计算化学公社

标题: 怎么实现蛋白质分子的刚性运动 [打印本页]

作者
Author: sakura 时间: 2019-7-4 17:16
标题: 怎么实现蛋白质分子的刚性运动
有大佬知道吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-4 17:51
没有办法把蛋白质整体作为刚性，顶多能冻结，但此时运动不了

作者
Author: beyond 时间: 2019-7-4 18:16
可以考虑约束蛋白的CA-CA 距离，或者使用一个switching function, 如Native contact.

作者
Author: sakura 时间: 2019-7-4 19:18

beyond 发表于 2019-7-4 18:16
可以考虑约束蛋白的CA-CA 距离，或者使用一个switching function, 如Native contact.

大佬，可以稍微说的多一点吗，使用plumed插件能实现这一效果吗？

作者
Author: sakura 时间: 2019-7-4 19:42

sobereva 发表于 2019-7-4 17:51
没有办法把蛋白质整体作为刚性，顶多能冻结，但此时运动不了

谢谢大佬，请问一下，听说plumed插件的rmsd能实现限制，可行吗？

作者
Author: beyond 时间: 2019-7-4 22:00
使用plumed可以实现前面的限制的，RMSD也可以试试

作者
Author: sakura 时间: 2019-7-4 22:10

beyond 发表于 2019-7-4 22:00
使用plumed可以实现前面的限制的，RMSD也可以试试

大佬，能说的详细一点吗,这是一个螺旋状的蛋白质，应该用什么命令来实现这一目的

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-5 13:11

sakura 发表于 2019-7-4 19:42
谢谢大佬，请问一下，听说plumed插件的rmsd能实现限制，可行吗？

没用过。但原理上应当不可能实现所有原子都成为刚性，没有那样的算法，顶多尽量维持刚性，或者对某些原子间设上距离约束而近似实现维持刚性的效果

作者
Author: sakura 时间: 2019-7-5 20:07

sobereva 发表于 2019-7-5 13:11
没用过。但原理上应当不可能实现所有原子都成为刚性，没有那样的算法，顶多尽量维持刚性，或者对某些原子 ...

在水溶液中，蛋白质有100多个原子，该如何实现对蛋白质分子的刚性约束

作者
Author: agent99 时间: 2019-7-6 05:54
理论上来说应该可以通过给蛋白质分子所有内坐标施加constraint来实现，具体操作可能比较麻烦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-6 17:21

sakura 发表于 2019-7-5 20:07
在水溶液中，蛋白质有100多个原子，该如何实现对蛋白质分子的刚性约束

你是说有100多个残基吧？
可以写个小脚本，自动生成距离约束条目，比如约束每个alpha碳与其最近的alpha碳的距离。手写虽然也行，但很花时间

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)