计算化学公社

标题: 求助CO2在ChCl-EG溶剂体系中的溶解度的计算 [打印本页]

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-7-1 16:36
标题: 求助CO2在ChCl-EG溶剂体系中的溶解度的计算
请问老师，我已经构建了ChCl-EG溶剂体系，我想再往里面加CO2，计算CO2在其中的溶解度，我该怎么做呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-1 19:32
扩大盒子，往真空区里加CO2

作者
Author: moluren 时间: 2019-7-4 14:38
请问，您在构建chcl - EG体系时，对chcl 的拓补文件是如何生成的？您在模拟CO2在 chcl - EG的溶解度时，是先将 chcl - EG优化以后，再加入CO2呢，还是将 chcl-EG-CO2一起放入盒子，同时进行模拟的呢？

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-7-11 14:37

moluren 发表于 2019-7-4 14:38
请问，您在构建chcl - EG体系时，对chcl 的拓补文件是如何生成的？您在模拟CO2在 chcl - EG的溶解度时，是 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-7-11 14:38

模拟小菜鸟发表于 2019-7-11 14:37
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

您看下这个吧，我是用Lig找拓扑文件的

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-7-22 14:48

sobereva 发表于 2019-7-1 19:32
扩大盒子，往真空区里加CO2

请问老师，我在不知道该DES溶解CO2能力的情况下，是慢慢往里面加CO2吗，溶解度要怎么计算呢？谢谢老师百忙之中抽空回答，感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-23 19:10

模拟小菜鸟发表于 2019-7-22 14:48
请问老师，我在不知道该DES溶解CO2能力的情况下，是慢慢往里面加CO2吗，溶解度要怎么计算呢？谢谢老师百 ...

可以在盒子一侧一次加很多CO2，如果CO2非常多的话，体系应该会呈现气液界面，然后去统计液相区域里平均有CO2，就可以换算出溶解度

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-7-25 17:08

sobereva 发表于 2019-7-23 19:10
可以在盒子一侧一次加很多CO2，如果CO2非常多的话，体系应该会呈现气液界面，然后去统计液相区域里平均有 ...

请问液相区域内的CO2数是可以计算出的吗？放很多CO2进去的话不会充分混合吗，还会有气液界面吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-25 21:20

模拟小菜鸟发表于 2019-7-25 17:08
请问液相区域内的CO2数是可以计算出的吗？放很多CO2进去的话不会充分混合吗，还会有气液界面吗？

用VMD的命令行和脚本很容易统计
不是完全互溶的，总会有纯粹的CO2区

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-12-16 19:01

sobereva 发表于 2019-7-25 21:20
用VMD的命令行和脚本很容易统计
不是完全互溶的，总会有纯粹的CO2区

请问老师用哪个命令可以统计呢，我没有找到相关例子，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-16 23:55

模拟小菜鸟发表于 2019-12-16 19:01
请问老师用哪个命令可以统计呢，我没有找到相关例子，感谢

VMD user guide里讲了语法，也给了VMD里tcl语句、脚本使用例子，仔细看就能会

PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班里会非常详细讲

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-12-17 09:08

sobereva 发表于 2019-12-16 23:55
VMD user guide里讲了语法，也给了VMD里tcl语句、脚本使用例子，仔细看就能会

PS：北京科音分子动力学 ...

谢谢老师，请问有链接吗

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