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标题: 求助！水合物中氧原子的径向分布函数编写 [打印本页]

作者
Author: Gdkly 时间: 2019-7-12 10:06
标题: 求助！水合物中氧原子的径向分布函数编写
求助大家
我想要求这个in文件的氧原子的径向分布函数，可是输出之后看图分析，与文献对应差好多，是我哪里编写错误了么？望指正！这是我的in文件。
  # 07

units real
dimension 3
boundary p p p

neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes
atom_style full

read_data gg.data
set type 2 charge 0.5564  #H
set type 3 charge -1.1128 #O

pair_style lj/cut/tip4p/long 3 2 1 1 0.1546 12.0
pair_coeff 1 1  0.066  3.5 #CH4
pair_coeff 2 2 0.0 0.0       #H
pair_coeff 3 3 0.1852 3.1589  #O

pair_modify mix arithmetic tail yes

bond_style harmonic
bond_coeff 1 375 0.9572    #Ow-Hw

angle_style harmonic
angle_coeff 1 60 104.52    #Hw-Ow-Hw

kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4

thermo_style custom step cpu temp press vol density pe etotal
thermo 100
variable T equal 300.0
variable P equal 450.0

minimize 1.0e-4 1.0e-6 1000 10000
reset_timestep  0

group methane type 1
group water type 2 3
fix 2 water shake 0.0001 20 0 b 1 a 1

velocity all create $T 28351 mom yes rot yes dist gaussian
timestep 1.0

fix 3 all npt temp $T $T 100.0 iso $P $P 1000.0
dump 00 all custom 500 data0.txt id type x y z
dump 0 all atom 500 result0.lammpstrj
#run 50000
#kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4
#reset_timestep  0
#均方位移0
compute Omymsd water msd com yes
variable Omsdx equal c_Omymsd[1]
variable Omsdy equal c_Omymsd[2]
variable Omsdz equal c_Omymsd[3]
variable Omsdtot equal c_Omymsd[4]
variable timestep equal step
fix Omymsd water ave/time 1 1 100 c_Omymsd[4] file Omymsd1.txt
#均方位移C
compute Cmymsd methane msd com yes
variable Cmsdx equal c_Cmymsd[1]
variable Cmsdy equal c_Cmymsd[2]
variable Cmsdz equal c_Cmymsd[3]
variable Cmsdtot equal c_Cmymsd[4]
variable timestep equal step
fix Cmymsd methane ave/time 1 1 100 c_Cmymsd[4] file Cmymsd1.txt

#径向分布函数
compute myRDF methane rdf 100 #C-C
fix rdf1 all ave/time 100 1 100 c_myRDF[*] file rdfC1.txt mode vector

#径向分布函数
compute RDF water rdf 100 #O-O
fix 222 all ave/time 100 1 100 c_RDF[*] file rdf222.txt mode vector

#轨迹动态
dump 11 all custom 500 data1.txt id type x y z
dump 1 all atom 500 result1.lammpstrj
#restart 500 temp.restart
run 100000
这是我的文件！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-16 06:41
我不用lammps，反正如果你把lammps轨迹载入到VMD，用VMD自带的rdf插件可以很容易地获得rdf

作者
Author: Gdkly 时间: 2019-7-16 19:58

sobereva 发表于 2019-7-16 06:41
我不用lammps，反正如果你把lammps轨迹载入到VMD，用VMD自带的rdf插件可以很容易地获得rdf

好的，谢谢我试一下!

作者
Author: SherryLiu 时间: 2019-7-23 02:25
第二个 compute RDF water rdf 100 #O-O 中，计算的应该是所有水分子的RDF，不是单独O-O的。
如果要算O-O的，需指定原子type，应改为 compute RDF water rdf 100 3 3

作者
Author: Gdkly 时间: 2019-8-3 09:13

SherryLiu 发表于 2019-7-23 02:25
第二个 compute RDF water rdf 100 #O-O 中，计算的应该是所有水分子的RDF，不是单独O-O的。
如果要算O ...

好的谢谢您的回复，我试一下

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