计算化学公社

标题: 请大家给我提一些建议 [打印本页]

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Author: yakir 时间: 2019-7-12 10:19
标题: 请大家给我提一些建议
各位老师大家好
先交代一下背景，我本科是读的化工机械专业，主要是设计压力容器的，本科期间没有学过化学，高中时候化学又比较差，但是万万没想到，研究生调剂给调到了某211化工大学，跟了一个做催化计算的老师。研一刚来的时候，老师给了我们几个新生一篇文献，是关于TADF的，让我们几个看完以后在组会上讲，结果可能我讲的比较好，老师就给了我定了方向：荧光的计算。并告诉我让我用高斯计算，随后我发现，我们老师对这个方向是一窍不通，对高斯也一窍不通。刚开始学习高斯的时候感觉很吃力，那会儿不知道有计算化学公社，啃了一个学期的高斯和GV手册，无意间发现了Sob老师的博文，跟着老师的博文学会了很多很多的东西，学会荧光的计算之后，我们老师又去找合作，每次都是帮别人的实验做一个简单的发射光谱的计算，工作零零散散，到现在研二马上结束了，还没有自己的课题。跟老师说过很多次，发现他对这个领域是一点都不了解，而且也没有想着去了解，就连一个S1、S2激发态每次提到都要跟他解释一遍是什么意思，感觉很心累，马上要中期答辩，我一点可以写的数据都没有，我真的很着急，看了很多文献想自己找个课题，主要都是围绕荧光的，之前一直算的是石墨烯量子点的荧光，但是我觉得目前这个方向大家都是在合成方法上进行研究，况且模拟的尺度和实验合成的尺度要差太多，目前又不能精确的调控合成的量子点结构，而且计算方面我能想到的也已经有大量的文章已经发表。之后又看了很多荧光探针的文章，感觉自己像个无头苍蝇一样没有方向。
希望各位老师们，如果你们了解或者从事过这个方向或领域，可以给我一些意见建议吗？我现在可以比较熟练的使用高斯，ORCA和VASP也有使用过但是不熟，也会用NEWTON-X计算分子的激发态动力学，如果用到我不会的我可以下功夫去学，请大家给我指点迷津，不甚感激！

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Author: 小范范1989 时间: 2019-7-12 10:46
楼主好，咱们可能差不多哈，我主要是做TADF计算，里面有荧光等等。
我觉着你会这个“”NEWTON-X计算分子的激发态动力学“”。之前一直想鼓捣这个，看钟老师发过这方面文章，还有论坛里也有他的帖子。
个人感觉，这个激发态动力学的东西，比较时髦。反正后期学习NEWTON是我的一个规划。可能有不懂得问题还要咨询你。
以上是个人理解。

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Author: 我本是个娃娃 时间: 2019-7-12 10:48
you have to join the primary training course of QC by Kein and it can be found that all gates of QC have opened for you.

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Author: yakir 时间: 2019-7-12 10:52

小范范1989 发表于 2019-7-12 10:46
楼主好，咱们可能差不多哈，我主要是做TADF计算，里面有荧光等等。
我觉着你会这个“”NEWTON-X计算分子的 ...

您好，TADF的文章我看的不多，印象中是计算S1和T1的能量差，貌似这个差越小越好，我觉得我需要算系列的任务，这样工作量才能够啊，很愁

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 10:53

我本是个娃娃发表于 2019-7-12 10:48
you have to join the primary training course of QC by Kein and it can be found that all gates of QC ...

这次的量化基础班没有抢到

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 10:55

小范范1989 发表于 2019-7-12 10:46
楼主好，咱们可能差不多哈，我主要是做TADF计算，里面有荧光等等。
我觉着你会这个“”NEWTON-X计算分子的 ...

您可不可以给我推荐一些钟老师用NEWTON-X计算的文章，我现在学会了怎么用，也看了一些算法的理论，但是计算结果的分析还是有欠缺，想多看看这方面的文章

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-7-12 12:21

yakir 发表于 2019-7-12 10:55
您可不可以给我推荐一些钟老师用NEWTON-X计算的文章，我现在学会了怎么用，也看了一些算法的理论，但是计 ...

最近一段时间不在学校，等我去了，传给你。
这是钟老师的帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10183-1-1.html

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Author: tjuptz 时间: 2019-7-12 13:15
读不读博？不读找工作的话建议你好好把化工机械捡起来，化工机械比什么化工、催化、光化学容易很多，单位又好、钱又多(在化工领域）、所在城市又都是大城市，还不用倒班风吹日晒什么的。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-12 13:53

yakir 发表于 2019-7-12 10:55
您可不可以给我推荐一些钟老师用NEWTON-X计算的文章，我现在学会了怎么用，也看了一些算法的理论，但是计 ...

目前我看到的是这篇：
Weixuan Zeng, Shaolong Gong, Cheng Zhong, Chuluo Yang. Prediction of Oscillator Strength and Transition Dipole Moments with the Nuclear Ensemble Approach for Thermally Activated Delayed Fluorescence Emitters. The Journal of Physical Chemistry C 2019, 123 (15) , 10081-10086. DOI: 10.1021/acs.jpcc.9b02376.

