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标题: 求助关于gromacs中的热浴压浴选择 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-25 16:16
标题: 求助关于gromacs中的热浴压浴选择
老师您好，我想做聚合物体系在一个大气压下快速降温过程的模拟过程，温度快速降温的模拟从500K到480K，所以我热浴选择的是V-rescale热浴，我想请问随着温度的变化，是否影响盒子内体系压力的震荡？体系中压力是受什么因素影响呢？如果有，我用Berendsen压浴，此时时间常数最好设置多少？降温完成后我再做10ns的模拟求平均密度，此时的热浴我还用VR热浴，压浴是用PR热浴还是Berendsen都可以呢？谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-26 03:05
变温过程Berendsen压浴，恒定压力过程PR压浴，时间常数一般分别用0.5ps、2ps就可以。

温度显然会影响压力。受什么影响一看压力计算公式就知道，当前盒子体体积、原子坐标、原子间作用力、原子速度都决定压力。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-26 08:14

sobereva 发表于 2019-6-26 03:05
变温过程Berendsen压浴，恒定压力过程PR压浴，时间常数一般分别用0.5ps、2ps就可以。

温度显然会影响压 ...

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