计算化学公社

标题: 关于Gromacs和ORCA连用的QMMM计算的问题 [打印本页]

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-6-30 09:26
标题: 关于Gromacs和ORCA连用的QMMM计算的问题
本帖最后由 yaochuang 于 2015-6-30 09:31 编辑

最近一直在摸索利用Gromacs和ORCA结合做QMMM，但是遇到一些问题，请大家帮忙看看，先在这里谢谢了！

Gromacs和ORCA连用安装
1：安装ORCA

2：自行安装FFTW到software/fftw334文件夹，并且执行export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/gentai/software/fftw334

3：安装gromacs
tar -zxf gromacs-5.0.tar.gz解压之，进入Gromacs的解压目录
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/gentai/software/gromacs504 -DGMX_QMMM_PROGRAM=ORCA
make -j //-j代表调用所有核并行编译
make install
设置环境变量 export PATH=/home/gentai/software/gromacs51/bin:$PATH

计算过程：

设置环境变量，并且建立QM计算部分的md-qmmm.ORCAINFO文件
export GMX_QM_ORCA_BASENAME=md-qmmm ;.tpr 文件的前缀, 用于Orca计算的输入和输出文件名
export GMX_ORCA_PATH=/home/gentai/software/ORCA/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca ;指定orca的绝对路径

这是用到的mdp文件： (, 下载次数 Times of downloads: 75)
这是用到的ORCAINFO文件： (, 下载次数 Times of downloads: 67)

利用这些计算能够顺利进行，但是我发现在ORCA计算的过程中仅仅用到了从Gromacs传递过来的QM部分原子的坐标，并没有用到Gromacs中的MM部分的电荷或范德华力对QM部分的影响。
这很有可能是md-qmmm.ORCAINFO文件中我没有指定这两个文件参数：

# file containing the Lennard Jones coefficients for the Lennard-Jones interaction
%LJCoefficients "temp.LJ"
# file containing the point charges for the electrostatic interaction
%pointcharges "temp.pc"

但是这两个文件我要怎样才能得到呢？应该不会每一步都要自己写吧？（并且在ORCA Manul中我也没有找到这两个文件的格式）

谢谢了！

作者
Author: hcscome 时间: 2016-10-8 12:08
你好，楼主这个问题你现在解决了吗？我也遇到了这个问题

作者
Author: yaochuang 时间: 2016-10-11 15:40

hcscome 发表于 2016-10-8 12:08
你好，楼主这个问题你现在解决了吗？我也遇到了这个问题

后面我发现用 opt时会自动产生，单计算能量是不会产生的。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2020-7-18 19:22
您好，我想询问，gromacs+orca qmmm 能并行吗？我对.ORCAINFO加上pal4,运行不了，但是单核就没问题。

作者
Author: yaochuang 时间: 2020-7-19 15:38

ZHANGZY 发表于 2020-7-18 19:22
您好，我想询问，gromacs+orca qmmm 能并行吗？我对.ORCAINFO加上pal4,运行不了，但是单核就没问题。

我用的是单机，可以并行

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2020-7-19 22:20
多谢您，yaochuang。现在我能使orca并行了（pal4可以运行），可是gromacs 只能单核（-nt 1），这是不是gromacs-orca QM/MM模块的约束？或者有什么别的方法使gromacs也能并行起来。

作者
Author: yaochuang 时间: 2020-7-22 21:37

ZHANGZY 发表于 2020-7-19 22:20
多谢您，yaochuang。现在我能使orca并行了（pal4可以运行），可是gromacs 只能单核（-nt 1），这是不是grom ...

我的也只能用-nt 1

作者
Author: songyidan 时间: 2021-3-31 16:01
你好，我想问一下为什么不直接用orca421的QM/MM呢，这样的话不是更方便吗

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