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标题: 求助：拉伸过程蛋白发生旋转 [打印本页]

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作者
Author: wh.shen    时间: 2019-6-30 11:45
标题: 求助：拉伸过程蛋白发生旋转

1. <div align="left">;title                  = FWS
   
2. </div>;cpp                    = /usr/bin/cpp
   
3. constraints            = hbonds
   
4. constraint_algorithm   = LINCS
   
5. lincs_order            = 4
   
6. ;shake_tol              = 0.0001
   
7. comm_mode              = Linear
   
8. comm_grps              = Protein Non-protein
   
9. integrator             = md
   
10. dt                     = 0.002 ; ps !
    
11. nsteps                 = 2500000 ; total 5000 ps.
    
12. nstcomm                = 10
    
13. nstxout                = 5000 ; collect data every 1 ps
    
14. nstenergy              = 5000
    
15. nstvout                = 5000
    
16. nstlog                 = 5000
    
17. nstxtcout              = 1000
    
18. xtc_grps               = non-water
    
19. nstfout                = 0
    
20. nstlist                = 10
    
21. ns_type                = grid
    
22. rlist                  = 1.0
    
23. ; Electrostatics
    
24. coulombtype              = PME
    
25. rcoulomb                 = 1
    
26. ; van der Waals
    
27. vdw-type                 = switch
    
28. rvdw-switch              = 0.8
    
29. rvdw                     = 1.0
    
30. fourierspacing         = 0.12
    
31. fourier_nx             = 0
    
32. fourier_ny             = 0
    
33. fourier_nz             = 0
    
34. pme_order              = 4
    
35. ewald_rtol             = 1e-5
    
36. optimize_fft           = yes
    
37. energygrps             = SOL protein
    
38. ; Berendsen temperature coupling is on in two groups
    
39. Tcoupl                 = v-rescale ;nose-hoover
    
40. tau_t                  = 0.5 0.5
    
41. tc-grps                = Protein Non-protein
    
42. ref_t                  = 300 300
    
43. ; Pressure coupling is on
    
44. Pcoupl                 = no
    
45. tau_p                  = 1.0
    
46. compressibility        = 4.5e-5
    
47. ref_p                  = 1.0
    
48. refcoord_scaling       = com
    
49. ; Generate velocites is on at 300 K.
    
50. gen_vel                = yes
    
51. gen_temp               = 300.0
    
52. gen_seed               = -1
    
53. pull                   = yes
    
54. pull-coord1-type       = umbrella
    
55. pull-coord1-geometry   = direction-periodic
    
56. pull-coord1-start      = yes
    
57. pull-coord1-groups     = 1 2
    
58. ;pull-coord1-origin     = 12.5502 14.9339 6.3207
    
59. ;pull-coord1-init       = 14.2249
    
60. pull-ngroups           = 2
    
61. pull-group1-name       = pull
    
62. pull-group2-name       = freez
    
63. pull-coord1-vec        = -0.0846 -0.9716 0.2208
    
64. pull_coord1-rate       = 0.005
    
65. pull_coord1-k          = 500          ; kJ mol^-1 nm^-2
    
66. pull_nstxout           = 50
    
67. pull_nstfout           = 50

复制代码

@sobereva ，上面是我的拉伸代码，附件是拉伸过程的动画，不知为何会发生旋转，请问sob老师如何解决？

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作者
Author: sobereva    时间: 2019-7-1 09:54
尝试
comm_mode              = angular
comm_grps              = Protein

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