计算化学公社

标题: VMD快速地绘制多个大分子静电势的又一流程 [打印本页]

作者
Author: ggdh 时间: 2019-7-14 00:30
标题: VMD快速地绘制多个大分子静电势的又一流程
本帖最后由 ggdh 于 2020-3-6 19:17 编辑

我之前发了一个用vmd纯手动做ESP的帖子:
使用vmd+cubegen快速绘制大分子静电势(ESP)图
之后sob大大发了关于绘制静电势的帖子有：
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降！
sob写的脚本大大简化了操作，增加了一堆功能。
最近要做几个大分子的静电势，按照上面的帖子做，确实非常方便。
不过我觉得偷懒的程度还可以更上一层楼

（主要省略了重命名cube文件以及根据分子数修改脚本的步骤），然后对sob大大的脚本ESPiso.vmd脚本做了一番修改。
目前方法的特点：
1.多个大分子的静电势图同时绘制和调节更加方便（同一系列物质比较ESP时，最好保持color scale一样，这时候最好把所有的分子放到一起调节，比较效果）
2.适合在服务器端产生cube文件然后在本地绘图（多个大分子静电产生慢，在服务器上算比较好，这里期待下Multiwfn的改进计算静电势的内部代码）
3.只能做最基础的ESP图，不支持静电势极值点等高级功能。

准备工作（安装脚本）：
1.下载附件中的脚本
2.把脚本拷贝到vmd的安装目录（默认是：C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD）
3.用写字板打开在vmd的安装目录下的vmd.rc文件，在其中插入一行

source $env(VMDDIR)ESPtools.vmd

复制代码

计算流程：
1,在服务器端产生cube文件
如果多个chk文件在同个目录，可以通过以下循环快速产生所需的cube，这里cube必须以-den.cube和-eps.cube结尾，便于脚本识别(这里考虑了向上兼容，所以densityX.cub/ESPX.cub的文件也可以识别）

for i in *.chk;do
formchk $i
cubegen 10 density=scf ${i/.chk/}.fchk ${i/.chk/}_den.cube -2 h
cubegen 10 potential=scf ${i/.chk/}.fchk ${i/.chk/}_esp.cube 0 h
done

复制代码

其中10是并行核数，0和-2是格点精度，需要进一步控制格点精度可以考虑用Multiwfn调用cubegen产生相应的cube文件。这一步会产生一系列以-den.cube 和-esp.cube结尾的cube文件。

2,在本地产生ESP图
a) 把上面的所有cube文件拷贝到本地某个文件夹下
b) 在本地文件夹下shift+右键打开powershell 或者cmd 窗口
c) 在命令行窗口中输入vmd，启动vmd后，在命令行窗口中可以看到如下图所示的脚本小帮助，说明脚本安装成功
(, 下载次数 Times of downloads: 46)
d) 在命令行窗口中输入

genall

复制代码

可以看到所有的分子的esp都出现在vmd的窗口中。通过双击其中D或者F可以调节每个分子是否显示(红色的D表示隐藏),
或者是否固定(红色的F不固定)(可以通过固定部分分子,然后使用平移功能，实现在一个vmd窗口内对所有的分子进行排列)。
(, 下载次数 Times of downloads: 56)
如果只想做一个分子的ESP，可以输入

genesp aaa

复制代码

来显示aaa分子的ESP（目录中需含有aaa-den.cube和aaa-esp.cube)，或者是输入

genesp density1

复制代码

来显示density1的ESP（目录中需含有density1.cub和ESP1.cub）
不过这里更推荐同时产生所有分子的ESP，便于统一尺度，然后渲染图片的时候，既可以分别隐藏，一个一个渲染，也可以直接在vmd中摆好，一起渲染。
e) 下面是脚本中带的一些其他功能：

pmm -0.03 0.03

复制代码

调节所有分子的电势显示范围

diso 0.002

复制代码

调节电子密度等值面的iso值，或者用

cs RWB

复制代码

把颜色渐变调整为红-白-蓝渐变。
f) 最后加上color scale bar，这个没有脚本，还是得手动。

(, 下载次数 Times of downloads: 49)

作者
Author: 409407227 时间: 2019-7-16 09:18
谢谢分享

作者
Author: 发奋着的玫瑰 时间: 2022-9-30 21:10

409407227 发表于 2019-7-16 09:18
谢谢分享

这个。“计算流程：1,在服务器端产生cube文件”
这个在服务器端指的是哪个呢？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)