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标题: 求助：em/md过程提示带电粒子位移/速度过大 [打印本页]

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Author: 光芒灬如雪 时间: 2019-7-6 15:00
标题: 求助：em/md过程提示带电粒子位移/速度过大
本帖最后由光芒灬如雪于 2019-7-6 16:27 编辑

最近在做一个含有苯胺阳离子的动力学模拟，在能量最小化阶段经常出现带电基团位移过大的报错（附件error 1）。
通过改变建模（利用packmol改变苯胺阳离子、氯离子、水分子数量），有些时候能够完成能量最小化任务（提示：能量最小化已停止，但并未达到收敛限），然而在进行后续的动力学过程时会报错（附件error 2），提示某些粒子速度过高导致邻居列表搜索出现问题。

根据报错中提供的atom编号，从gro文件里找到对应编号，发现提示的都是苯胺阳离子中H8原子（芳环上的H原子）。请问这种情况是由什么原因造成的呢？该如何解决呢？

模拟过程中，水分子、氯离子使用Gromos的54A7力场。石墨烯的力场使用x2top生成。
苯胺阳离子的力场是通过acpype做的，电荷是使用Multiwfn计算的RESP电荷。（因为是苯胺阳离子，所以在进行量化优化时，电荷量和自旋多重度设置为1 1，应该是没有错吧？）

em和md过程所用的文件也已附在附件“md.rar”中，望老师指点，非常感谢。

编辑一下
我用同样的方法，通过acpype+RESP电荷，做了一个苯胺分子的力场。然后用packmol将苯胺分子+水分子+石墨烯打包建模。在跑em和md的时候还是出现上面的报错。
如果直接双层石墨烯+水分子的话就没有任何问题，可以进行正常的em和md模拟。
这是不是说明我生成苯胺阳离子和苯胺分子的力场（itp）文件有问题？但是做力场的方法都是按照sob老师的教程来做的呀，不知道我在哪里出了问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-6 17:54
如果没有特殊原因，静电作用应当用PME

控温的时候不要把ANI、CL单独控温，因为它们都与SOL耦合很强，因此应当作为一个组

冻结和控压一起用的时候容易出问题，建议尝试NVT，或者对石墨烯改成位置限制

如果还解决不了，步长改成1fs再试，如果还不行，先把石墨烯去掉，先跑水+离子，确认没问题

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2019-7-8 16:01

sobereva 发表于 2019-7-6 17:54
如果没有特殊原因，静电作用应当用PME

控温的时候不要把ANI、CL单独控温，因为它们都与SOL耦合很强，因 ...

谢谢sob老师，问题已经解决了。
跑水+离子依然报错，意识到可能是力场出了问题。然后就突然想起来acpype做出来的是GAFF力场，和gromos力场不兼容...
我去ATb找了一个苯胺阳离子在54A7力场下的itp文件，模拟就一切正常了。
您提到的静电作用设定等问题也在mdp文件中做了修改，再次感谢！

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