计算化学公社

标题: GMX版本问题与计算粘度的问题 [打印本页]

作者
Author: mengfc 时间: 2019-6-27 02:57
标题: GMX版本问题与计算粘度的问题
最近上了Sob老师的分子动力学和GMX培训班。使用GMX2018版本（上课提供的版本）计算水盒子的粘度总是有问题：计算的到的1/Viscosity总是比正常值小一个数量级，有时还会出现负值。但使用2016版本的GMX计算时，得到的结果就是正常的。请问这个差别是在版本上吗？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-27 10:03
老师不是说了，粘度本来就是一个不好模拟的量，能定性就已经不错了。

作者
Author: ulosggs 时间: 2019-6-27 11:20
我也发现GROMACS 2018 版用Nose hoover 控温模拟粘度不太正常，可能新版引入了新bug。用v-rescale控温+paranello-rahman控压得到的结果和2016版一样。

作者
Author: mengfc 时间: 2019-6-27 20:38

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-27 10:03
老师不是说了，粘度本来就是一个不好模拟的量，能定性就已经不错了。

谢谢。确实只能定性，但是数量级的差别甚至出现负值感觉就不太正常了。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-27 20:49

mengfc 发表于 2019-6-27 20:38
谢谢。确实只能定性，但是数量级的差别甚至出现负值感觉就不太正常了。

你是自己的另一个体系的模拟还是课上的？

作者
Author: mengfc 时间: 2019-6-27 20:56

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-27 20:49
你是自己的另一个体系的模拟还是课上的？

课上的例子，用的全是未经修改的原始文件

作者
Author: mengfc 时间: 2019-6-28 04:05
本帖最后由 mengfc 于 2019-6-28 04:08 编辑

ulosggs 发表于 2019-6-27 11:20
我也发现GROMACS 2018 版用Nose hoover 控温模拟粘度不太正常，可能新版引入了新bug。用v-rescale控温+para ...

谢谢您，我用2018用的确实也是v-rescale控温+paranello-rahman控压，但是粘度很奇怪

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-6 03:32
课上的homo\waterbox\vis目录下的是gromacs 2016跑的，我拿最新的2019.3重新跑了下，vis.mdp和课上一样，直接运行gmx grompp -f vis.mdp -c ../eq.gro -t ../eq.cpt -p ../waterbox.top -o vis.tpr 产生tpr，然后跑MD，结果如下
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

课上的average是1564.7，上面算出来的结果和课上的基本一致。

我这里用的gmx2019.3就是我这里提供的
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

作者
Author: qinzhong605 时间: 2019-7-6 21:46

我也跑了多次，没重复出来，还跑出来负值

作者
Author: mengfc 时间: 2019-7-6 23:17

sobereva 发表于 2019-7-6 03:32
课上的homo\waterbox\vis目录下的是gromacs 2016跑的，我拿最新的2019.3重新跑了下，vis.mdp和课上一样，直 ...

谢谢Sob老师，我也用2019.3（自己安装的）跑了一下，2019.3版本跑粘度没有问题。感觉问题出在了2018版。2016和2019都没有问题

作者
Author: mengfc 时间: 2019-7-6 23:18

qinzhong605 发表于 2019-7-6 21:46
我也跑了多次，没重复出来，还跑出来负值

换个版本试一下

作者
Author: qinzhong605 时间: 2019-7-7 11:35

mengfc 发表于 2019-7-6 23:18
换个版本试一下

果然版本问题，

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-14 10:30
GROMACS的手册官方release里2018.5提到并修复了这个bug
Fix acceleration with cos-acceleration：A factor of 2 was missing from the acceleration value, leading to incorrect results when e.g. calculating viscosities.

作者
Author: panernie 时间: 2021-1-16 21:58

sobereva 发表于 2019-7-6 03:32
课上的homo\waterbox\vis目录下的是gromacs 2016跑的，我拿最新的2019.3重新跑了下，vis.mdp和课上一样，直 ...

sob老师，vis.mdp的内容可以分享吗，我在网上查了很多没有这块的资料。

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