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标题: 求助Pd配合物计算时出现的问题 [打印本页]
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Author: 慕子渊    时间: 2019-7-12 22:16
标题: 求助Pd配合物计算时出现的问题
各位老师你们好，我是刚接触计算的新手，我想计算一个Pd配合物的圆二色谱（溶剂乙腈）。先对其进行构象搜索，然后优化。优化的过程中，出现了如下的问题。整个分子结构扭曲交缠在一起了（详情在输出文件中）。而且报错。输入代码文件如下，请各位老师指点。不胜感激！
  1. %mem=24GB
  2. %nprocshared=4
  3. #p opt freq rb3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) geom=connectivity

  5. opt and freq of SUI1 in acetonitrile

  7. 0 1
  8. C                 11.80400000   -5.75800000   -0.40700000
  9. H                 11.08100000   -4.96400000   -0.56600000
  10. C                 11.42100000   -7.08700000   -0.25000000
  11. C                 12.40400000   -8.05800000   -0.06800000
  12. C                 13.75900000   -7.72200000    0.06700000
  13. C                 14.14200000   -6.39200000   -0.10100000
  14. H                 15.18600000   -6.09600000   -0.01200000
  15. C                 13.16500000   -5.41900000   -0.35000000
  16. H                 13.46400000   -4.37700000   -0.47200000
  17. N                 12.00100000   -9.48600000    0.00400000
  18. H                 12.24600000   -9.88800000   -0.92200000
  19. C                 12.74100000  -10.19000000    1.11600000
  20. H                 12.55300000  -11.25800000    1.05400000
  21. C                 14.22800000   -9.95600000    0.94400000
  22. H                 14.93800000  -10.72000000    1.26700000
  23. C                 14.69100000   -8.78800000    0.46000000
  24. H                 15.75800000   -8.59900000    0.37600000
  25. N                 10.11400000   -7.58500000   -0.20500000
  26. Pd                10.01300000   -9.49800000    0.06900000
  27. C                  8.92400000   -6.89100000   -0.30500000
  28. O                  8.81300000   -5.67100000   -0.43400000
  29. C                  7.71700000   -7.83500000   -0.32500000
  30. H                  7.61700000   -8.15500000   -1.37100000
  31. C                  8.02600000   -9.06600000    0.54500000
  32. H                  7.98100000   -8.80300000    1.60800000
  33. C                  7.07300000  -10.21600000    0.27100000
  34. H                  7.31200000  -11.07500000    0.90300000
  35. H                  7.13200000  -10.53600000   -0.77400000
  36. H                  6.03600000   -9.94000000    0.48500000
  37. C                  6.43900000   -7.11600000    0.09700000
  38. H                  5.56500000   -7.76900000    0.01500000
  39. H                  6.25100000   -6.24100000   -0.53500000
  40. H                  6.50800000   -6.76500000    1.13300000
  41. N                  9.93400000  -11.44400000    0.19400000
  42. H                 10.08400000  -11.82900000    1.07900000
  43. C                  9.76900000  -12.14700000   -0.83500000
  44. C                  9.74100000  -13.63400000   -0.80200000
  45. H                  8.92200000  -13.98800000   -0.16700000
  46. H                 10.69100000  -14.02700000   -0.42400000
  47. H                  9.58500000  -14.01600000   -1.81500000

  49. 1 2 1.0 3 2.0 8 1.0
  50. 2
  51. 3 4 1.0 18 1.0
  52. 4 5 2.0 10 1.0
  53. 5 6 1.0 16 1.0
  54. 6 7 1.0 8 2.0
  55. 7
  56. 8 9 1.0
  57. 9
  58. 10 11 1.0 12 1.0 19 1.0
  59. 11
  60. 12 13 1.0 14 1.0
  61. 13
  62. 14 15 1.0 16 2.0
  63. 15
  64. 16 17 1.0
  65. 17
  66. 18 19 1.0 20 1.0
  67. 19 24 1.0 34 1.0
  68. 20 21 2.0 22 1.0
  69. 21
  70. 22 23 1.0 24 1.0 30 1.0
  71. 23
  72. 24 25 1.0 26 1.0
  73. 25
  74. 26 27 1.0 28 1.0 29 1.0
  75. 27
  76. 28
  77. 29
  78. 30 31 1.0 32 1.0 33 1.0
  79. 31
  80. 32
  81. 33
  82. 34 35 1.0 36 2.0
  83. 35
  84. 36 37 1.0
  85. 37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
  86. 38
  87. 39
  88. 40

  90. Pd 0
  91. lanl2dz
  92. ****
  93. C H O N 0
  94. 6-31g(d)
  95. ****


  98. Pd 0
  99. lanl2dz
复制代码






作者
Author: liyuanhe211    时间: 2019-7-12 22:26
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-7-12 22:28 编辑

赝势关键词和段落格式错误，Pd直接没有赝势，仔细看输出可能有相关的警告。没有赝势导致Pd与周围原子成键的“欲望”超级强。
作者
Author: agent99    时间: 2019-7-13 03:24
如楼上所说，Pd的赝势没读进去，96 97两个空行删掉一个就可以
作者
Author: sobereva    时间: 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

Gaussian里绝对不要用CPCM，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
作者
Author: tiandikuoyuan    时间: 2019-7-13 08:48
你结构是不是画错了，你提交的结构不是氰基。
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-13 10:39
liyuanhe211 发表于 2019-7-12 22:26
赝势关键词和段落格式错误，Pd直接没有赝势，仔细看输出可能有相关的警告。没有赝势导致Pd与周围原子成键的 ...

