作图:
Step 1 把sample.cube拖进Multiwfn里,依次选择主选项4(Output and plot specific property in a plane)、选择次级选项100(User-defined real space function, iuserfunc= -1)、然后在三级选项中我喜欢1(Color-filled map),这个依个人喜好了。
Step 2 这一步就是要定你想要的截面了。当软件提示“How many grids in the two dimensions, respectively?”的时候,直接回车就是相当于“200,200”,否则就自己输入一个精度。然后软件提示“Please define the plane to be plotted”的时候,我这里直接选择了1,但是我更常用的是4或5,因为坐标未必适合于1-3选项。然后软件提示“Input Z value in Bohr”,我这里直接敲了0.0,因为我就是要截xoy面,经过原点。但是如果做别的cube就需要自己确定截面了。
Step 3 确认过图像,是自己想要的那个截面,就行了。退出图形预览界面,选择选项-8(Change length unit of the graph to Angstrom),单位波尔被改为埃。然后选择-6(Export calculated plane data to plane.txt in current folder),获得文件plane.txt。至此,Multiwfn使命结束。
Step 4 Surfer是个神奇的软件,最方便的数据输入方式居然是xls。我们打开刚刚生成的plane.txt,通过“数据分列”功能,填充进Excel中。数据自动填入后,A和B列就是x/y坐标,D列就是函数值了。把这个文件存为sample.xls。
Step 5 打开surfer。使用功能Grids - Grid Data,在Open Data窗口中选择刚才的xls文件。X、Y、Z分别选择Column A、B、D。确定后,会提示你已经建立了一个扩展名为sample.grd的Grid File了,就在你的sample.xls同一文件夹内。当你试图关闭它的时候,软件会提示你要不要保存更改进Grid Data Report文件?你选择是就好了,存下它来。
Step 6 然后选择Home - Contour。然后打开刚才的sample.grd。然后你会获得一个没有填色的Contour图。然后在左侧Contents栏中的Contour.grd上点右键,选择Free Rotate,可以直接拖拽图形旋转,转到你喜欢的角度。我个人不喜欢上下左右四个边框,所以我会把Right/Left/Top/Bottom Axis全都关掉。
Step 7 在右下角的Properties选项中,依次做一些修改。先找General选项卡的Smoothing,按照你的喜好选择平滑化方案。
Step 8 还是在右下角的Properties选项中,换到Levels选项卡,将Min/Max Contour改为你喜欢的上下限。在Contour Interval中调整所有等值线的疏密,在Major contour every中调整粗等值线的疏密。然后Fills Contours中给Fill Contours和Color Scale打钩,然后在Fill Color中选择色型。然后在Major Contours和Minor Contours中分别设定大小线的线型、色型、宽度等。我个人不喜欢show lables,大家随意。
Step 9 此时可以输出一个非常好看的等值线图了。用File - Save As存一个srf文件以备后续修改,用File - Export输出一张顶好看的画儿。