计算化学公社

标题: 计算conical intersection时的报错该如何解决 [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-9 08:30
标题: 计算conical intersection时的报错该如何解决
仿照Exploring-chemistry-with-electric-structure-methods 第二版第九章的Advanced Exercise 9.6计算conical intersection
在计算最后一步的时候遇到了很奇怪的报错
输入文件如下：
%mem=20GB
%nprocshared=32
%chk=4.chk
%oldchk=3.chk
#p CAS(10,10,NRoot=2)/def2TZVP Opt=conical Nosymm iop(1/8=5) guess=read geom=check

4

0 1

0.5 0.5

log文件最后20行信息如下：
  Final State Averaged  Density Matrix
            1          2          3          4          5
   1  0.200000D+01
   2  0.000000D+00  0.200000D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.100000D+01
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
            6          7          8          9          10
   6  0.100000D+01
   7  0.000000D+00  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
Erroneous write. Write -1 instead of 1906968.
fd = 4
orig len = 1907160 left = 1906968
g_write

而且算得异常缓慢，59k算了六个小时
请问各位大神，这个错误是什么情况？？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-7-9 09:09
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-7-9 09:13 编辑

“遇到了很奇怪的报错”，不奇怪，这属于常见报错，先搜一下就不用发帖了。g_write是临时文件目录被写满了。

iop(1/8=5)可以用关键词maxstep=5写在opt括号里来表示，就不要用iop了。

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-9 09:30

zjxitcc 发表于 2019-7-9 09:09
“遇到了很奇怪的报错”，不奇怪，这属于常见报错，先搜一下就不用发帖了。g_write是临时文件目录被写满了 ...

谢谢老师！关键词搜错了，以后一定先搜全咯~

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-10 14:23

zjxitcc 发表于 2019-7-9 09:09
“遇到了很奇怪的报错”，不奇怪，这属于常见报错，先搜一下就不用发帖了。g_write是临时文件目录被写满了 ...

请问老师，怎么找临时文件的目录？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-7-10 14:34

Abandon-fmt 发表于 2019-7-10 14:23
请问老师，怎么找临时文件的目录？

echo $GAUSS_SCRDIR

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-10 14:47

zjxitcc 发表于 2019-7-10 14:34
echo $GAUSS_SCRDIR

谢谢老师！

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-22 13:43
请问老师，这一步我跑了三天，结果只有1M，log文件的信息是这样的：
  Final State Averaged  Density Matrix
            1          2          3          4          5
   1  0.200000D+01
   2  0.000000D+00  0.200000D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.100000D+01
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
            6          7          8          9          10
   6  0.100000D+01
   7  0.000000D+00  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
MCSCF converged.
Leave Link  510 at Sun Jul 21 13:51:14 2019, MaxMem=  2684354560 cpu:       4014075.7 elap:       254992.1
(Enter /gpfs01/home/xycui/software/g16/l801.exe)
Range of M.O.s used for correlation:    1 690
NBasis= 690 NAE= 70 NBE= 70 NFC=    0 NFV=    0
NROrb= 690 NOA= 70 NOB= 70 NVA= 620 NVB= 620

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.54704100D+02

Leave Link  801 at Sun Jul 21 13:51:16 2019, MaxMem=  2684354560 cpu:             4.5 elap:             0.4
(Enter /gpfs01/home/xycui/software/g16/l1101.exe)
Not using compressed storage, NAtomX= 39.
Will process    39 centers per pass.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT= 40470 NPrTT=  122244 LenC2= 35547 LenP2D= 77114.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
Number of processors reduced to 8 by ecpmxn.
ECPInt:  NShTT= 40470 NPrTT=  122244 LenC2= 35547 LenP2D= 77114.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
Leave Link 1101 at Sun Jul 21 13:51:31 2019, MaxMem=  2684354560 cpu:          212.3 elap:             13.5
(Enter /gpfs01/home/xycui/software/g16/l1003.exe)
Gradient Difference/Derivative Coupling Calculation
NO. OF ORBITALS       =690    NO. OF CORE-ORBITALS = 65
NO. OF VALENCE-ORBITALS = 10    NO. OF VIRTUAL-ORBITALS =615
One call to fofjk will do it.
FoFJK:  IHMeth= 0 ICntrl= 3500 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent=          0 FoldK=F
IRaf=       0 NMat=    7 IRICut=    1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0 IDoP0=0 IntGTp=1.
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=          0
      NFxFlg=          0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    3500 IOpCl=  1 I1Cent=          0 NGrid=          0
      NMat0= 7 NMatS0=    7 NMatT0= 0 NMatD0= 7 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Symmetry not used in FoFCou.
CoulSu:  requested number of processors reduced to: 5 ShMem 1 Linda.
JobTyp= 0 Pass  1:  I= 1 to  10  IAt= 2 to  30.

