计算化学公社

标题: 关于小分子通过孔道的自由能计算的几点问题 [打印本页]

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-30 13:23
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作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-30 13:41
justin那个教程没仔细看过，你可以直接给他发邮件。一般乐意做网页写教程的人都比较愿意回复邮件

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-30 14:40
Sob老师对于这种类型的自由能计算有什么经验吗？？您上传到群共享中的教程我看了！他貌似是将CNT 作为了reerence group，然后将Z轴上沿着一定距离的水分子替代为Na，然后对得到的构型进行模拟，采样！（我很不理解“沿着一定距离的水分子替代为Na”这个是什么意思，为什么不将一个Na离子沿着反应坐标即Z轴进行拉伸，然后每个0.05nm取一个构型作为窗口呢？？，不知道这样理解可正确）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-30 15:24
我不太清楚justin是教程是怎么做的，暂时没时间看，我也不很清楚为什么你要设拉伸速度。
得到PMF有两种常用的方法，一个是做拉伸动力学(SMD)，从PMF坐标的一头拉到另一头，利用Jarzynski equality方程得到PMF曲线，例如这篇Biomaterials 30 (2009) 2807–2815。这需要拉伸比较慢，并且拉伸许多次取平均；另一种就是WHAM，我发的那个教程是很典型的实现，设一批挨着的不同window，即在不同window中放置Na并让Na受到window中央的伞状势，做MD来采样，然后再把所有window采样结果通过WHAM方法转化成一条完整的PMF。

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-6-30 15:34
电荷呈不呈中性肯定会对PMF有影响的吧，况且如果不是电中性的话，PME计算长程静电力结果就完全不对了

我似乎没见过像这样取反应坐标的，用CNT质心和钠离子的距离的Z轴投影作为反应坐标似乎要合理得多

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-6-30 15:53
还有一个问题，distance是没有方向性的，你的反应坐标似乎保证钠离子通过channel

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-30 16:12
谢谢您的回复，我在琢磨一下！我想请问您对于这种PMF的计算了解吗??

作者
Author: fankui1990129 时间: 2015-7-1 13:49
你好，我对这个很感兴趣。请问能不能把Justin的帖子给我看看呢？我刚刚没有搜到，是在这个群里的么？

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-7-1 15:55
google is your friend (or baidu)

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-1 16:23

fankui1990129 发表于 2015-7-1 13:49
你好，我对这个很感兴趣。请问能不能把Justin的帖子给我看看呢？我刚刚没有搜到，是在这个群里的么？

http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... utorials/index.html

作者
Author: fankui1990129 时间: 2015-7-1 23:04

ruanyang 发表于 2015-7-1 15:55
google is your friend (or baidu)

自学外行，不太清楚

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-7-6 16:00

sobereva 发表于 2015-6-30 15:24
我不太清楚justin是教程是怎么做的，暂时没时间看，我也不很清楚为什么你要设拉伸速度。
得到PMF有两种常 ...

请问老师，PMF的计算及分析是不是高级班的内容呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-6 17:22

tjuptz 发表于 2019-7-6 16:00
请问老师，PMF的计算及分析是不是高级班的内容呢？

是

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