计算化学公社

标题: 求助：如何计算MM/PBSA方法中墒的部分 [打印本页]

作者
Author: jackie 时间: 2019-7-13 08:38
标题: 求助：如何计算MM/PBSA方法中墒的部分
计算MM/PBSA经调研主流的方法是使用Gromacs结合g_mmpbsa软件来计算，我模拟重复出了教程中的数据最终的总结输出如下：
#Complex Number: 1
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SUMMARY
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van der Waal energy    =       -333.933 +/- 3.288 kJ/mol

Electrostattic energy =       -159.278 +/- 3.812 kJ/mol

Polar solvation energy =       313.690 +/- 1.916 kJ/mol

SASA energy             =       -30.407 +/- 0.220 kJ/mol

SAV energy             =          0.000 +/- 0.000 kJ/mol

WCA energy             =          0.000 +/- 0.000 kJ/mol

Binding energy          =       -210.914 +/- 4.556 kJ/mol

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END
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也就是说使用g_mmpbsa软件仅能计算出MM和polar、non-polar部分。然而文献中对于MM/PBSA方法的描述还需要加上熵的计算（-TdetaS）才是最终真正结合能的结果，请问这熵的部分是通过什么软件来计算的呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-7-13 10:17
一般是做振动分析得到的，不过计算非常麻烦，得到的结果准确度和直接生成随机数基本一样，所以可以忽略不计

作者
Author: jackie 时间: 2019-7-13 10:36

fhh2626 发表于 2019-7-13 10:17
一般是做振动分析得到的，不过计算非常麻烦，得到的结果准确度和直接生成随机数基本一样，所以可以忽略不计

如何做振动分析，用什么软件？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-7-13 16:31

jackie 发表于 2019-7-13 10:36
如何做振动分析，用什么软件？

我所知道的只有Ambertools里面的mmpbsa模块

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-14 01:12
其实最主流的是用amber来做MM/PBSA，也可以直接让程序计算熵部分。g_mmpbsa只是弥补gmx相对于amber来说没有MM/PBSA代码的不足，并不是最主流
对于gmx而言，由于gmx自身可以做振动分析得到振动熵，所以原理上也可以给出-T*delta_S，只不过需要自己再写一个代码来把这个过程自动化

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-7-15 09:47
使用反应熵计算

作者
Author: yogurt 时间: 2020-4-11 10:13

sobereva 发表于 2019-7-14 01:12
其实最主流的是用amber来做MM/PBSA，也可以直接让程序计算熵部分。g_mmpbsa只是弥补gmx相对于amber来说没有 ...

请问sob老师计算熵这一步有教程或者脚本么？我用gromacs转换为Amber的格式用MMPBSA.py总是报错。

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-6-4 16:25
您好，我现在也刚开始学习使用g_mmpbsa来计算结合能，有一点问题希望向您请教一下，请问您的mdp参数文件是采用官网上的参数还是依照自己的体系设定的呢，我的体系中不止有一种阳离子，所以在设定mdp文件中的pcharge、prad等参数时不知道怎么处理，希望向您请教一下，还请您指点一二

作者
Author: laoman 时间: 2021-6-7 05:11

sobereva 发表于 2019-7-14 01:12
其实最主流的是用amber来做MM/PBSA，也可以直接让程序计算熵部分。g_mmpbsa只是弥补gmx相对于amber来说没有 ...

同意社长说的，现在用MDAnalysis，MDtraj等Python包来转化轨迹非常方便，GMX，NAMD还有CHARMM的轨迹都可以转化成Amber的NetCDF格式，然后用Amber的MM/PBSA模块来计算。

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