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标题: 请问IRC时如何固定坐标原点同TS？ [打印本页]

作者
Author: eagletyr 时间: 2019-7-4 00:27
标题: 请问IRC时如何固定坐标原点同TS？
本帖最后由 eagletyr 于 2019-7-4 07:14 编辑

由于某种目的，我想TS和IRC时坐标原点不变，做了一个小测试：TS和IRC（只做了一边forward）时都已加了nosymm，但如下图，TS时坐标原点在C原子上，IRC时坐标原点刚一开始就变了，请问应该如何设定以让IRC时坐标原点同TS？多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-4 01:36
上传压缩后的输出文件

作者
Author: SigFig 时间: 2019-7-4 06:14
试试Symmetry=None,如果还不行就把IRC的结构从输出文件里拉出来自己校正。
如果把你的“某种目的”明确一下也许有更好的办法。

作者
Author: eagletyr 时间: 2019-7-4 07:19
多谢。输出文件已上传，我在计算TS的时候固定了C原子，但如果全放开也存在同样的坐标原点变了的问题（已测试）。
PS：我的“某种目的”是：用簇模型计算（DFT）酶的催化机理时需要将截断处的原子冻结，找到过渡态后想进行IRC验证（需要冻结的原子的坐标和TS保持一致）。Sob社长已经说过在IRC时无法固定原子，但由于在TS时冻结了相应的原子其受力为0，所以我想跑IRC时其坐标应该也没多大变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-4 11:05
只有第一帧才跳跃，无视第一帧就完了

作者
Author: eagletyr 时间: 2019-7-4 13:02

sobereva 发表于 2019-7-4 11:05
只有第一帧才跳跃，无视第一帧就完了

多谢sob，不过坐标原点改变后，IRC跑出的结构用来进一步优化得到中间体时，之前在TS冻结的原子坐标也就和INT中有很大不同了（比如TS中固定了C，坐标为0.0, 0.0, 0.0; 而用IRC过后进一步优化得到的INT对应的这个C原子坐标肯定变化比较大），这样的话在文章支撑信息中固定的那些原子坐标也有很大的改变，不能一眼看出此原子是固定了的，怕到时审稿人问起麻烦。

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