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标题: 求助：使用acpype.py对氯化胆碱的阳离子部分生成拓补文件时错误 [打印本页]

作者
Author: moluren 时间: 2019-7-4 14:32
标题: 求助：使用acpype.py对氯化胆碱的阳离子部分生成拓补文件时错误
使用acpype.py对氯化胆碱的阳离子部分生成拓补文件时错误，具体错误信息在“详细信息.txt”，还请各位指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-4 17:47
./acpype.py -i chcl.mol2 -n 1

作者
Author: moluren 时间: 2019-7-4 19:09

sobereva 发表于 2019-7-4 17:47
./acpype.py -i chcl.mol2 -n 1

感谢老师的指导

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-7-5 14:54
本帖最后由少年爱吃地三鲜于 2019-7-5 15:06 编辑

sobereva 发表于 2019-7-4 17:47
./acpype.py -i chcl.mol2 -n 1

老师，我想用acpype产生聚合物基于GAFF力场的文件时，已经修改了Ar为ar还是出现问题，请问这是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-5 16:54

少年爱吃地三鲜发表于 2019-7-5 14:54
老师，我想用acpype产生聚合物基于GAFF力场的文件时，已经修改了Ar为ar还是出现问题，请问这是什么原因？ ...

你的mol2里没有ar。苯环里C-C都成了单键了，和实际严重不符

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-7-5 17:18

sobereva 发表于 2019-7-5 16:54
你的mol2里没有ar。苯环里C-C都成了单键了，和实际严重不符

我明白了，调整后确实好了！感谢老师指导！！

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