我的输入文件是：
%mem=20GB
%nprocshared=32
%chk=4.chk
%oldchk=3.chk
#p CAS(10,10,NRoot=2)/def2TZVP Opt=conical Nosymm iop(1/8=5) guess=read geom=check

4

0 1

0.5 0.5

我查了Symmetry not used in FoFCou.这个报错，可能是机器的问题，但是我已经换了一个机子了
请问还有什么合适的解决办法么？还是说我的关键词写的不对？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-7-22 13:53

Abandon-fmt 发表于 2019-7-22 13:43
请问老师，这一步我跑了三天，结果只有1M，log文件的信息是这样的：
Final State Averaged Density Mat ...

Symmetry not used in FoFCou.不是报错···不是所有写着not的话都是报错

32个核，SA-CASSCF(10,10)/def2TZVP，这级别，内存100 GB以上比较合适，20核像用小刀砍大树。
既然你说只是想做个练习，先用书上的基组做出来再说，何必直接上def2TZVP。然后换个def2SVP之类的基组再做，做出结果当初猜给def2TZVP用。

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-22 15:12

zjxitcc 发表于 2019-7-22 13:53
Symmetry not used in FoFCou.不是报错···不是所有写着not的话都是报错
32个核，SA-CASSCF(10,10) ...

谢谢老师，我现在是仿照这个例子在计算别的体系，已经是def2SVP的结果作为def2TZVP的初猜在进行的，这个任务跑了三天，但是log文件只有61k，文件附在下面，老师您如果有空的话，能否告知一下应该怎么看具体哪里出了问题呢？（给个思路也行）再次万分感谢老师！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-7-22 15:35

Abandon-fmt 发表于 2019-7-22 15:12
谢谢老师，我现在是仿照这个例子在计算别的体系，已经是def2SVP的结果作为def2TZVP的初猜在进行的，这个 ...

输出文件看着挺正常，就是你的基组太大了，相对于SA-CASSCF这种高级方法而言计算量太大了。log文件末尾显示由于核数过多，内存过少，自动降低并行核数来使内存满足限制。所以你要么内存改大一点，到大内存机器上跑（200GB为佳，100GB凑合），要么改用Molpro或者OpenMolcas期待他们更专业吧···

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-22 17:55

zjxitcc 发表于 2019-7-22 15:35
输出文件看着挺正常，就是你的基组太大了，相对于SA-CASSCF这种高级方法而言计算量太大了。log文件末尾显 ...

真的很谢谢老师的指导！学校的服务器内存是128G的，我先试试把基组改小再跑一次！

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-7-22 21:34

Abandon-fmt 发表于 2019-7-22 13:43
请问老师，这一步我跑了三天，结果只有1M，log文件的信息是这样的：
Final State Averaged Density Mat ...

你的活化空间肯定有问题，除了HOMO和LUMO的占据数是1，其他占据轨道的占据数是2，非占据轨道的占据数是0，说明这些轨道都不应该包含在活化空间里面，检查活化空间是否合理的一个标准就是占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据数不能接近0

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-24 08:34

pwzhou 发表于 2019-7-22 21:34
你的活化空间肯定有问题，除了HOMO和LUMO的占据数是1，其他占据轨道的占据数是2，非占据轨道的占据数是0 ...

