计算化学公社

标题: 求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误 [打印本页]

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-15 10:26
标题: 求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误
You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a physiological salt concentration.

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-15 14:41
好的，谢谢sobereva老师

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-7-15 15:41

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

在这里请教sob老师一个问题，如果盒子中添加了抗衡离子，对aNCI和TFI分析是否会有影响

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-15 16:57

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

sobereva老师，再次请教一下，我用这个命令gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr怎么也出现同样的错误？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 20:16

晓滨MD 发表于 2019-7-15 15:41
在这里请教sob老师一个问题，如果盒子中添加了抗衡离子，对aNCI和TFI分析是否会有影响

不会

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 20:18

@Bruce 发表于 2019-7-15 16:57
sobereva老师，再次请教一下，我用这个命令gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o io ...

你没上传1AKI_solv.gro，我没法看
如果这个是还没加抗衡离子的gro文件，grompp提示你1L说的warning的话加上-maxwarn 1忽略掉

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-15 22:00

sobereva 发表于 2019-7-15 20:18
你没上传1AKI_solv.gro，我没法看
如果这个是还没加抗衡离子的gro文件，grompp提示你1L说的warning的话 ...

好的，谢谢老师
（这是我还没加抗衡离子，准备生成gro文件的时候出现的）

作者
Author: JasonGu 时间: 2020-7-28 15:11
你好，我也是刚学，请问如何加入抗衡离子

作者
Author: @Bruce 时间: 2020-7-29 09:07

JasonGu 发表于 2020-7-28 15:11
你好，我也是刚学，请问如何加入抗衡离子

先产生xxx.tpr，通过命令 gmx genion -s xxx.tpr -p xxx.top -o xxx.gro -pname 阳离子在力场中的名称 -nname 阴离子在力场中的名称 -np 要加的阳离子个数 -nn 要加的阴离子个数

作者
Author: hujunchi 时间: 2020-7-29 10:24
做电荷平衡或者忽略报错（只用于生成文件，不要带电荷跑）

作者
Author: wanglg 时间: 2020-10-27 15:44
本帖最后由 wanglg 于 2020-10-27 15:51 编辑

@Bruce 发表于 2020-7-29 09:07
先产生xxx.tpr，通过命令 gmx genion -s xxx.tpr -p xxx.top -o xxx.gro -pname 阳离子在力场中的名称 -n ...

可是运行gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr 使蛋白质分子真空中的能量最小化时，出现和题主同样的报错，无法生成tpr文件，怎么加抗衡离子呀？是可以跳过蛋白质分子在真空中的能量最小化，直接用gmx solvate和gmx insert-molecules生成tpr文件吗？

作者
Author: wanglg 时间: 2020-10-27 16:12
本帖最后由 wanglg 于 2020-10-27 17:37 编辑

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

老师好。可是通过命令gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr生成tpr文件时就出现了如题主的报错，无法继续通过genion加抗衡离子。
我刚刚尝试加入了-maxwarn 1 命令，这样可以生成tpr文件，并在后续用genion加入抗衡离子。请问这样生成的文件会影响后续操作吗？

作者
Author: @Bruce 时间: 2020-10-28 19:24

wanglg 发表于 2020-10-27 16:12
老师好。可是通过命令gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr生成tpr文 ...

不会，抗衡离子就是这样加的

作者
Author: wanglg 时间: 2020-11-4 16:49

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

好的，谢谢了。

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-7 14:20
本帖最后由 xxzj 于 2021-5-7 14:25 编辑

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

老师，您好，使用ambertools+acpype获得gromacs格式的top，gro文件时出现了下面错误
输入命令行：antechamber -i A.log -fi gout -o A.mol2 -fo mol2 -c dc -j 4
错误信息：This molecule may have more than one unit.
   antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
   then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
   Please convert your molecule to a mol2 file via:
   antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
   And then check your molecule with a visualization program;
   manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.
我的分子结构是锌卟啉，无论优化还是计算频率都正常，所以不知道是哪里出错了，请老师帮看一下，辛苦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-8 02:14

xxzj 发表于 2021-5-7 14:20
老师，您好，使用ambertools+acpype获得gromacs格式的top，gro文件时出现了下面错误
输入命令行：antech ...

直接用acpype，根本就不需要自己用antechamber

过渡金属配合物本身就不适合用acpype。acpype是搞有机体系的

作者
Author: liushu 时间: 2021-7-30 09:50
本帖最后由 liushu 于 2021-7-30 09:54 编辑

请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

作者
Author: @Bruce 时间: 2021-7-30 09:59

liushu 发表于 2021-7-30 09:50
请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

非整数个电荷可以在命令最后添加 -maxwarn 1 忽略警告，或者修改itp文件将电荷进行分配

作者
Author: liushu 时间: 2021-7-30 10:35

@Bruce 发表于 2021-7-30 09:59
非整数个电荷可以在命令最后添加 -maxwarn 1 忽略警告，或者修改itp文件将电荷进行分配

请问修改itp文件是改吗，我把itp文件高亮的这一行的charge0.0882改为了0.0782，进行grompp之后的NOTE，带电荷从0.045001变成了-1.455000 (, 下载次数 Times of downloads: 79) (, 下载次数 Times of downloads: 81)

作者
Author: @Bruce 时间: 2021-7-30 11:02

liushu 发表于 2021-7-30 10:35
请问修改itp文件是改吗，我把itp文件高亮的这一行的charge0.0882改为了0.0782，进行grompp之后的NOTE，带 ...

为什么忽略我说的添加 -maxwarn 1的简单做法呢？很明显你电荷改错了，体系原先带0.045个正电荷，你体系有多少个ch分子，把这0.045个正电荷从体系里面减掉不就行了（不要只改一类原子的电荷）

作者
Author: liushu 时间: 2021-7-30 11:14

@Bruce 发表于 2021-7-30 11:02
为什么忽略我说的添加 -maxwarn 1的简单做法呢？很明显你电荷改错了，体系原先带0.045个正电荷，你体系 ...

抱歉没说清楚，我之前加了-maxwarn，然后后面跑md的时候会出现Lincs Warning，所以我想可能是因为带电荷的缘故。
感谢指点，我重新修改试一下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 05:25

liushu 发表于 2021-7-30 09:50
请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

这是因为分子里所有原子电荷加和不为0
建议用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)电荷，Multiwfn输出的电荷小数位数非常多，可以确保加和几乎精确为0

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-1 20:44
请问System has non-zero total charge: -0.000300该如何添加抗衡离子？

作者
Author: @Bruce 时间: 2024-3-2 09:34

YuniJ 发表于 2024-3-1 20:44
请问System has non-zero total charge: -0.000300该如何添加抗衡离子？

电荷很小的时候可以忽略

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-4 08:50

@Bruce 发表于 2024-3-2 09:34
电荷很小的时候可以忽略

好的，谢谢您

作者
Author: renpx 时间: 2024-7-29 18:21

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

请教一下老师，为什么有的体系加过抗衡离子之后不会出现warning，有的会出现这个warning？

作者
Author: julianrong 时间: 2024-10-11 21:07

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

感谢楼主，也是刚学，遇到一模一样的问题了，完美解答，多谢

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