计算化学公社

标题: 求助两个分子用VMD绘制质心连线 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2019-6-21 09:55
标题: 求助两个分子用VMD绘制质心连线
我通过社长之前写过的一个脚本得到了每一帧下两个小分子苯环区的质心，我想用线把质心相连，请问是不是还需要写个脚本？刚开始学习，希望得到大家的帮助。谢谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 10:42
两个有关的绘图命令的使用例子
draw line {0 0 0} {3 4 5} width 2：在(0,0,0)与(3,4,5)之间绘制粗度为2的连线
draw cylinder {0 1 0} {3 14 0} radius 1 filled yes resolution 20：在(0,1,0)与(3,14,0)之间画一个柱形，半径是1，里面都充满（否则从截面看就一个壳）。resolution越大越圆滑

作者
Author: Novice 时间: 2019-6-21 14:04
哪个脚本或者帖子，麻烦分享一下呗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 22:37

Novice 发表于 2019-6-21 14:04
哪个脚本或者帖子，麻烦分享一下呗

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

作者
Author: 明园 时间: 2019-6-24 08:47
谢谢sob老师，谢谢您！

作者
Author: 明园 时间: 2019-6-25 20:38

sobereva 发表于 2019-6-21 10:42
两个有关的绘图命令的使用例子
draw line {0 0 0} {3 4 5} width 2：在(0,0,0)与(3,4,5)之间绘制粗度为2的 ...

sob老师，请问在一段轨迹中，对两个或三个小分子进行质心相连，用下面这个例子的脚本可以吗？

作者
Author: 明园 时间: 2019-6-25 20:59

sobereva 发表于 2019-6-21 22:37
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

老师，我把例子上的 atomselect top all 改成了 atomselect top "resid 1 and name C C1 C2 C3 C4 C5"
把 set crit 10 改成了40 但是没有任何的显示。是不是我 atomselect 选择写错了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-26 03:15

明园发表于 2019-6-25 20:59
老师，我把例子上的 atomselect top all 改成了 atomselect top "resid 1 and name C C1 C2 C3 C4 C5" ...

看不懂你的描述。
如果想确认选择语句选的范围对不对，直接用VMD把那部分单独显示出来就知道了
脚本里第三行的用处是得到总残基数，我不晓得你改atomselect top all是什么用意

作者
Author: 明园 时间: 2019-6-26 08:44

sobereva 发表于 2019-6-26 03:15
看不懂你的描述。
如果想确认选择语句选的范围对不对，直接用VMD把那部分单独显示出来就知道了
脚本里 ...

好的，谢谢sob老师，最近正在一点点的学习写脚本，谢谢老师的细心指导。

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-7-10 23:03

sobereva 发表于 2019-6-21 22:37
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

请问sob老师，我在使用这个脚本的时候出现图片a报错是什么原因？若我要绘制如图b那样的两个苯环的几何中心连线，又要怎么写脚本呢？十分感谢您的解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 12:41

jiaxing6821 发表于 2021-7-10 23:03
请问sob老师，我在使用这个脚本的时候出现图片a报错是什么原因？若我要绘制如图b那样的两个苯环的几何中 ...

VMD载入的文件可能有问题，没具体文件不好判断。410博文里提供了一个示例文件，先看看能不能对那个文件正常绘制

群里已经回了。不要24小时内在群里和论坛里问相同问题

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-7-11 20:15

sobereva 发表于 2021-7-11 12:41
VMD载入的文件可能有问题，没具体文件不好判断。410博文里提供了一个示例文件，先看看能不能对那个文件正 ...

好的，谢谢sob老师！

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