计算化学公社

标题: 求助如何分析界面扩散速率 [打印本页]

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-21 09:44
标题: 求助如何分析界面扩散速率
各位好，我想请教一下如何用GROMACS反应不同双向体系萃取过程的快慢，具体就是想得到溶质从一相扩散到另一相的速率（界面是垂直Z轴的，不知道算组成分布随时间变化能不能反映问题）。请问有什么好的方法实现吗，谢谢各位啦~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 10:59
自己写个脚本，比如统计从一相里有一半分子转移到另一相所需的时间来衡量

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-6-21 11:38
算Z方向的扩散系数/算溶质从一相移动到另一相的PMF

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-21 13:46

sobereva 发表于 2019-6-21 10:59
自己写个脚本，比如统计从一相里有一半分子转移到另一相所需的时间来衡量

谢谢Sob老师回复，请问有没有类似的脚本供参考学习一下呢

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-21 13:50

k64_cc 发表于 2019-6-21 11:38
算Z方向的扩散系数/算溶质从一相移动到另一相的PMF

谢谢k64兄回复，我想请教下您，算Z方向的扩散系数是要在萃取结束达到平衡的状态下吗，得到的扩散系数对于萃取过程来说有怎样的物理意义呢？谢谢~

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-6-21 16:38
本帖最后由 k64_cc 于 2019-6-21 16:43 编辑

naoki 发表于 2019-6-21 13:50
谢谢k64兄回复，我想请教下您，算Z方向的扩散系数是要在萃取结束达到平衡的状态下吗，得到的扩散系数对于 ...

萃取过程就是你的solute从一相移动到另一相，然后你想研究的是这个过程的动力学和平衡态性质，那么对单个solute来说，它对两相的倾向性用PMF可以很好地表示，而它在Z轴每个位置的动力学性质可以用XY面上的扩散系数反映（是的我之前打错了……）。以上性质都是平衡态的。

https://pubs.rsc.org/en/Content/ ... 01542B#!divAbstract
我们组之前的文章，仅供参考

对于多个solute我暂时还没想出什么好方法来，毕竟体系平衡的时候萃取已经结束了，对于一堆solute分子你也不能想出个好的CV来……

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-21 19:47

k64_cc 发表于 2019-6-21 16:38
萃取过程就是你的solute从一相移动到另一相，然后你想研究的是这个过程的动力学和平衡态性质，那么对单个 ...

收到，非常感谢~我去研究研究PMF，有不懂的来骚扰老哥啊

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 22:50

naoki 发表于 2019-6-21 13:46
谢谢Sob老师回复，请问有没有类似的脚本供参考学习一下呢

没有现成的
自己用VMD的tcl语言写一个脚本撑死了超不过20行

还可以通过写脚本导出“在另一相的百分比” vs “模拟时间”的数据然后作图，放到文章里更为直观

作者
Author: naoki 时间: 2019-6-22 01:12

sobereva 发表于 2019-6-21 22:50
没有现成的
自己用VMD的tcl语言写一个脚本撑死了超不过20行

谢谢Sob老师的指点~感觉跑完动力学，各种信息都在里面了，怎么提取更是个技术活，还得不断学习

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