计算化学公社

标题: 求助，截断模型酶催化反应优化过渡态出现震荡 [打印本页]

作者
Author: lph 时间: 2019-7-15 11:31
标题: 求助，截断模型酶催化反应优化过渡态出现震荡
   大家好，我最近在找一个反应的过渡态，各种尝试中结构都出现了震荡。虽然看了sobereva老师相关的帖子帮助很大（http://sobereva.com/164），但是还是没有成功，又考虑到是第一次找过渡态，想让大家帮我看看体系的参数选择上是不是有些问题。谢谢啦！
   1.体系成分：a. 3个截断的氨基酸残基； b. 一个环状辅酶（它包含一个共轭的不饱和碳，具有一个单电子），它以4个N配位一个+1价Ni离子; c. 两个含硫小分子
   2.反应机理：双自由基过渡态
   3.体系电荷、自旋多重度设置：  a.  1 1 ;  b. 1 3  (我认为自旋应该为3）
   4.结构初猜：我把S-Ni键缩短了15%左右、把S-C键拉长了15%左右后用opt=modredundant限制性优化了一下（但是这个也无法收敛，震荡很大。直接进行下一步）
   5.CA固定：截断模型一般会限制氨基酸的阿尔法碳，但这个尝试并没有改善震荡行为

   6.典型算法：#p UB3LYP/gen EmpiricalDispersion=GD3BJ guess=read geom=checkpoint opt=(ts,noeigen,calcall,maxstep=5,notrust) int=ultrafine freq=noraman

作者
Author: SigFig 时间: 2019-7-17 07:36
从已有情报知：
第二个计算把maxstep丢了，所以会疯狂震荡（Gaussian默认的maxstep为30）。基于第一个计算，可采用1-3的maxstep。
ts不要和moderedundant联用，因为联用的意思是你在某种限制下找一个TS，加上你的限制条件极有可能得到一个高阶的saddle point。
而且moderedundant只能给你一些中间结构，最后你还得把所有限制解除再优化一遍。
这个体系能calcall? 土豪你还缺朋友么？

一点个人的建议：
如果可能的话，把两端的结构优化出来，转QST3。
如果QST3还不行，做Ni-S 和S-C键长的扫描（即做一个用modredundant优化至最低点后能量相对于两个键长的势能面，计算量会非常大）。

关于整个体系的疑问
1。这真的是个一步反应么
2。如果是一步反应，第二个SH的位置不应该和脱落的CH3自由基的三个氢共面，更像是S(1)-C-H共线
3。如果不是，大可以把第二个SH拿掉，先把第一步的TS做出来，再考虑第二步的TS。
4。S(CH3)2里哪个甲基更容易脱落，是当前计算中要脱落的那个还是另一个。

作者
Author: lph 时间: 2019-10-13 14:28

SigFig 发表于 2019-7-17 07:36
从已有情报知：
第二个计算把maxstep丢了，所以会疯狂震荡（Gaussian默认的maxstep为30）。基于第一个计算 ...

万分感谢。你的建议我全都测试了一遍，很有用

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