计算化学公社

标题: 动力学计算后的径向分布函数怎么算？ [打印本页]

作者
Author: gpp201013 时间: 2019-7-4 20:38
标题: 动力学计算后的径向分布函数怎么算？
大家好，我是新手，最近在计算径向分布函数，我想知道计算这个需要知道什么参数？怎么算？拜托啦

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-7-5 08:46
计算RDF？我用的是amber，用cpptraj分析，比如这样写trajin md.nc
radial RDF.dat 0.1 10.0 :WAT@O :4@N
就是对第四个残基的N原子分析，周围的水分子的O

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-5 12:46
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“分子动力学”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-5 12:47
轨迹载入VMD，用extensions - analysis - Radial pair distribution function计算
具体公式一google都有

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