计算化学公社

标题: 求助：走irc两边一样，想问还有什么建议。 [打印本页]

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-7-10 14:49
标题: 求助：走irc两边一样，想问还有什么建议。
本帖最后由哈哈哈于 2019-7-11 10:08 编辑

优化出了过渡态，虚频的振动是我想要的。把过渡态拿去走irc，走出来两边一样。
把过渡态的输出结构弄成输入文件加calcall tight int=ultrafine 重新优化，结构偏离。
稍微修改了结构仍加 calcall tight int=ultrafine优化，虚频的振动是我想要的。把这个结构走irc 步长为5 irc中用calcall int=ultrafine，两边仍是一样的。步长为20 reverse （看到之前irc 左边一步原子1 4距离缩短）calcall int=ultrafine走irc，感觉趋势仍然1 4在远离，像产物结构。想问还有什么其它方法能走正常的irc来找反应物和产物。麻烦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-10 20:34
上传文件时一定要把压缩包里每个文件都对应什么说清楚。你的压缩包里还有ORCA的任务，令人糊涂

类似问题，该说的这里都说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

作者
Author: mutron 时间: 2019-7-10 20:54
本帖最后由 mutron 于 2019-7-10 20:56 编辑

你的TS：
E(UB3LYP) = -1796.27392904 A.U. after 1 cycles
<S**2>= 0.9945

你的IRC第一点：
E(UB3LYP) = -1796.27324240 A.U. after 45 cycles
<S**2>= 0.7818

明显IRC第一点（对应TS）没有收敛到TS的波函数，IRC任务加上guess=read，读取你TS所得到的chk文件。顺便也需要考察一下TS波函数是否稳定

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-7-11 14:23

sobereva 发表于 2019-7-10 20:34
上传文件时一定要把压缩包里每个文件都对应什么说清楚。你的压缩包里还有ORCA的任务，令人糊涂

类似问题 ...

不好意思之后会注意的

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-7-11 14:37

mutron 发表于 2019-7-10 20:54
你的TS：
E(UB3LYP) = -1796.27392904 A.U. after 1 cycles
= 0.9945

guess=read 走irc就对了，谢谢你哈。
我通常走irc都是提取ts的结构做输入来走，没有用guess=read。想问一下，走irc是不是最好以guess=read的过渡态来走？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-12 05:08

哈哈哈发表于 2019-7-11 14:37
guess=read 走irc就对了，谢谢你哈。
我通常走irc都是提取ts的结构做输入来走，没有用guess=read。想问 ...

一般没必要，但极个别情况下IRC任务的默认初猜波函数下SCF可能收敛到与过渡态优化最后不同的波函数，相当于走IRC时候和找过渡态时不在同一个势能面上，此时会出现IRC不正常
如果你想保险，每次跑IRC都加guess=read也可以，没坏处

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-7-12 09:33

sobereva 发表于 2019-7-12 05:08
一般没必要，但极个别情况下IRC任务的默认初猜波函数下SCF可能收敛到与过渡态优化最后不同的波函数，相当 ...

感觉这个可以添到irc常见问题那，多一种尝试方式，嘿嘿。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-13 05:11

哈哈哈发表于 2019-7-12 09:33
感觉这个可以添到irc常见问题那，多一种尝试方式，嘿嘿。

目前就在文中

作者
Author: z1065480896 时间: 2020-2-9 23:27

mutron 发表于 2019-7-10 20:54
你的TS：
E(UB3LYP) = -1796.27392904 A.U. after 1 cycles
= 0.9945

我发现我也是这个问题，这个命令怎么写？直接在命令行写入guess=read莫，还是还得将chk文件名字得和上一步TS的chk文件写的一样？

作者
Author: mutron 时间: 2020-2-10 02:41
文件名可以一样，复制一份chk，IRC命令行写上guess=read即可（会改写TS chk文件）；也可以不一样，用%oldchk=你的TS文件.chk 指定，guess=read

作者
Author: naonao5205 时间: 2020-2-12 04:18

z1065480896 发表于 2020-2-9 23:27
我发现我也是这个问题，这个命令怎么写？直接在命令行写入guess=read莫，还是还得将chk文件名字得和上一 ...

%chk=opt.chk
#p irc(rcfc, maxstep=20,LQA) geom=allcheck guess=read scrf=check genchk m062x/chkbas
读取结构和振动分析结果走irc

作者
Author: huangtf 时间: 2020-3-4 00:24

mutron 发表于 2020-2-10 02:41
文件名可以一样，复制一份chk，IRC命令行写上guess=read即可（会改写TS chk文件）；也可以不一样，用%oldch ...

G09的D01支持%oldchk，之前的版本不支持。cp ts.chk ts-irc.chk，然后%chk=ts-irc.chk

作者
Author: huangtf 时间: 2020-3-4 00:33

naonao5205 发表于 2020-2-12 04:18
%chk=opt.chk
#p irc(rcfc, maxstep=20,LQA) geom=allcheck guess=read scrf=check genchk m062x/chkbas ...

写了chkbas，再写genchk是不是多余的？

作者
Author: naonao5205 时间: 2020-3-4 17:48

huangtf 发表于 2020-3-4 00:33
写了chkbas，再写genchk是不是多余的？

这个用户写是没用的确实是多余的 opt freq里面程序自动生成的。
This keyword is found in the second and later automatically generated job steps for compound calculation like Opt Freq. It serves to ensure that all basis set, ECP, and fitting set information (as applicable) is read from the checkpoint file while retaining the keywords for internally stored components (regardless of whether they were modified in the route) so that they can be reported in the output and archive entries for these later
calculations. This keyword serves no purpose within route sections created by users.

作者
Author: 小李子赛 时间: 2020-4-18 11:54
本帖最后由小李子赛于 2020-4-18 11:56 编辑

哈哈哈发表于 2019-7-11 14:37
guess=read 走irc就对了，谢谢你哈。
我通常走irc都是提取ts的结构做输入来走，没有用guess=read。想问 ...

作者
Author: 小李子赛 时间: 2020-4-22 12:44

mutron 发表于 2020-2-10 02:41
文件名可以一样，复制一份chk，IRC命令行写上guess=read即可（会改写TS chk文件）；也可以不一样，用%oldch ...

我为什么一直写不对呢，能帮我看看吗，哪里出了问题

%mem=12000MB
Copying data from "TS3-B3LYP-TZVPP.chk" to current chk file "/scratch/zhangjx/TS3-B3LYP-TZVPP-IRC/Gau-9521.chk".
Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen.

%nprocshared=16
%oldchk=TS3-B3LYP-TZVPP.chk
%mem=12000MB
#p B3LYP/def2TZVPP irc=(calcfc,stepsize=20,maxpoint=30,lqa) SCF=XQC guess=read

作者
Author: Jiangxue 时间: 2023-8-30 16:36

z1065480896 发表于 2020-2-9 23:27
我发现我也是这个问题，这个命令怎么写？直接在命令行写入guess=read莫，还是还得将chk文件名字得和上一 ...

请问你的问题解决了吗？我加了guess=read以后还是和之前的irc结果一样，我怀疑我的新文件命令没有写对

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