计算化学公社

标题: 求助，用gromacs跑完粗粒化的蛋白如何分析？ [打印本页]

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-6-26 15:31
标题: 求助，用gromacs跑完粗粒化的蛋白如何分析？
有用到过gmx rdf，gmx rms，gmx densmap和gmx rmsf……
想知道受体各残基与脂质的作用时长之类关于脂质与蛋白互作的分析应该从何入手呢？
类似于这种 (, 下载次数 Times of downloads: 387)

找过很多教程，太分散了不知从何入手……求教各位大神…

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-1 11:42
写个VMD脚本，循环各个残基，用measure contacts检验残基与磷脂的接触情况，如果有接触，累加变量就加1。之后将接触次数乘上步长，做个柱状图就完了
虽然gmx里自带的一些工具诸如gmx distance、gmx pairdist之类的也可以做统计，但还不如写VMD脚本来得方便

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-7-2 09:28
本帖最后由路过的一只于 2019-7-2 09:44 编辑

sobereva 发表于 2019-7-1 11:42
写个VMD脚本，循环各个残基，用measure contacts检验残基与磷脂的接触情况，如果有接触，累加变量就加1。之 ...

谢谢sob老师的解答~！请问老师这种脚本有类似的示例吗？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-7-2 10:19

路过的一只发表于 2019-7-2 09:28
谢谢sob老师的解答~！请问老师这种脚本有类似的示例吗？

你去参加培训，脚本多得是

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-2 10:39

路过的一只发表于 2019-7-2 09:28
谢谢sob老师的解答~！请问老师这种脚本有类似的示例吗？

没有恰好现成的，怎么写也不是几句话说得清楚的

如4L所说，北京科音分子动力学与GROMACS培训里会提供好几十个VMD脚本例子，并具体介绍怎么编写，效仿着很快就能写出来

自学脚本编写的话，看VMD的user guide，有VMD内置的命令介绍以及几个脚本例子，需要举一反三。至于Tcl语法可以看这个自学http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=157&highlight=tcl，有编程基础的话两三个小时就能基本学会

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Author: 路过的一只 时间: 2019-7-2 18:53

sobereva 发表于 2019-7-2 10:39
没有恰好现成的，怎么写也不是几句话说得清楚的

如4L所说，北京科音分子动力学与GROMACS培训里会提供 ...

我是有想法参加科音的培训来着！就是时间没赶上，下次好像得明年上半年了？好的老师，我先试着看看这个网页。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-2 23:01

路过的一只发表于 2019-7-2 18:53
我是有想法参加科音的培训来着！就是时间没赶上，下次好像得明年上半年了？好的老师，我先试着看看这个网 ...

下一届预计明年刚开始，春节之前

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Author: CruiseBend 时间: 2022-7-26 21:29
老师，针对脂质和蛋白contact这个问题我写了个tcl脚本；想计算每一帧每一个residue的接触，画成二维图，但是很容易算了几帧就奔溃了，麻烦老师看看。

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