计算化学公社

标题: antechamber计算大分子AM1-BCC原子电荷求助 [打印本页]

作者
Author: 小李马句 时间: 2019-7-15 09:22
标题: antechamber计算大分子AM1-BCC原子电荷求助
请问各位大大，我用GView建的由高分子交联的石墨烯大分子，如图所示： (, 下载次数 Times of downloads: 25)
我想计算这个分子的AM1-BCC原子电荷，命令行为：
antechamber -i gpp.mol2 -fi mol2 -o gpp2.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -rn gpp2 -pl 20
然后出现了以下提示：
(, 下载次数 Times of downloads: 27)

(, 下载次数 Times of downloads: 20)
计算一直未出现gpp2.mol2文件，spm.out文件末尾如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
gpp.mol2文件请见附件1.
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
请问一下为什么gpp2.mol2文件没有出来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 10:04
因为里面有很多非典型成键，antechamber处理不了这种情况，要么想办法在gview里修改成键方式（比如把芳环里的都设成单键+虚键），要么用别的方法计算

作者
Author: 小李马句 时间: 2019-7-24 09:54

sobereva 发表于 2019-7-15 10:04
因为里面有很多非典型成键，antechamber处理不了这种情况，要么想办法在gview里修改成键方式（比如把芳环里 ...

修改后正常了，谢谢社长~

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