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标题: 求助：关于在Gaussian中使用m062x泛函6-311+g(2df,p) 基组计算遇到的的问题 [打印本页]

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Author: qian04551 时间: 2019-7-1 14:59
标题: 求助：关于在Gaussian中使用m062x泛函6-311+g(2df,p) 基组计算遇到的的问题
各位老师好，最近在算一个结构的能量使用的Gaussian中m062x泛函6-311+g(2df,p) 基组，一开始算了五天看输出文件没有任何变化，再后来输出文件开始变化，差不多要一天走一步，按目前的情况看应该得需要挺长时间，想问用现在这种方法计算都是这样的吗？需要历时很长时间？有什么其他的办法吗？结构和计算方法来源于J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 13923−13929。初次使用m062x泛函和高基组进行计算，希望得到各位老师帮助，谢谢！输入文件在附件中。

下面是输出文件最后的一部分输出内容

Leave Link 1110 at Mon Jun 24 03:42:15 2019, MaxMem= 1342177280 cpu:  429222.9
(Enter /home-gg/Soft/Gaussian/g09/l1002.exe)
Minotr:  Closed shell wavefunction.
      IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
      IDoAtm=1111111111111111111111111
      Direct CPHF calculation.
      Differentiating once with respect to electric field.
            with respect to dipole field.
      Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
      Requested convergence is 1.0D-08 RMS, and 1.0D-07 maximum.
      Secondary convergence is 1.0D-12 RMS, and 1.0D-12 maximum.
      NewPWx=T KeepS1=F KeepF1=F KeepIn=T MapXYZ=F SortEE=F KeepMc=T.
      MDV= 1342176526 using IRadAn=    2.
Generate precomputed XC quadrature information.
      Solving linear equations simultaneously, MaxMat=    72.
FoFCou: FMM=T IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=       2001
      NFxFlg=          0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
      Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=    0 IOpCl=  0
      NMat0= 39 NMatS0= 39 NMatT0= 0 NMatD0= 39 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
      I1Cent=          0 NGrid=          0.
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC: 9
      There are 228 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
228 vectors produced by pass  0 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 1.32D+03 1.61D+01.
AX will form 39 AO Fock derivatives at one time.
228 vectors produced by pass  1 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 1.17D+02 2.23D+00.
227 vectors produced by pass  2 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 3.11D+00 1.58D-01.
227 vectors produced by pass  3 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 4.31D-02 1.98D-02.
226 vectors produced by pass  4 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 4.46D-04 2.00D-03.

作者
Author: Novice 时间: 2019-7-1 15:15
本帖最后由 Novice 于 2019-7-1 15:22 编辑

你怎么没有设置多核并行计算（%nprocshared=X）？还是你用的电脑设置了默认多核并行？体系不小，感觉如果你不多核并行差不多就是这个速度，M062X本身就会慢很多，毕竟加了弥散而且基组也比较大。可能在算个3-5步这个过程就结束了吧。都算这么多天了了还是等等吧。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量的时候才采用高精度计算。
这篇博文比较有用：
http://sobereva.com/387

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-1 16:28

让你变成回忆发表于 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量 ...

我有用小的基组先算了，上面提到的文章里面是先用小的基组算了，然后用大的基组，下面方法算的Thermal and solvation corrections were included in conjunction with gas phase single point energies calculated with the 6-311+G(2df,p) basis set47 to yield the Gibbs free energies of the species.

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-1 16:29

让你变成回忆发表于 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量 ...

谢谢您的回复

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-1 16:30

Novice 发表于 2019-7-1 15:15
你怎么没有设置多核并行计算（%nprocshared=X）？还是你用的电脑设置了默认多核并行？体系不小，感觉如果你 ...

，谢谢您的回复，我们是在超算平台上算的在脚本文件设置了核数，不是用自己服务器算的

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-1 16:42

让你变成回忆发表于 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量 ...

优化使用小基组Optimized geometries and frequencies (yielding zero-point energies and thermal corrections) were obtained in the gas phase using the 6-31G(d,p) basis set for carbon and hydrogen atoms and the 6-31+G(d,p) basis set for nitrogen and oxygen atoms.

作者
Author: h840473807 时间: 2019-7-1 16:59
优化和频率计算必须使用同一等级，不然没有意义

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-1 19:45

qian04551 发表于 2019-7-1 16:28
我有用小的基组先算了，上面提到的文章里面是先用小的基组算了，然后用大的基组，下面方法算的Thermal an ...

人家说的是算能量用6-311+G(2df,p)，你做振动分析用这么大基组干嘛，能不慢么，本来体系就不小，振动分析就是相当耗时的任务，再加上本身M06-2X耗时就高

你这种体系优化+振动分析用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*完全够了

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-1 21:18

sobereva 发表于 2019-7-1 19:45
人家说的是算能量用6-311+G(2df,p)，你做振动分析用这么大基组干嘛，能不慢么，本来体系就不小，振动分析 ...

嗯嗯非常感谢sobereva老师，我一开始是单独用高基组单独算了单点能，然后看文章写着Thermal and solvation corrections，觉得做振动分析能得到校正能，就又算上频率了。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2019-7-2 02:43

qian04551 发表于 2019-7-1 16:30
，谢谢您的回复，我们是在超算平台上算的在脚本文件设置了核数，不是用自己服务器算的

超算提交任务脚本里面设置了不代表你在高斯输入文件里就不用写了。一个是申请多少平米的住房，一个是实际允许任务可以占用多少平米的住房。如果你在输入文件里面不写那大概率是申请了N核实际用了1核

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-2 09:21

ABetaCarw 发表于 2019-7-2 02:43
超算提交任务脚本里面设置了不代表你在高斯输入文件里就不用写了。一个是申请多少平米的住房，一个是实 ...

嗯嗯，谢谢您的回复

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