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标题: 用acpype.py 可以构建离子化合物的拓扑文件吗 [打印本页]

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2019-6-25 23:55
标题: 用acpype.py 可以构建离子化合物的拓扑文件吗
我用高斯优化了CaCl2的结构，保存为cacl.mol2，然后用 ./acpype.py -i cacl.mol2 命令执行，结果出错，不知道什么原因，请老师看一下附件，指导一下，谢谢我还尝试了其他的物质，水，可以正常运行。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-26 02:52
这种情况根本就不适合用acpype
你应当把Ca2+和Cl-直接当成离子，离子的信息在gmx自带的力场文件中都有，直接用就完了

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2019-6-26 08:35

sobereva 发表于 2019-6-26 02:52
这种情况根本就不适合用acpype
你应当把Ca2+和Cl-直接当成离子，离子的信息在gmx自带的力场文件中都有，直 ...

好的老师我试试

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