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标题: MS模拟分子间的氢键与氢键能的相关问题 [打印本页]

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-7-7 17:38
标题: MS模拟分子间的氢键与氢键能的相关问题
请问大家，如何模拟溶质与溶剂分子间的氢键，如何计算二者间的氢键能氢键键长的大小！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-7 19:11
先明确说明具体用什么模块，打算以何种角度去研究此问题（量化 or MD）

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-7-7 19:32

sobereva 发表于 2019-7-7 19:11
先明确说明具体用什么模块，打算以何种角度去研究此问题（量化 or MD）

您好，我是刚接触这方面的知识不太明白，看文献是DMol3
模块“密度泛函理论广义梯度近似（GGA）和
Perdew-Burke-Ernzerhof （PBE）泛函对乙水杨胺分子和不同溶剂分子进行了结
构优化。采用了等同于 6-31G*的双数值极化基组(DNP)”。希望能得到您的指教，谢谢，小白一个真的不是很明白！！谢谢

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-7-7 19:33

sobereva 发表于 2019-7-7 19:11
先明确说明具体用什么模块，打算以何种角度去研究此问题（量化 or MD）

您能告诉我一下照文献这个的话应该怎么做吗？不胜感激，小白一个，也没有找到相关的教程

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-7 22:50
Dmol3算这种问题是垃圾，用像样的方法（如M06-2X）速度巨慢，而其算的速度还行的方法精度又差，而且还没法结合Multiwfn做各种与氢键相关的重要的波函数分析（比如RDG、AIM、分子表面静电势等分析，都是研究氢键非常常用的分析方法）。
在如今，文中那种PBE/DNP算氢键在像样的期刊几乎完全发表不了。你看的这种文章，要么有些年头了，因此在现在来看很过时；要么期刊比较水、审稿人对计算方法学也不讲究。
Dmol3又弱又巨贵，绝对别用。主流量化程序Gaussian（收费，但比Dmol3便宜得多得多）、ORCA（免费）算这类问题都比Dmol3强百倍。对于初学者，Gaussian是算你这类问题最佳选择，没有之一。

该怎么研究这类问题先仔细把下面的文章看了了解点弱相互作用计算常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

还有不明白的多用论坛首页google框搜索。

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-7-8 12:11

sobereva 发表于 2019-7-7 22:50
Dmol3算这种问题是垃圾，用像样的方法（如M06-2X）速度巨慢，而其算的速度还行的方法精度又差，而且还没法 ...

您好，我想问下手册哪里下载，是购买的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-8 18:09

18845562783 发表于 2019-7-8 12:11
您好，我想问下手册哪里下载，是购买的吗？

什么手册？
Gaussian、ORCA手册就在官网上

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