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-12 13:58
关于TADF的理论计算方面的课题，我有以下的看法：
（1）简单的，例如仅仅用一些软件就可以做的，譬如单分子性质的计算这方面，着实已经不好法文章了，即便去解释实验的一些现象，这方面的文章也太多了。

（2）复杂的，需要自己写程序的，比如利用QMMM方法去考虑固态环境，（因为TADF的分子往往都是CT比较明显，这种偶极很大的分子受环境的影响往往非常大），如何考虑固态环境这里面还可以做点东西，但是需要有一定的积累，需要自己写一些核心的代码。其次，结合MD，然后再进行QMMM的计算，这方面的文章也有不少。

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 14:18

小范范1989 发表于 2019-7-12 12:21
最近一段时间不在学校，等我去了，传给你。
这是钟老师的帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10183-1- ...

好的，谢谢您了

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 14:20

tjuptz 发表于 2019-7-12 13:15
读不读博？不读找工作的话建议你好好把化工机械捡起来，化工机械比什么化工、催化、光化学容易很多，单位又 ...

谢谢您的建议，我会认真考虑，目前没有读博的打算，我是专硕，感觉做计算模拟确实不太好找工作，不过当下是先做点东西以求毕业

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 14:21

让你变成回忆发表于 2019-7-12 13:53
目前我看到的是这篇：
Weixuan Zeng, Shaolong Gong, Cheng Zhong, Chuluo Yang. Prediction of Oscilla ...

好的，非常感谢

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 14:21

让你变成回忆发表于 2019-7-12 13:58
关于TADF的理论计算方面的课题，我有以下的看法：
（1）简单的，例如仅仅用一些软件就可以做的，譬如单分 ...

非常感谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-7-12 22:24
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-7-12 22:34 编辑

起标题建议不要太宽泛，反映帖子内容。

有很多可行的方向，涉及激发态的（和“荧光的计算”所需的技术比较接近）我只对有机合成中用到的光反应稍微熟悉一些，可能也比只算个荧光能讲的故事更丰富，所以我只从这个方向说。这只是个人的理解，不一定合理，请斟酌。也欢迎批评讨论。我不清楚你们组“催化计算”是怎样的“催化计算”，如果是小分子的催化，其实可能可以尝试从实验组密切合作，与实验组做的与激发态（光照）相关的实验中合作中找到一些有趣的现象进行解释，这算是我感觉从发文章的角度比较“图快”的路径。

注意不要被实验组牵制鼻子走，比如实验组说“你看，我这儿有俩反应，一个产率80%，一个20%，我觉得可能是这货比这货Gap小，你算个HOMO-LUMO Gap吧”，然后你就算了俩分子轨道贴上去了，不要这样搞计算。

其实目前的有机光反应的机理研究远不如热化学深入，不清楚的、错误的解释其实非常多，有些看似普适经验规律看似简单、其实是很多因素组合起来的结果、容易找到例外。与做实验的人（不是老师，就是捣鼓瓶子的那个人）建立联系密切沟通，尤其是找到一些失败的数据（通常不会报道）、解释不清楚的案例，算算看看（比如看着挺远的一个基团变了一下，反应突然不work了，这种案例通常不会报道，但在实验本身没问题的前提下，对机理的研究常能提供不少指示），经常能搞出有意思的故事来。如果能更深入一些，能让他们测个混合样品光谱、测个动力学啥的弄个并列一作发出去的文章可能还不差。

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-12 22:51
谢谢老师的指导，我们和实验组的合作还没有涉及到光反应，基本都是实验合成个石墨烯量子点，边缘有什么什么官能团，测出来波长多少，然后我们给模拟一下，都是很浅的东西，另外我们组做的催化计算也只限于电催化二氧化碳还原，ORR，OER啥的，结构也都是些二维的材料，其实我对光反应还是挺感兴趣的，之前也有看过这方面的实验的文章，最后也不了了之了，不过还是非常感谢老师提的建议，我会跟我们老师商量去尝试一下，非常感谢

作者
Author: biogon 时间: 2019-7-24 14:52
我现在就是在做CD和CQD，这些玩意的的荧光没必要算，炼金式的合成也没办法用计算来指导，结构也是不够清楚，大部分的文章算的都是些没多大意义的东西

作者
Author: yakir 时间: 2019-7-25 20:20

biogon 发表于 2019-7-24 14:52
我现在就是在做CD和CQD，这些玩意的的荧光没必要算，炼金式的合成也没办法用计算来指导，结构也是不够清楚 ...

我也有同感，毕竟实验上好像没法精确合成

作者
Author: 王寓于 时间: 2021-5-20 18:06
请问您有newton-x计算激发态动力学的可以正常计算的文本吗？最近再看这一方面可是在按照教程练习时经常报错却找不到原因，想找一个能正常运算的文本和控制文件对比一下看看问题出在哪里，谢谢。

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