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标题: 请问体系中含几个相同残基名的分子时如何分别计算msd [打印本页]

作者
Author: 青青青 时间: 2019-6-25 20:38
标题: 请问体系中含几个相同残基名的分子时如何分别计算msd
我的模拟体系中含有3个分子，残基名字都是MOL，如下图所示。
当用g_msd命令计算扩散系数时，由于3个分子在同一个组里，只能合在一起计算msd，请问大家如何单独计算每个分子的均方位移呢？谢谢解答。
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作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-25 21:06
自己写个索引组做不到吗？

作者
Author: 青青青 时间: 2019-6-25 21:47

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-25 21:06
自己写个索引组做不到吗？

我尝试在index文件里分组了，但是，g_msd之后让选择组的时候还是只有MOL这一个名字，需要把gro文件里的3个分子用不同的名字表示吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-26 02:59

青青青发表于 2019-6-25 21:47
我尝试在index文件里分组了，但是，g_msd之后让选择组的时候还是只有MOL这一个名字，需要把gro文件里的3 ...

用msd命令的时候用-n [你的索引文件的名字]

作者
Author: 青青青 时间: 2019-6-26 13:43

sobereva 发表于 2019-6-26 02:59
用msd命令的时候用-n [你的索引文件的名字]

好的，谢谢老师

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