计算化学公社

标题: 求助运行gmx gangle命令出现 Segmentation fault (core dumped) [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-24 11:17
标题: 求助运行gmx gangle命令出现 Segmentation fault (core dumped)
命令如下：gmx gangle -f mapped.xtc -n bonded.ndx -g1 angle -group1 -oav -oall -oh
group选择0， Ctrl-D 后出现Segmentation fault (core dumped)
请问是哪里出错了呐？ (, 下载次数 Times of downloads: 293)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-25 03:56
我从来不用这个命令，也没感觉这个命令有什么价值（通过自写VMD脚本可以轻易实现），不过貌似是ndx文件定义的问题。诸如只保留前三个原子就能正常运行

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-25 09:36

sobereva 发表于 2019-6-25 03:56
我从来不用这个命令，也没感觉这个命令有什么价值（通过自写VMD脚本可以轻易实现），不过貌似是ndx文件定义 ...

我正在做Martini粗粒化，需要用这个命令进行映射，我在检查下文件看看

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)