动和转动，然后把小分子在模拟过程中多帧（比如取20帧）叠加显示，从图上可以一目了然了解小分子在蛋白质内位置的波动程度。例如下图
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你对RMSD描述不够确切，算的是蛋白质、是整体还是只是小分子部分，消除平动转动是对哪部分做的都需要交代清楚。

以后发帖不要用那么大字号，给你改了

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-23 11:00

sobereva 发表于 2019-6-21 00:28
Rg和RMSF分析没太大必要，说明不了什么

结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图，把蛋白质部分 ...

好的谢谢sob老师第一次发帖不够规范抱歉。我这里的RMSD都是复合物整体。另外想问下您利用VMD取多帧用的是xtc轨迹文件么因为我的轨迹文件都10个g左右不知道这样用VMD会不会很吃力

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-23 11:11

sobereva 发表于 2019-6-21 00:28
Rg和RMSF分析没太大必要，说明不了什么

结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图，把蛋白质部分 ...

另外想问下老师VMD该如何做到叠加多帧显示呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-24 02:32

lunan815 发表于 2019-6-23 11:00
好的谢谢sob老师第一次发帖不够规范抱歉。我这里的RMSD都是复合物整体。另外想问下您利用VMD取多帧 ...

是
你可以在VMD载入轨迹的界面里把stride选项设大，每隔一定帧数才载入一次，这样就不会造成载入过程内存不够

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-24 02:34

lunan815 发表于 2019-6-23 11:11
另外想问下老师VMD该如何做到叠加多帧显示呢

(, 下载次数 Times of downloads: 559)

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-24 10:29

sobereva 发表于 2019-6-24 02:34

谢谢sob老师！很有帮助！

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-24 19:40

sobereva 发表于 2019-6-24 02:34

sob老师打扰了还有个问题想问下您就是关于把蛋白质部分消除平动转动用RMSDTrajectoryTool 这里面参数我需要怎么设置呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-25 04:22

lunan815 发表于 2019-6-24 19:40
sob老师打扰了还有个问题想问下您就是关于把蛋白质部分消除平动转动用RMSDTrajectoryTool 这里面参 ...

点一下右上角的align按钮就行了
但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动，此时把左边的backbone选上即可

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-25 12:18

sobereva 发表于 2019-6-25 04:22
点一下右上角的align按钮就行了
但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动，此时把左边的backbone选上即可

谢谢老师终于最后做出了这样的效果图唯一就是发现把蛋白align后当我用鼠标滑轮放大时发现会变淡直到消失如第二张图一样

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-25 12:30

lunan815 发表于 2019-6-25 12:18
谢谢老师终于最后做出了这样的效果图唯一就是发现把蛋白align后当我用鼠标滑轮放大时发现会变淡直到 ...

已经解决了谢谢Sob老师~

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-25 14:52

sobereva 发表于 2019-6-25 04:22
点一下右上角的align按钮就行了
但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动，此时把左边的backbone选上即可

老师好我根据您指导做出小分子的叠加轨迹十分感谢。然后想请教一下您小分子在口袋内活动越平滑是代表结合越强烈么还是说具体得看结合能

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-26 03:07

lunan815 发表于 2019-6-25 14:52
老师好我根据您指导做出小分子的叠加轨迹十分感谢。然后想请教一下您小分子在口袋内活动越平滑是代 ...

结合能体现绝对结合强度
分子位置波动范围越小体现结合越紧密

作者
Author: lunan815 时间: 2019-6-26 13:32

sobereva 发表于 2019-6-26 03:07
结合能体现绝对结合强度
分子位置波动范围越小体现结合越紧密

学到了谢谢老师！

作者
Author: junlin 时间: 2022-8-23 10:21
您好，想请问下您做结合自由能分析的时候是用的什么做的分析呢

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