谢谢您的指点。原来就是这样才造成扭曲。
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-13 10:40
agent99 发表于 2019-7-13 03:24
如楼上所说，Pd的赝势没读进去，96 97两个空行删掉一个就可以

嗯嗯。我去试试。感谢您的指点。
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-13 10:41
sobereva 发表于 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gauss ...

感谢老师指出我的问题。我这就去修改。谢谢老师
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-13 10:43
tiandikuoyuan 发表于 2019-7-13 08:48
你结构是不是画错了，你提交的结构不是氰基。

啊。我才发现。我是在chemdraw上画了结构然后用moe软件进行构象搜索。现在我仔细查看moe构象搜索完之后，确实氰基变成了C=N-H。可能是这个软件的的问题。十分感谢您！
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-14 20:18
sobereva 发表于 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gauss ...

Sob老师您好，我把输入文件修改如下所示。但是发现算完后，用高斯View打不开。请教下是怎么回事呢？
  1. %mem=24GB
  2. %nprocshared=4
  3. #p opt freq b3lyp/genecp scrf(IEFPCM,solvent=acetonitrile) geom=connectivity

  5. opt and freq of SUI7 in acetonitrile

  7. 0 2
  8. C                  9.94800000  -13.68400000    2.78500000
  9. H                  8.89900000  -13.83800000    3.02000000
  10. C                 10.45800000  -13.95900000    1.52800000
  11. C                 11.85700000  -13.76000000    1.26700000
  12. C                 12.74100000  -13.41000000    2.29000000
  13. C                 12.21100000  -13.09700000    3.54400000
  14. H                 12.86500000  -12.80600000    4.36400000
  15. C                 10.82500000  -13.21800000    3.77800000
  16. H                 10.43400000  -12.99400000    4.77200000
  17. N                 12.46200000  -14.05000000   -0.12300000
  18. H                 12.67500000  -13.10800000   -0.50600000
  19. C                 13.67000000  -14.89500000   -0.01500000
  20. H                 14.13100000  -14.98800000   -0.99500000
  21. C                 14.63300000  -14.20600000    0.93700000
  22. H                 15.71100000  -14.30700000    0.78200000
  23. C                 14.18300000  -13.52100000    2.00900000
  24. H                 14.87600000  -13.06400000    2.71100000
  25. N                  9.78100000  -14.61900000    0.49900000
  26. C                  8.64200000  -15.38900000    0.40100000
  27. O                  7.74700000  -15.44700000    1.24300000
  28. C                  8.64200000  -16.26000000   -0.95800000
  29. H                  8.09000000  -15.63600000   -1.67300000
  30. C                 10.10000000  -16.51300000   -1.56500000
  31. H                 10.60700000  -17.31400000   -1.01900000
  32. C                 10.13100000  -16.71600000   -3.05800000
  33. H                 11.16600000  -16.75500000   -3.40900000
  34. H                  9.64800000  -15.88000000   -3.57300000
  35. H                  9.62900000  -17.64300000   -3.34700000
  36. C                  7.89400000  -17.57100000   -0.76300000
  37. H                  6.87200000  -17.39200000   -0.41300000
  38. H                  8.39300000  -18.19700000   -0.01600000
  39. H                  7.83300000  -18.13500000   -1.69900000
  40. Pd                10.86200000  -14.69100000   -1.01800000

  42. 1 2 1.0 3 2.0 8 1.0
  43. 2
  44. 3 4 1.0 18 1.0
  45. 4 5 2.0 10 1.0
  46. 5 6 1.0 16 1.0
  47. 6 7 1.0 8 2.0
  48. 7
  49. 8 9 1.0
  50. 9
  51. 10 11 1.0 12 1.0 33 1.0
  52. 11
  53. 12 13 1.0 14 1.0
  54. 13
  55. 14 15 1.0 16 2.0
  56. 15
  57. 16 17 1.0
  58. 17
  59. 18 19 1.0 33 1.0
  60. 19 20 2.0 21 1.0
  61. 20
  62. 21 22 1.0 23 1.0 29 1.0
  63. 22
  64. 23 24 1.0 25 1.0 33 1.0
  65. 24
  66. 25 26 1.0 27 1.0 28 1.0
  67. 26
  68. 27
  69. 28
  70. 29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
  71. 30
  72. 31
  73. 32
  74. 33

  76. Pd 0
  77. Lanl2DZ
  78. ****
  79. C H O N 0
  80. 6-31g(d)
  81. ****

  83. Pd 0
  84. Lanl2DZ


复制代码


作者
Author: sobereva    时间: 2019-7-14 21:01
慕子渊 发表于 2019-7-14 20:18
Sob老师您好，我把输入文件修改如下所示。但是发现算完后，用高斯View打不开。请教下是怎么回事呢？


...

确保任务已经正常结束了
别用太老的gview
如果实在搞不清楚，把输出文件压缩后上传
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-15 08:44
sobereva 发表于 2019-7-14 21:01
确保任务已经正常结束了
别用太老的gview
如果实在搞不清楚，把输出文件压缩后上传

sob老师好，输入输出文件均已上传。请老师帮看看有没有问题？谢谢。
作者
Author: sobereva    时间: 2019-7-15 09:16
慕子渊 发表于 2019-7-15 08:44
sob老师好，输入输出文件均已上传。请老师帮看看有没有问题？谢谢。

用gview 6.0.16，能打开
G16算的别用老版本gview打开
作者
Author: 慕子渊    时间: 2019-7-15 09:41
sobereva 发表于 2019-7-15 09:16
用gview 6.0.16，能打开
G16算的别用老版本gview打开

好的。我去试试。谢谢老师。



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