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标题: PBS提交ORCA任务，跑完SCF后报错 [打印本页]

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Author: Xian 时间: 2019-7-7 18:02
标题: PBS提交ORCA任务，跑完SCF后报错
请教一下各位前辈，我用ORCA测试Sob老师的例子，用20个cpu可以正常运行，但是跑完38个cycle后SCF收敛了之后，就开始报错了。错误信息如下： 945 0.0000 3501.990545    95294.0074
946 0.0000 8364.504295 227609.7333
947 0.0000 17414.967090 473885.3464
948 0.0000 39305.736342 1069563.4614
Total SCF time: 0 days 1 hours 0 min 18 sec

ORCA finished by error termination in CIS
Calling Command: /home/svu/chmqinx/orca_4_1_2_linux_x86-64_openmpi313/orca_cis test.cisinp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

我用的例子是Sob老师的一个例子，这里我去掉了CPU的指定，因为我是用PBS脚本交任务，如果不去掉就不能正常运行。请问各位高手，有没有遇到过类似的错误呢？谢谢。

! B3LYP/G DKH2 DKH-def2-TZVP SARC/J RIJCOSX cpcm(CH2Cl2) tightSCF miniprint grid4 gridx4
%basis
NewGTO Os "SARC-DKH-TZVP" end
end
#%pal nprocs 36 end
#%maxcore 2500
%tddft nroots=10 TDA false dosoc true printlevel 3 end
* xyz 0 1
Os             -0.48653900 -1.13111300 -0.00057100
C                -1.70360600 -1.70336600 1.36981900
O                -2.40624700 -2.03132800 2.21274500
C                -1.70363800 -1.70170800 -1.37170600
O                -2.40617100 -2.02864000 -2.21511300
C                0.44121900 -2.82167400 -0.00156900
O                1.00937300 -3.81693000 -0.00191900
O                -1.19650300 0.83746000 0.00100000
C                -2.46443600 1.10203800 0.00070300
O                -3.40320600 0.32006400 -0.00038500
C                -2.71138800 2.63070500 0.00183100
F                -4.02003900 2.91503300 0.00275700
F                -2.15713300 3.19883900 1.09148300
F                -2.15841500 3.20006600 -1.08791800
C                2.34391500 0.81097600 0.00025700
H                3.20802700 1.45758300 0.00056600
C                1.81861200 0.40688800 1.22806600
C                1.81826800 0.40848300 -1.22794200
O                0.81827500 -0.34017500 1.46254800
O                0.81789500 -0.33825700 -1.46311100
C                2.50017100 0.87452900 2.52536600
C                2.49956800 0.87772400 -2.52479600
F                1.60624200 1.49722500 -3.31252600
F                3.51604500 1.72435900 -2.29364300
F                2.98165100 -0.18506400 -3.19332700
F                1.60706300 1.49305100 3.31410000
F                3.51664000 1.72139900 2.29512200
F                2.98233300 -0.18914600 3.19245900
end

提交任务所用的脚本：
#!/bin/bash

#PBS -P Project_Name_of_Job
#PBS -j oe
#PBS -N orca

#PBS -q parallel20
#PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20:mem=20GB

source /etc/profile.d/rec_modules.sh
module load xe_2015
#module load openmpi_3.1.3

export PATH=/app1/centos6.3/gnu/openmpi-3.1.3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/app1/centos6.3/gnu/openmpi-3.1.3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/svu/chmqinx/orca_4_1_2_linux_x86-64_openmpi313:$LD_LIBRARY_PATH

export orcadir=/home/svu/chmqinx/orca_4_1_2_linux_x86-64_openmpi313
export PATH=$orcadir:$PATH

cd $PBS_O_WORKDIR

#mpirun -np 20 -f ${PBS_NODEFILE}  /home/svu/chmqinx/orca_4_1_2_linux_x86-64_openmpi313/orca test.inp > out

$orcadir/orca test.inp > out

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-7 19:19
PBS的事我不清楚，但至少你得指定maxcore。给的内存量不够在多组态方法计算过程时很容易出错

作者
Author: Xian 时间: 2019-7-8 15:01

sobereva 发表于 2019-7-7 19:19
PBS的事我不清楚，但至少你得指定maxcore。给的内存量不够在多组态方法计算过程时很容易出错

谢谢Sob老师的建议。我把内存扩大到了100Gb。但是还是同样的错误。错误文件里面显示是没有这个orca_cis这个文件，然后我去我放orca的文件里面，果然没有orca_cis，但是有orca_ciprep, orca_cipsi, orca_cipsi_mpi。我在想是不是解压之后丢失了什么文件。我去下载orca4.1.1来试试。
[chmqinx@atlas9-c01 test]$ more orca.o1103194
sh: /home/svu/chmqinx/orca_4_1_2_linux_x86-64_openmpi313/orca_cis: No such file or directory
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

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