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标题: GPU加速出错问题 [打印本页]

作者
Author: mjluan 时间: 2019-7-13 15:38
标题: GPU加速出错问题
老师您好，我之前在做蛋白的模拟的时候，正式MD过程使用了GPU加速，但是现在做蛋白-配体的模拟，发现使用GPU会报错，不使用GPU则没有问题Command line:
  gmx_mpi mdrun -deffnm md01 -nb gpu

Reading file md01.tpr, VERSION 2016.4 (single precision)
Note: file tpx version 110, software tpx version 112
Multiple energy groups is not implemented for GPUs, falling back to the CPU. For better performance, run on the GPU without energy groups and then do gmx mdrun -rerun option on the trajectory with an energy group .tpr file.

-------------------------------------------------------
Program:    gmx mdrun, version 2018.3
Source file: src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp (line 292)
Function: bool gmx::decideWhetherToUseGpusForNonbonded(const gmx::TaskTarget, const std::vector<int> &, const EmulateGpuNonbonded, const bool, const bool, const bool)

Inconsistency in user input:
Nonbonded interactions on the GPU were required, but not supported for these
simulation settings. Change your settings, or do not require using GPUs.

这是我的mdp文件参数
integrator             = md
dt                      = 0.002
nsteps                = 250000

nstxout                = 500
nstvout                = 500
nstfout                = 500
nstenergy             = 500
nstlog                = 500
energygrps             = Protein_CAL NA_SOL

nstlist                = 1000
ns-type                = Grid
pbc                   = xyz
rlist                   = 300.0
cutoff-scheme = verlet
coulombtype             = PME
pme_order             = 4
fourierspacing          = 3
rcoulomb                = 300.0
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 300.0

Tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = Protein_CAL NA_SOL
tau_t                   = 3       3
ref_t                   = 370    370

DispCorr                = EnerPres

Pcoupl                = no

gen_vel                = no

constraints             = all-bonds
continuation          = yes
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4
E-z                   = 1 0 0

请问老师这是说不能设置energygrps吗？
还有老师，如果使用nose-hoover热浴，会出现这个错误，是要扩大tau—t的值吗？

作者
Author: mjluan 时间: 2019-7-13 20:46
老师，我发现如果不分开设置能量组，就可以使用GPU加速，请问可以这样设置吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-14 01:15
用GPU做MD的时候去掉能量组设置，之后再用纯CPU版把轨迹rerun一遍，这时候再设能量组

热浴问题我看你在群里已经问过了，我也已经回了。同一个问题不要24小时内同时在两个地方问，这点在群文件里群规以及本论坛置顶的新人必读里都已经说了。

作者
Author: mjluan 时间: 2019-7-14 12:06

sobereva 发表于 2019-7-14 01:15
用GPU做MD的时候去掉能量组设置，之后再用纯CPU版把轨迹rerun一遍，这时候再设能量组

热浴问题我看你在 ...

不好意思老师，我下次一定注意！
老师，我还有两个问题
1.看了您在群里关于热浴的回复，由于我看文献中做的这个体系是用nose-hoover，所以如果我一定要用它的话，是不是得按照报错提示，扩大tau-t的值啊？
2.老师，像跑这种蛋白-配体的体系，请问能量组一定要分开设定吗？可以不rerun吗？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 01:00

mjluan 发表于 2019-7-14 12:06
不好意思老师，我下次一定注意！
老师，我还有两个问题
1.看了您在群里关于热浴的回复，由于我看文献中 ...

1 NH热浴一般用tau-t=0.5就行了。如果你没有设一些额外东西，应该不会有那种提示
2 你要想考察蛋白质与配体的相互作用，肯定得定义两个energy group。不rerun的话你只能MD的过程用纯CPU来跑

作者
Author: mjluan 时间: 2019-7-15 10:18

sobereva 发表于 2019-7-15 01:00
1 NH热浴一般用tau-t=0.5就行了。如果你没有设一些额外东西，应该不会有那种提示
2 你要想考察蛋白质与 ...

感谢老师！

作者
Author: aken5555 时间: 2020-1-17 13:48

mjluan 发表于 2019-7-15 10:18
感谢老师！

楼主您好，我刚学GMX，请教一下：我的电脑是2核E5-2670+1块1080Ti，在跑GROMACS教程的例子“漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究" 时，提示错误“Multiple energy groups is not implemented for GPUs, falling back to the CPU. For better performance, run on the GPU without energy groups and then do gmx mdrun -rerun option on the trajectory with an energy group .tpr file.”
我把mdp中的“energygrps = Protein Non-Protein”删掉也不管用，请问你是怎么屏蔽的能量组啊？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-18 16:50

aken5555 发表于 2020-1-17 13:48
楼主您好，我刚学GMX，请教一下：我的电脑是2核E5-2670+1块1080Ti，在跑GROMACS教程的例子“漏斗网蜘蛛毒 ...

跑轨迹时候照常用GPU跑，不设能量组
之后rerun时候再用CPU跑，并且设能量组

作者
Author: aken5555 时间: 2020-1-27 15:49

sobereva 发表于 2020-1-18 16:50
跑轨迹时候照常用GPU跑，不设能量组
之后rerun时候再用CPU跑，并且设能量组

明白了，谢谢社长，新年快乐！

作者
Author: DS00HY 时间: 2021-1-8 11:11

aken5555 发表于 2020-1-27 15:49
明白了，谢谢社长，新年快乐！

你好，请问你最后是怎么把能量组去掉的呀？

作者
Author: tomato0301 时间: 2021-5-6 23:04

DS00HY 发表于 2021-1-8 11:11
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

您好，想问一下您最后是怎么删除能量组的牙

作者
Author: lyjc19961209 时间: 2021-5-29 12:12

tomato0301 发表于 2021-5-6 23:04
您好，想问一下您最后是怎么删除能量组的牙

去除能量组就把.mdp文件里这一行删除“energygrps = Protein XX ; Which energy group(s) to write to disk”

作者
Author: Alpaca 时间: 2022-11-17 10:30

tomato0301 发表于 2021-5-6 23:04
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问怎么rerun，是在gmx mdrun后面吗？但是他老提示我“使用mdrun-rerun时，输入轨迹文件md_0_1.xtc的名称不能与输出文件的名称相同”这个就需要改一下文件名吗

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-23 10:23

Alpaca 发表于 2022-11-17 10:30
请问怎么rerun，是在gmx mdrun后面吗？但是他老提示我“使用mdrun-rerun时，输入轨迹文件md_0_1.xtc的名 ...

你好，请问你知道怎么rerun了吗，命令应该怎么写呀

作者
Author: student0618 时间: 2024-6-23 11:04
本帖最后由 student0618 于 2024-6-23 13:21 编辑

可參考教程 http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/09_analysis.html

gmx mdrun -deffnm ie -rerun md_0_10.xtc -nb cpu

复制代码

以上指令rerun的軌跡是md_0_10.xtc
tpr文件是ie.tpr
輸出文件會是ie.xxx

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-26 23:17

student0618 发表于 2024-6-23 11:04
可參考教程 http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/09_analysis.html

链接中的例子
命令：gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ie.tpr

请问这个ie.mdp是最后跑md.mdp还是npt.mdp 呀

作者
Author: student0618 时间: 2024-6-27 12:17

dxf 发表于 2024-6-26 23:17
链接中的例子
命令：gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ie.tpr ...

那教程用的是加了energygrps 的md.mdp

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-28 12:48

student0618 发表于 2024-6-27 12:17
那教程用的是加了energygrps 的md.mdp

我仔细看了一下，确实是md.mdp
感谢你的回复

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