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标题: 关于molclus程序求助 [打印本页]

作者
Author: zidu113 时间: 2015-6-30 17:15
标题: 关于molclus程序求助
sobereva老师：
            您好。近来想用您开发的molclus程序计算一些东西，看了您写的关于分子团簇构型搜索方面的文章，我看您在准备模拟体系时使用的是Gromacs程序，首先建立一个空盒子，因为我不会使用Gromacs程序，我理解这个空盒子是不是就是一个晶胞（周期边界条件）。近来看一篇文章采用VASP软件包搜索Bn团簇(n = 80,74,68),退火温度范围为3000-400K, 50K步长,同样釆用NVT系综。每一温度条件下,模拟持续10皮秒,时间间隔0.5飞秒。利用平面波基矢(能量截断:257 eV)和超软赝势。PBE泛函描述交换关联作用。团簇被放置在尺寸足够大的超胞中(18 A)以避免周期镜像间的相互作用。
         我的问题是：
            1. 这篇文章中使用VASP软件包，把Bn团簇放置在足够大的超胞中(18 A)以避免周期镜像间的相互作用，和您使用Gromacs程序把水分子放置在空盒子里，本质想法都是一样的，对吗？
            2.如果是一样的，想请教一下，如果我想使用Materials Studio 软件包来准备模拟体系，我该怎样把Bn团簇放置在尺寸足够大的超胞中(18 A)以避免周期镜像间的相互作用。希望能得到您关于这方面的指导。

            除了以上问题，我还认真看了关于molclus程序的讨论，在讨论中，您说："您开发过MC搜索团簇的程序，对于搜索原子团簇适合，但这种方法明显不适合分子团簇（本文强调的是分子团簇），或者说效率比MD明显要低，而且收敛难度反倒远比基于MD大得多，毕竟MC过程根本没有很好地考虑原子间的作用，别提几何优化收敛了，由于随机移动原子造成的构型不合理，甚至一开始就可能SCF不收敛，甚至分子团簇产生了错误的结构（比如氢原子干脆优化后发生转移了）。"
      基于您的建议，我想问，如果我想搜索原子团簇，您能提供一些关于MC搜索的程序吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-30 18:38
超胞这个词并不准确，只有素晶胞复制延展后才叫超胞。你计算这个体系就是晶胞而已，或者广义一些，就叫盒子。

1 可以这么说，二者都是周期性计算。但也有不同点。VASP是必须设定计算时的晶胞，不设不行，而gromacs里则是可设可不设，不设盒子的时候就是不利用周期边界条件。帖子里的体系并不是必须设盒子的，只不过不设盒子的话如果某个水分子因热运动跑掉了就回不来了，而不会穿过边界再返回来。

2 让体系的原子和盒子边界距离不小于4埃就差不多可以了。

没什么好推荐的，过一阵子科音会专门发布个原子团簇搜索程序，会很好用。

作者
Author: zidu113 时间: 2015-6-30 19:05

sobereva 发表于 2015-6-30 18:38
超胞这个词并不准确，只有素晶胞复制延展后才叫超胞。你计算这个体系就是晶胞而已，或者广义一些，就叫盒子 ...

好的，谢谢sobereva 老师。非常期待。

作者
Author: zidu113 时间: 2015-7-1 18:39

sobereva 发表于 2015-6-30 18:38
超胞这个词并不准确，只有素晶胞复制延展后才叫超胞。你计算这个体系就是晶胞而已，或者广义一些，就叫盒子 ...

sobereva 老师，我今天尝试使用MS的Amorphous Cell 模块中的construction来建立盒子同时add一个团簇在盒子中，总出错。想请教：
1.我这样做是不是不能把一个团簇分子放在盒子中呀。是不是我应该使用MS的中的build -crystals来完成这个工作。在这里先谢谢了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-1 18:54

zidu113 发表于 2015-7-1 18:39
sobereva 老师，我今天尝试使用MS的Amorphous Cell 模块中的construction来建立盒子同时add一个团簇在盒 ...

这还是另外发帖吧。
MS这个模块只是很久以前稍微用过，现在记不起来了。

作者
Author: zidu113 时间: 2015-7-1 19:12

sobereva 发表于 2015-7-1 18:54
这还是另外发帖吧。
MS这个模块只是很久以前稍微用过，现在记不起来了。

好的，谢谢sobereva 老师

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