计算化学公社

标题: VMD里能设置每一种元素的颜色吗？ [打印本页]

作者
Author: hao123123 时间: 2019-7-5 10:25
标题: VMD里能设置每一种元素的颜色吗？
如题，用VMD作图时，颜色设置为name或element，总有些不同元素原子的颜色相同无法区分，如图中红色圈中怎么对每种元素预设成指定的颜色。我知道color controls里可改，但可选择的颜色有限。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-5 12:52
先指定一种内置的color，然后在graphics - colors界面下方的color definitions里调节那个color的具体定义

作者
Author: naoki 时间: 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
→Color Definations 选一种颜色，调右边RGB
这是对不同元素设置颜色的方法，也可以Graphical Representations中选部分原子用Color ID改颜色

作者
Author: 409407227 时间: 2019-7-9 15:52

naoki 发表于 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
→Color Definations 选一种颜色，调右 ...

谢谢，跟您学了一招

作者
Author: hao123123 时间: 2019-7-10 10:36

sobereva 发表于 2019-7-5 12:52
先指定一种内置的color，然后在graphics - colors界面下方的color definitions里调节那个color的具体定义

谢谢社长。想知道有没有适合批处理的语句，VMD启动时预设好每种元素不同的颜色，要不然每次作图都要单独设置。

作者
Author: hao123123 时间: 2019-7-10 10:37

naoki 发表于 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
→Color Definations 选一种颜色，调右 ...

谢谢，嗯，每次作图都要设置一下，有没有批量处理的设置方式？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-10 20:21

hao123123 发表于 2019-7-10 10:36
谢谢社长。想知道有没有适合批处理的语句，VMD启动时预设好每种元素不同的颜色，要不然每次作图都要单独 ...

File - Log commands to tcl console，然后修改颜色，把屏幕上显示的对应的命令复制到vmd.rc文件里

作者
Author: hao123123 时间: 2019-7-11 09:33

sobereva 发表于 2019-7-10 20:21
File - Log commands to tcl console，然后修改颜色，把屏幕上显示的对应的命令复制到vmd.rc文件里

谢谢社长，按您方法设置成功了

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2020-3-21 13:27

naoki 发表于 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
→Color Definations 选一种颜色，调右 ...

按你说的这种方式，原子颜色为啥没任何变化呢？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-3-21 16:17

xiaowandouer 发表于 2020-3-21 13:27
按你说的这种方式，原子颜色为啥没任何变化呢？

着色依据可能没有设对

作者
Author: exity 时间: 2020-3-23 09:01
修改\VMD\scripts\vmd目录下的colordefs.dat文件即可，该文件结构非常简单也具有自明性，一看就知，把Element着色方法改好，每次选Element着色方式就行了，不要一个一个手动改的。缺点就是只能使用VMD里预先定义好的颜色，不能对颜色进行微调。

作者
Author: Tian_yu 时间: 2020-12-8 14:52

sobereva 发表于 2019-7-10 20:21
File - Log commands to tcl console，然后修改颜色，把屏幕上显示的对应的命令复制到vmd.rc文件里

社长您好，请问如何在VMD中显示元素符号，这个通过什么设置呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-8 23:12

Tian_yu 发表于 2020-12-8 14:52
社长您好，请问如何在VMD中显示元素符号，这个通过什么设置呢？

首先，你载入的文件格式必须含有元素信息，诸如pdb（而且是元素那一列没有缺失的情况）

然后用此文的做法显示所有原子标签
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

之后修改标签内容的定义
(, 下载次数 Times of downloads: 66)
(, 下载次数 Times of downloads: 75)

作者
Author: 王子子 时间: 2021-3-31 10:36

xiaowandouer 发表于 2020-3-21 13:27
按你说的这种方式，原子颜色为啥没任何变化呢？

您好，原子颜色设置可以了吗？我的也没有反应，还是原来的颜色

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