计算化学公社

标题: ONIOM方法中link atom必须用氢原子饱和吗？ [打印本页]

作者
Author: luckyyjjun 时间: 2019-7-2 21:37
标题: ONIOM方法中link atom必须用氢原子饱和吗？
使用ONIOM方法计算分子筛吸附，想知道QM和MM分区如果是共价键的话，必须截断了之后，用link atom饱和吗？如果是的话，那这个饱和的原子算是QM区的吗？看文献中有的提到了用氢原子饱和，有的没有，一直搞不懂，很纠结，不知道该怎么建模才好，恳请各位高手帮忙。万分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-2 22:37
共价键截断处饱和是必须的
通常用氢饱和，但也不是只能用氢，输入文件里可以直接指定用什么元素

PS：以如今的计算能力，特别是恰当利用ORCA和xtb，算这种问题其实用ONIOM根本就不是必须的，若非要效仿别人（尤其是早期的文章）用ONIOM很容易弄巧成拙，白浪费时间结果还烂。ONIOM能不用就绝对别用。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-7-3 08:46

sobereva 发表于 2019-7-2 22:37
共价键截断处饱和是必须的
通常用氢饱和，但也不是只能用氢，输入文件里可以直接指定用什么元素

sob老师好，这里截断处饱和，如何饱和？就直接在截断处人为添加一个H？这样的话QM部分饱和了，另外的MM部分在截断处是不是也要饱和？如果这样的话，是不是饱和处就是两个H？
比如说 H3-C-CH3，左边的H3-C用QM，右边的CH3用MM。这样的话，在C-C中间添加两个H？一个算是QM，一个算是MM？这样理解不知道对不对。
谢谢sob老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-4 11:19

小范范1989 发表于 2019-7-3 08:46
sob老师好，这里截断处饱和，如何饱和？就直接在截断处人为添加一个H？这样的话QM部分饱和了，另外的MM部 ...

QM/MM和ONIOM(QM:MM)思想完全不同。
饱和是对于model（即对应high layer的部分）的边缘而言的。是输入文件里设置用什么原子饱和，Gaussian在算model部分的时候就会自动在边缘在顺着原有键轴方向以指定的链接原子(LA)来饱和

(, 下载次数 Times of downloads: 31)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)