老师不好意思，没大看懂“检查活化空间是否合理的一个标准就是占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据数不能接近0”这句话，为什么活化空间占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据数不能接近0？
还有个问题，怎么判断占据轨道占据数和非占据轨道占据数？

再次感谢老师的指导！

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-7-25 09:39

Abandon-fmt 发表于 2019-7-24 08:34
老师不好意思，没大看懂“检查活化空间是否合理的一个标准就是占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 28)
看上面图片的描述，第一副最下面和第二页最上面。

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-25 13:25

pwzhou 发表于 2019-7-25 09:39
看上面图片的描述，第一副最下面和第二页最上面。

谢谢老师，请问这本书是Exploring chemistry with electric structure methods，第二版么？

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-25 14:31

pwzhou 发表于 2019-7-25 09:39
看上面图片的描述，第一副最下面和第二页最上面。

老师，再打扰一下，请问这个totoal的能量指的是活性空间的能量还是什么能量？这个能量有合理的范围么？
我是拿小基组的结果作为大基组的初猜，小基组算出来的占据数都在0.02-1.98之间，大基组就不是。大基组的能量是-999.502917，小基组的能量是-998.011960，这个数值合理么？

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-7-25 20:30

Abandon-fmt 发表于 2019-7-25 13:25
谢谢老师，请问这本书是Exploring chemistry with electric structure methods，第二版么？

第三版

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-7-25 20:31

Abandon-fmt 发表于 2019-7-25 14:31
老师，再打扰一下，请问这个totoal的能量指的是活性空间的能量还是什么能量？这个能量有合理的范围么？
...

能量没有，是不是你的基组跨度太大

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 07:50

pwzhou 发表于 2019-7-25 20:31
能量没有，是不是你的基组跨度太大

小基组是def2SVP，大基组def2TZVP，跨度应该不算大吧？

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2019-7-26 08:47
本论坛里面应该有关于活化空间选取的文献，我记得不错的话。

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-7-26 10:18

Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 07:50
小基组是def2SVP，大基组def2TZVP，跨度应该不算大吧？

不好说，至少大基组的结果明显不合理。从小基组到大基组我见的比较多的是STO-3g-->4-31G-->6-31G这样的，svp到tzvp似乎挺大的，而且这样做感觉也没太大意思，STO-3G基函数少，非常利于选择活化轨道，def2-svp已经起不到这个作用了，所以这种情况下def2-tzvp就直接从头开始选轨道吧，不要用svp的结果。

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 12:37

pwzhou 发表于 2019-7-26 10:18
不好说，至少大基组的结果明显不合理。从小基组到大基组我见的比较多的是STO-3g-->4-31G-->6-31G这样的， ...

不好意思，多次打扰老师了，我还有两个问题，老师有空可以麻烦帮忙解答一下么？
1）从最初的结构优化就用STO-3G，然后用这个结果进行活性空间的选择？
2）请问“STO-3G基函数少”为什么“非常利于选择活化轨道”？

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 12:38

Daniel_Arndt 发表于 2019-7-26 08:47
本论坛里面应该有关于活化空间选取的文献，我记得不错的话。

谢谢老师，我找到了那些文献

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-7-26 16:25

Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 12:37
不好意思，多次打扰老师了，我还有两个问题，老师有空可以麻烦帮忙解答一下么？
1）从最初的结构优化就 ...

单点，不会用STO-3G去优化构型。从小基组到大基组的唯一好处就是更容易找到你需要的活化轨道，如果用大基组找活化轨道没问题的话，不需要走这个流程。为什么STO-3G更利于选择活化轨道，因为轨道少，在非占据轨道没有一些里德堡轨道干扰你，你测试一下就知道了。你想想在10个轨道里面选5个容易还是在100个轨道里面选5个容易？

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 17:03

pwzhou 发表于 2019-7-26 16:25
单点，不会用STO-3G去优化构型。从小基组到大基组的唯一好处就是更容易找到你需要的活化轨道，如果用大基 ...

谢谢老师，明白了，我去尝试一下。

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