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标题: mayer键级分析判断pi电子求助 [打印本页]

作者
Author: wang7344412 时间: 2019-7-13 19:37
标题: mayer键级分析判断pi电子求助
sob老师，你好。我有一个问题请教一下。我按照《在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征》，按照非平面体系对pi电子进行了考察。我是直接使用的opt过程产生的FCHK文件。看图发现C33-C35键长1.38明显有多重键，但是做出来的pi电子云却没有！然后我对C33-C35键计算了键级，mayer键级=1.51, pi电子mayer键级=0.02 ,除pi电子之后mayer键级1.14，这种情况下我该怎么去分析这个键呢？这个到底怎么算呢？还是说要多考虑几种其他的键级看看。

之后我自己尝试了，先把轨道定域化之后做mayer键级的微扰，
Input indices of two atoms, e.g. 3,5
33,35
Mayer bond order before orbital occupancy-perturbation: 1.515043
94    2.00000 -0.63419 0.608819 -0.906224
190    2.00000 -0.14623 0.950082 -0.564961
Summing up occupancy perturbation from all orbitals:  -1.09491 这个总的为什么比键级还小这也是个问题。
发现94号LMO ：-0.9，看图明显为sigema键，190号-LMO：-0.56，似乎明显有pi电子特征。不知道为何之前没有识别出来。
我重新观察了LMO-190，发现类似pij键的电子云一边断开，一边相这是不是就是问题所在。查看相关博文发现“给Multiwfn用的Gaussian输出文件必须是单点计算的输出文件。”
然后我准备上传NBO的input 和fch,压缩后还是太大。无法上传。但是两个fch 结果是一致的！
以下是NBO的输入
#p b3lyp/genecp pop=nbo6read

.
.
$nbo naomo $end

总结：
问题1，我直接用opt过程产生的FCHK文件是否有问题。
问题2，这个C33-C35应该怎么分析。
问题3，mayer键级的微扰为什么比计算出来的键级小。
附件为输入文件和fchk文件。图片中VMD用的不太熟，小白还不会加原子序号，大家见谅。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2019-7-13 23:10
The No.180 and 183 of localized orbitals should be observed carefully. It can be found that the 3 center-2 electrons Pi bonds mean the La-N-C is a three-number ring.
The result you have found in ELF-Pi plot is fitted for what I said.
The fuzzy bond order of C33-C35 has been calculated. The value, 1.30, means the bond type is single.
Sometimes, the Mayer bond order is unavailable. Try another analysis method.
Have a look for the argumentation process of mine:

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-14 02:03
“NBO的input 和fch”没有意义。你又没让NBO轨道保存到chk里，显然和普通算个单点得到的fch分析结果是完全一样

不要写毫无意义的noraman，看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

33-35明显有pi特征，LMO190的图形就已经体现出来了，而且去掉190会令Mayer键级显著降低，这也是存在pi特征的明显证据。
pi电子等值面图在33-35之间没有显示出等值面是因为当前体系比较特殊，因此在默认判断阈值下没自动把LMO190判断成pi轨道，因为这个轨道有一部分离域到了La上。然而肉眼一看就知道，这个轨道的主体就是pi特征。要注意自动判断pi轨道的那个功能只是为了让用户省得挨个看轨道通过肉眼判断，如果和肉眼判断不符，要以肉眼判断为准。

一般情况下Mayer键级不能精确分解为各个轨道贡献的加和，显然Summing up occupancy perturbation from all orbitals，即各个轨道贡献的加和不会恰好等于直接算的Mayer键级。

“给Multiwfn用的Gaussian输出文件必须是单点计算的输出文件。”这句话不要断章取义，注意看清楚这是在《使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键》这篇文章当中做AdNDP分析的语境下的。这句话明显不适用于你那些单纯基于fch做的分析。

作者
Author: wang7344412 时间: 2019-7-14 08:27

我本是个娃娃发表于 2019-7-13 23:10
The No.180 and 183 of localized orbitals should be observed carefully. It can be found that the 3 ce ...

Thank you very much !

作者
Author: wang7344412 时间: 2019-7-14 08:29

sobereva 发表于 2019-7-14 02:03
“NBO的input 和fch”没有意义。你又没让NBO轨道保存到chk里，显然和普通算个单点得到的fch分析结果是完全 ...

谢谢sob 老师！

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